蒙哥一共有三個(gè)一奶同胞的弟弟，即忽必烈，旭烈兀和阿里不哥，旭烈兀由于遠(yuǎn)征西亞且對(duì)汗位沒有野心，可以爭奪汗位的就只有忽必烈和阿里不哥了。由于蒙哥死得突然，都沒有留下遺囑指定誰繼位，所以忽必烈與阿里不哥為了汗位，展開了自他們的爺爺鐵木真統(tǒng)一蒙古各部以來的第一次內(nèi)戰(zhàn)。

阿里不哥是拖雷的幼子，按照蒙古“幼子守灶”習(xí)俗，阿里不哥在蒙古本部掌管著國庫和帝國的中央政府，漠北蒙古的諸多王公貴族大多支持他，同時(shí)他也掌管了蒙古最多的千戶軍隊(duì)，但他久居和林，沒有軍事作戰(zhàn)獨(dú)擋一面的經(jīng)歷，這是他的弱點(diǎn)。阿里不哥知道自己的優(yōu)勢(shì)，所以竭力誘使忽必烈回到蒙古本部一起召開忽里勒臺(tái)大會(huì)，希望在大會(huì)上名正言順的獲得各部的支持從而登上汗位。

而忽必烈自總領(lǐng)漠南以來，傾向于漢化，重用漢人治國，這與漠北蒙古守舊勢(shì)力矛盾尖銳，他自己非常清楚如回到蒙古本部，他在漠北蒙古貴族中沒有任何根基，政治基礎(chǔ)為零，回去就是任人宰割歡送他弟弟上位，于是他千方百計(jì)的拖，雙方不斷譴使往來交涉，矛盾日益激化。

1260年4月，忽必烈在開平先發(fā)制人，單方面宣布召開忽里勒臺(tái)大會(huì)，在那里，他的親信們擁護(hù)他成為新的大汗，他主要支持者是窩闊臺(tái)之子合丹，斡赤斤之孫脫合察爾，以及木華黎的子孫，都是漠南蒙古的貴族勢(shì)力。

但這次會(huì)盟是不被認(rèn)可的，按照傳統(tǒng)，忽里勒臺(tái)大會(huì)應(yīng)在蒙古本部境內(nèi)召開，且會(huì)前應(yīng)召集成吉思汗的四個(gè)封地的代表出席，這種倉促的不合理的選舉是違制的，它的性質(zhì)就像一場騙局一樣，實(shí)質(zhì)上就是舉兵謀反。

但忽必烈不在乎，他在乎的是大汗的這個(gè)名聲，他需要這個(gè)汗位可以對(duì)蒙古全體發(fā)號(hào)施令，把事情做成既定事實(shí)。

忽必烈沒有想到的是，你既然可以這樣做，那我也可以做，阿里不哥一開始被忽必烈不按常理出牌給整懵了，但很快反應(yīng)過來，也迅速召開了漠北的忽里勒臺(tái)大會(huì)，在會(huì)上他也稱繼承了成吉思汗的大汗位子，一時(shí)間，蒙古出現(xiàn)了兩個(gè)大汗，南北對(duì)立。

蒙古帝國的分裂正式開始，從幕后矛盾亮相到了臺(tái)前，也對(duì)當(dāng)時(shí)的世界格局產(chǎn)生了深遠(yuǎn)影響。旭烈兀停止了對(duì)西亞的征服，就地立國建立了伊爾汗國，他后來是忽必烈的支持者；而金帳汗國則支持阿里不哥，盡管沒有給予實(shí)質(zhì)性的支持。金帳汗國的首領(lǐng)現(xiàn)在是別爾哥，他是一個(gè)公開的伊斯蘭宗教徒，整個(gè)汗國也在伊斯蘭化，旭烈兀在征服西亞的過程中用亂馬踩死末代哈里發(fā)的事，激起了別爾哥的憤怒，加上雙方支持的大汗不同，于是在遙遠(yuǎn)的西方，這兩個(gè)黃金家族的后代帶著各自的國家也打了起來。

而察合臺(tái)汗國，最開始是支持阿里不哥，但這個(gè)汗國的首領(lǐng)阿魯忽聰明的利用忽必烈和阿里不哥的爭斗，成為了一位獨(dú)立汗，這是他們家族的第一次，而他在關(guān)鍵時(shí)刻的倒向忽必烈，導(dǎo)致阿里不哥的最終投降。

忽必烈的自我稱汗，導(dǎo)致了一系列的連鎖反應(yīng)，雖然爭汗的結(jié)果最后是他取勝了，但是由于他得位的不正統(tǒng)性，讓各大屬國對(duì)中央皇庭不再唯首是瞻，蒙古帝國的政令也只能在本部執(zhí)行，各個(gè)汗國也走向了各自的發(fā)展路線，所以，可以下結(jié)論說，蒙古帝國的分裂，始于忽必烈，他是蒙古帝國事實(shí)分裂的始作俑者，自他伊始，蒙古帝國再也沒能作為一個(gè)完整的整體國家對(duì)外了。