1206年元太祖鐵木真統(tǒng)一蒙古，立國位于漠北的蒙古草原，定國號為“大蒙古國”，至1271年元世祖忽必烈定都元大都，將國號改為“大元”之際，共六十五年，史稱為大蒙古國時期，又稱蒙古帝國。

13世紀初，金朝走向衰落，蒙古乞顏部鐵木真開始了統(tǒng)一蒙古草原的征程。歷經(jīng)十三翼之戰(zhàn)、帖尼河之戰(zhàn)等大大小小數(shù)十場戰(zhàn)爭，打敗了草原各部落，整個蒙古高原都被鐵木真控制，最后平定蒙古高原，統(tǒng)一蒙古各部。1206年春，蒙古貴族在斡難河（今鄂嫩河）源頭召開庫里爾臺大會，鐵木真得到成吉思汗稱號，建國大蒙古國（即蒙古帝國），后被尊稱元太祖。

除了在中國滅金滅宋外，蒙古帝國還進行了三次西征：第一次，滅中亞新興大國花剌子，經(jīng)過今伊朗高原北部，進攻殺掠亞美尼亞王國、格魯吉亞、阿塞拜疆高加索等三國，并越太和嶺（今高加索山脈），抵達欽察（位于俄南），擊潰基輔羅斯諸國與欽察忽炭汗的聯(lián)軍，西進軍到今烏克蘭西部的德涅斯特河，折轉(zhuǎn)圍攻基輔后東返，攻擊伏爾加河中上游的河谷伏爾加保加利亞，最后渡過伏爾加河東返中亞；第二次，攻占了欽察草原、基輔羅斯等各公國并進犯匈牙利、摩爾達維亞、波蘭、立陶宛大公國、摩拉維亞原南斯拉夫地區(qū)、保加利亞第二帝國、拉什卡等中東歐各國；第三次，攻占阿拔斯王朝領地美索不達米亞的巴格達，占領大馬士革和阿勒頗。

至此，蒙古鐵騎打遍歐亞大陸無敵手，蒙古帝國橫跨歐亞大陸，疆域遼闊，國土面積達到3450萬平方公里，由自己的兒子分別建立了五個相對獨立的國家：元朝、金帳汗國（又稱欽察汗國）、察合臺汗國、窩闊臺汗國、伊利汗國，對世界交通、軍事、商業(yè)、文化等各個方面起到了深遠的影響。

早在成吉思汗時期，成吉思汗將大蒙古國的土地分給他的幾個兒子。由于各個兒子則均聽從成吉思汗的號令，故所封的汗國成為一個整體，服從大汗的領導。

不過，隨著成吉思汗三子、第二代的窩闊臺大汗駕崩，蒙古各派系對大汗的繼承人存在爭論，一度形成了危機。后來在西征領導人拔都的支持下，蒙哥繼承汗位，大汗之位于是由窩闊臺家族轉(zhuǎn)移至拖雷家族。作為對拔都的報答，蒙哥允許拔都建立的欽察汗國保持相對獨立的地位。

蒙哥1258年親征南宋但失利，1259年卒于四川，蒙哥去世時未指定繼承人，導致拖雷家族成員之間的內(nèi)斗，因為大汗的頭銜升級為內(nèi)戰(zhàn)。其弟忽必烈和阿里不哥分別于1260年集會自稱為大汗。隨后身在中原漢地的忽必烈與留守蒙古本土的阿里不哥開始展開了內(nèi)戰(zhàn)。這場從1260年到1264年忽必烈和幼弟阿里不哥間的戰(zhàn)爭，史稱“拖雷家族內(nèi)戰(zhàn)”，又稱“蒙古帝國帝位繼承戰(zhàn)爭”。

忽必烈汗于1260年開始進攻南宋，當時他收到有關阿里不哥正在挑戰(zhàn)他繼承權的消息。阿里不哥與蒙古貴族的強大成員結(jié)成聯(lián)盟，以支持他為大汗的候選人。蒙哥的大多數(shù)親屬支持阿里不哥，包括窩闊臺、察合臺和術赤家族的成員。忽必烈和南宋講和，并動員他的部隊與阿里不哥作戰(zhàn)。1260年5月，忽必烈在開平召集了一個庫里爾臺，在那里他被選為大汗。這是第一個在蒙古家園或中亞之外宣布大汗的庫里爾臺。1260年6月，阿里不哥在哈拉和林召集了自己的庫里爾臺，也宣布他為大汗，從此蒙古帝國產(chǎn)生了兩個大汗。當時旭烈兀本要前往蒙古，但因與埃及馬木留克王朝的戰(zhàn)事要留在中東。

阿里不哥與金帳汗國的別兒哥和察合臺汗國的阿魯忽結(jié)盟，別兒哥支持阿里不哥，因為他對與忽必烈關系密切的旭烈兀感到不滿。

忽必烈可以從中國肥沃的土地獲得供應，而阿里不哥則不得不在半干旱大草原上向哈拉和林進口資源。忽必烈依賴中國的這些物資，因此需要中國人民支持才能贏得內(nèi)戰(zhàn)。忽必烈在他的中國顧問的幫助下，自稱皇帝，這個頭銜能夠輕易地將中國人，朝鮮人和蒙古人聯(lián)合起來。同時他宣稱阿里不哥是一個破壞性的篡奪者。忽必烈承諾減稅，并設立了與中國歷代朝代相似的政府機構，年號中統(tǒng)，即“溫和統(tǒng)治”。

忽必烈現(xiàn)在控制了通往哈拉和林四條可能補給線中的三條，對阿里不哥開放的唯一供應線是西北部的葉尼塞河流域。當忽必烈的軍隊于1260年末向哈拉和林前進時，阿里不哥從哈拉和林撤退到葉尼塞的支流。冬天迫使雙方停止行動，等待春天。

1261年忽必烈和阿里不哥在司馬臺進行戰(zhàn)斗，阿里不哥敗退。十天后他回到該地區(qū)，在蒙古東部的興安嶺附近挑戰(zhàn)忽必烈的軍隊。但阿里不哥襲擊的軍隊并非由忽必烈親自領導，只占了忽必烈軍隊的一小部分。即便如此，戰(zhàn)斗也陷入了僵局。與此同時，蒙古的大部分地區(qū)現(xiàn)在都在忽必烈的控制之下，威脅到阿里不哥對葉尼塞河谷供應線的控制。弱勢的阿里不哥向阿魯忽尋求幫助。阿魯忽拒絕了，并處決了阿里不哥派遣的特使。

阿里不哥現(xiàn)在只剩下幾個盟友，他的幾個支持者離開了他的身邊。蒙哥的兒子兀魯塔什叛逃，從阿里不哥手中接過父親的印章，并將其作為忠誠的象征給予忽必烈。阿里不哥在缺乏資源和盟友的情況下于1264年由新疆北部獨自前往上都向忽必烈投降，結(jié)束了內(nèi)戰(zhàn)。

忽必烈囚禁了阿里不哥，但沒有立即懲罰他。忽必烈的支持者希望報復，因此忽必烈將關押一年作為懲罰。他進行了清洗工作，以消除蒙古政府中同情阿里不哥的官員。忽必烈指控一名曾在蒙哥手下服役的重要蒙古官員孛魯歡與阿里不哥合謀背叛，所以處決了孛魯歡和阿里不哥的其他支持者。忽必烈召集了一個庫里爾臺來決定對阿里不哥的懲罰并鞏固他自己對汗位的要求。如果沒有蒙古貴族們的公開支持，忽必烈不愿懲罰他的兄弟。阿里不哥在仍然被監(jiān)禁的情況下于1266年神秘地死去，所以人們猜測忽必烈暗中毒害了他。

大多數(shù)西方汗國都不承認忽必烈是大汗。盡管他們中的一些人仍然要求忽必烈確認其新可汗的登基，但實質(zhì)上這四個汗國已經(jīng)成為各自獨立的國家。主力在波斯的伊兒汗國和位于中國的元朝仍有著密切的外交關系，但四個蒙古汗國之間的軍事合作從此結(jié)束，統(tǒng)一的蒙古帝國就此解體。

四大汗國中最先滅亡的是窩闊臺汗國。海都于1301年去世后，窩闊臺汗國開始走下坡路，其領土不久被元朝和察合臺汗國所瓜分，窩闊臺汗國遂滅亡。而伊兒汗國與察合臺汗國則均在14世紀走向分裂，最終被帖木兒所滅。最后滅亡的是欽察汗國，其統(tǒng)治俄羅斯等地長達兩個多世紀，俄羅斯直到1480年才擺脫蒙古人的統(tǒng)治獨立。其后，欽察汗國分裂為幾個小汗國，最終都被俄國所滅。

1368年，明朝攻入大都，元順帝北逃應昌，元朝在中國全國的統(tǒng)治結(jié)束。1388年，元順帝的兒子脫古思帖木兒被殺。阿里不哥的后裔也速迭兒即位，之后，忽必烈后裔、阿里不哥后裔、窩闊臺后裔相互爭奪汗位。蒙古東路諸王和河西西域諸王先后歸順明朝，明朝冊封為朵顏三衛(wèi)和關西八衛(wèi)。蒙古西部的衛(wèi)拉特（瓦剌）勢力崛起，明朝史料于是稱蒙古分為韃靼、瓦剌、兀良哈三部，即蒙古本部、衛(wèi)拉特、朵顏三衛(wèi)三大勢力。之后，瓦剌也先控制了蒙古本部，自稱大汗，但旋即敗亡。達延汗統(tǒng)一了蒙古本部，將領地分給兒子們?yōu)椴旃?、兀良哈、喀爾喀、鄂爾多斯、土默特、永謝布六萬戶。達延汗死后，很多領主不尊奉察哈爾大汗的號令。

直至17世紀清朝統(tǒng)一了漠南蒙古、漠北蒙古。

放下武器的俘虜數(shù)萬人、平民20余萬人，總數(shù)達30萬人以上。