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“聽過很多道理,依然過不好這一生”,韓寒的電影《后會無期》這句臺詞深深的直入觀眾心底,引起了我們的共鳴。相信很多科研汪們也有類似的感慨: 做過很多種實驗,依然得不到陽性結果; 投過很多遍文章,依然不能順利發(fā)表; 做過很多次WB(Western Blot),依然做不出BCL-2…… 最近,很多同學在做BCL-2的WB 實驗時,總是檢測不到條帶,問我是什么原因。一開始聽到這個問題,我還真不知如何回答,因為原因太多了, 比如:是不是樣本中該蛋白的表達不夠,是不是WB 實驗時轉膜方法不合適,是不是抗體選擇不對等等都有可能。還一些同學會問,為什么檢測到的條帶位置與說明書上的不一致?可能的原因也很多:蛋白有沒有徹底裂解,抗原表位有沒有被遮蔽,封閉液和抗體稀釋液是不是最佳的,抗體的特異性如何等。我們再一起來梳理一下如何優(yōu)雅快速的用WB 檢測出BCL-2蛋白。 遇到狀況時,具體問題具體分析,仔細排查原因(媽呀,又白板! ——有問題,別喊媽,先自查)非常重要。可是,那么多次失敗的實驗真的讓我們徹底領悟快速成長了嗎?抑或這些經驗是否滲入到我們的基因(DNA) 中并指導我們的實踐了么?如果我們能領會很多道理的精髓,并付出不折不扣的行動,相信我們的這一生也不會太差,甚至會很美好。同樣,我們做WB, 也需要掌握其關鍵點,才能獲得一張賞心悅目的結果圖。那WB 成敗的關鍵點有哪些呢?我們認為大致有以下三點: 1 蛋白樣本的制備; 2 WB 實驗步驟的優(yōu)化; 3 抗體的選擇。 老生雖常談,但越談越有味。 1.蛋白樣本的制備 蛋白樣本成功的制備是WB 實驗非常關鍵的一步。只有高質量高豐度的目的蛋白配上合適的抗體再加上最優(yōu)的WB 步驟,實驗的陽性結果才是妥妥的。因此,獲得完整徹底暴露抗原表位的目的蛋白很重要。而在裂解蛋白之前,我們還需要對要研究蛋白的前世今生有個深入的了解,很重要!很重要!很重要! 如果研究的目的蛋白在樣本中表達很弱或者根本不表達,我們是很難檢測到條帶的,或者根本就檢測不到。我們可以通過專業(yè)的數(shù)據(jù)庫和之前發(fā)表的文章來確定目標蛋白的表達情況。多數(shù)情況下,我們可從http://www. 或者從https://www.來看蛋白的表達情況。以BCL-2 蛋白的表達為例(圖1,來自于www.), 我們可以看到BCL-2 只在少數(shù)細胞系中有中等或偏高的表達,如RPMI 8826,HL-60;這些細胞系的來源一般是骨髓或者淋巴。而SH-SY5Y細胞系中的BCL-2高表達也是因為RA(維甲酸)的誘導才產生。絕大多數(shù)細胞系如Hela,HEK-293,HepG2,PC-3及MCF7 等BCL-2 的表達是極其微弱的。對于表達很弱或者不表達的研究樣本,我們可以通過過表達或者體外進行誘導先讓BCL-2表達,再通過WB 或其他方法來做檢測。 圖1. BCL-2 各細胞系表達情況 了解了蛋白的表達情況之后,我們可以再通過閱讀一些影響因子較高的文獻(包括Article 和Review )進一步了解該蛋白的一些背景知識,如蛋白的亞細胞定位和研究方法等,因為蛋白的定位決定了提取蛋白的方法。通過文獻總結,我們得知Bcl-2是一個與細胞生存有關蛋白,它通過抑制線粒體細胞色素c的釋放來抑制細胞凋亡的發(fā)生(1)。Bcl -2涉及線粒體鈣穩(wěn)態(tài)和離子通道調控(2)。Bcl-2常常在Thr56 Ser70,Thr74,Ser87位置發(fā)生磷酸化(3)。并且,Bcl-2磷酸化靶向ASK1 / MKK7 / JNK1通路且是有絲分裂標志事件(4、5)。Bcl-2在Thr56或Ser87的突變抑制了糖皮質激素誘導的T淋巴細胞凋亡 (6)。 白細胞介素3和JNK誘導的Bcl-2 Ser70磷酸化可以增強其抗凋亡功能(7)。研究顯示,BCL-2 是定位在胞質的核膜(圖2A)、線粒體膜(圖2B)和內質網膜上的(圖2C)。一些非特異性的條帶也可以通過超聲處理來避免。 圖2. BCL-2 亞細胞定位(來自參考文獻8) 因此在進行蛋白制備時,在冰上加入裂解液裂解后最好加上超聲處理這一步。超聲處理一方面通過機械力不斷剪切DNA,讓蛋白裂解液免受粘稠gDNA干擾;另一方面可以幫助蛋白從膜結構中充分釋放出來。 說了這么多,蛋白制備環(huán)節(jié)的關鍵在于兩點:1)充分了解要研究的目的蛋白及在研究樣本中的表達量;2)樣本制備的優(yōu)化條件是:加入適量Cell Lysis Buffer(#9803) 或者RIPA buffer(#9806) 于樣本中,冰上裂解15min,隨后進行超聲處理,以VirTis 探頭超聲儀為例,超聲條件是:輸出電功率是30%-40%,10-15s,3次(期間每次間隔15s),大約電流30A;如果沒有超聲儀,請用帶注射器的針頭(20G-18G-16G)冰上反復抽吸,直到裂解液澄清;然后進行離心,取上清蛋白(適合絕大多數(shù)樣本的制備)。 2.WB 實驗步驟的優(yōu)化 WB 是非常基礎的實驗,很多同學都掌握得很好,具體原理和步驟就不再一一贅述了,我們把CST 科學家優(yōu)化的步驟分享給大家,大家在使用CST 抗體做實驗時若遇到問題,可以按以下步驟一一去調整: 1)轉膜條件:4度,濕轉,恒壓70v,30min-3h;對于小分子,轉膜時間適當減少,并用0.22um膜;對于大分子,轉膜時間延長至3h,轉膜液中可以加入0.1%SDS且甲醇的濃度減少到5%-10%; 2)封閉:5% 脫脂奶粉/TBST,室溫,1h,脫脂牛奶相比BSA具有更好的封閉效果; 3) 洗膜:1xTBST,5min,3次; 4)一抗稀釋液和稀釋比例參考說明書,二抗稀釋液是5% 脫脂奶粉/TBST。 圖3 BCL-2 在Jurkat 細胞中的表達(感謝湖南師范大學邱同學友情提供) 圖3是邱同學使用CST BCL-2 抗體的結果圖,一開始,該同學用 #3498 Bcl-2 (D17C4) Rabbit mAb (Mouse Preferred) 做實驗沒有條帶,經過超聲處理和以上方法的優(yōu)化后,做出實驗結果。當實驗檢測不到條帶的時候,我們可以用Jurkat 細胞裂解液作為BCL-2的陽性對照或者通過CST 申請相應的陽性對照。 3.抗體的選擇 關于抗體的選擇,我們之前寫過相關的文章,大家可以參考(原文報道:針對同一靶點的CST抗體那么多,怎么選擇?)。通過對全球科研工作者的調查,CST 抗體是研究者們的首選(原文報道:抗體使用者的選擇,堅定的信任!)。不知怎么選時,選C(CST) 就對了 CST BCL-2相關產品 結語 天底下有太多的道理,每個人對道理的理解和領悟不一樣而導致實踐千差萬別,因此人生結局各有不同;而我們做WB,不同的蛋白表達豐度和抗體識別的抗原表位不同,因此蛋白制備的方法和WB 的步驟決定了實驗的成敗。 人生和科研的精彩在于未知性,所以我們才樂此不疲地去設定一個個小目標,然后竭盡全力去實現(xiàn),至于目標實現(xiàn)與否,只能“謀事在天”了??蒲械臉啡ぴ谟谔剿魑粗?,當我們在實驗的過程中發(fā)現(xiàn)一個很有意思的現(xiàn)象,于是用各種實驗去驗證自己的假設,最終是“假象”還是“重大發(fā)現(xiàn)”,只能同樣“謀事在天”了。我想,享受科研與人生的過程,提升自己生命的內涵,掌握科學和實驗的key point,才能讓自己和世界更美好! 參考文獻: (1) Murphy, K.M. et al. (2000) Cell Death Differ 7, 102-11. (2) Zhu, L. et al. (1999) J Biol Chem 274, 33267-73. (4) Yamamoto, K. et al. (1999) Mol Cell Biol 19, 8469-78. (5) Ling, Y.H. et al. (1998) J Biol Chem 273, 18984-91. (6) Huang, S.T. and Cidlowski, J.A. (2002) FASEB J 16, 825-32. (7) Deng, X. et al. (2001) J Biol Chem 276, 23681-8. (8) Yuhihiro, Akao. Et al.(1994) Cancer Research 54,2468-2471. |
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