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簡訊:太牛了!測了2000多腫瘤樣本的circRNA數(shù)據(jù),怪不得發(fā)Cell!

 九色楓林 2019-02-11

在最新的Cell雜志上發(fā)表了兩篇circRNA的文章,今天就做簡單介紹。


第一篇是關(guān)于腫瘤里面的circRNA全景圖:The Landscape of Circular RNA in Cancer.Cell. 2019 Feb 7;176(4):869-881.e13.



這項研究通過外顯子捕獲RNA測序(exome capture RNA sequencing)的方法測了2000多腫瘤樣本和細胞系,共涉及到肺癌、乳腺癌、肝癌、胰腺癌等10幾種腫瘤:



并建立了一個迄今為止最全的多腫瘤circRNA數(shù)據(jù)庫:MiOncoCirc



數(shù)據(jù)庫的網(wǎng)址為:https://nguyenjoshvo./,我們可以下載分析和挖掘:

以及檢索表達豐度:



通過MiOncoCirc,研究團隊篩選到前列腺癌的潛在circRNA標志物:


由于circRNA的穩(wěn)定性,可在尿液中檢測到:


另外,研究團隊還發(fā)現(xiàn)了一類circRNA:rt-circRNAread-through circRNAs)

看到這里,嗅覺敏感的同學可能立馬想到這是一個大寶藏了吧!



另外一篇發(fā)表在同期cell雜志上的文章:Widespread and Functional RNA Circularization in Localized Prostate Cancer.Cell. 2019 Feb 7;176(4):831-843.e22. doi: 10.1016/j.cell.2019.01.025.


在這項研究中,對144例局限性前列腺癌(Localized Prostate Cancer)中circRNA的表達、功能、對細胞增殖的必要性(essentiality)進行了研究:



從融合基因(Fusion Genes)與局限性前列癌進展:


從circRNA的表達豐度用于腫瘤分型等角度進行研究:

另外,研究團隊還挑選2000條表達豐度最高的circRNA通過shRNA進行干擾,并研究其對前列腺癌細胞增殖的影響:



并選取circCSNK1G3對其功能和吸附miR-181b/d 的機制進行探索:

好了,兩篇文章就簡單介紹到這里。

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