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下面是超優(yōu)秀實(shí)習(xí)生的整理和分享 前排提醒，下面是一個(gè)答疑示例。 【問題標(biāo)簽】這里是問題這里是問題補(bǔ)充。 “這里是解答。
【IGV與Git安裝】請(qǐng)問IGV、Git需要安裝在C盤嗎？“如果你C盤空間不夠了可以安裝在其他。 【R安裝與配置】我之前裝過R和Rstudio，但是裝的不全，怎么知道自己配置的符不符合要求呢？“R語言版本4.4以上都可以。你看看準(zhǔn)備工作里的R包安裝部分，需要安裝一些R包。 【R安裝與配置】我的r版本是4.3.1的，應(yīng)該怎么升級(jí)呢？“卸載重裝。 【R安裝與配置】請(qǐng)問下用戶名是中文后面會(huì)報(bào)錯(cuò)嗎？ “如果已經(jīng)安裝好了R包，且沒有報(bào)錯(cuò)的話，就可以先不用管哈。 【R安裝與配置】可不可以同時(shí)安裝兩個(gè)R版本？“Windows是可以的，不過初學(xué)者不建議使用多個(gè)R，容易造成版本沖突。 【Rstudio配置】我更改了R的工作目錄，但是右下角顯示的仍然是原有的目錄，我想把右下角的文件目錄也更改了需要怎么操作呀？ “Rproj 管理工作目錄的知識(shí)點(diǎn)，在昨天晚上有講過，我們不會(huì)通過setwd來改變，初學(xué)者用這個(gè)很容易混淆。先回歸到 Rproj 管理工作目錄的知識(shí)點(diǎn)上來。 【插件工具】沉浸式翻譯這個(gè)小插件是免費(fèi)的嗎？“是免費(fèi)的。 【R函數(shù)使用】這個(gè)題一開始我覺得兩個(gè)函數(shù)都滿足題干要求，但是返回結(jié)果不同，我的理解是，intersect自動(dòng)去重了，是這個(gè)意思吧？ “按照這個(gè)題目的意思我們不需要去重復(fù)，所以不應(yīng)該用intersect。 【R包安裝】在安裝textshaping的時(shí)候還有報(bào)錯(cuò) 
“是不是有彈出窗口讓你回答yes或no，你要選no。 【R幫助文檔】為啥查看幫助文檔的時(shí)候？sqrt就行？pheatmap不行呢？
“你的第一個(gè)問號(hào)是中文的。 【網(wǎng)絡(luò)問題】這是什么問題呀？ image-20241230190421956“你這個(gè)是網(wǎng)絡(luò)問題，換個(gè)網(wǎng)絡(luò)環(huán)境試試。 【R包重裝】這是啥原因呢？ image-20241230190445230“因?yàn)槟闱懊鎙ibrary了這個(gè)包，現(xiàn)在你重裝就有這個(gè)提示。 【課程安排】請(qǐng)問答疑服務(wù)可以持續(xù)到什么時(shí)候呢？“課程結(jié)束后一個(gè)月，我們會(huì)繼續(xù)答疑，一個(gè)月后微信群不解散，有問題可以繼續(xù)提問，我們看到會(huì)盡量回復(fù)。 【Linux終端】不用termius用xshell可以嗎？“xshell要結(jié)合xftp哈。 【Linux基礎(chǔ)】在那個(gè)Linux里面刪除東西會(huì)不會(huì)刪除掉我電腦里本身存儲(chǔ)的那些文件??？“不會(huì)的哈，只要是鏈接到服務(wù)器之后，所有的操作都是在操作服務(wù)器。 【Linux命令】最后那個(gè)^C是啥意思呀？ “ctrl+c按出來就顯示成這樣，停止當(dāng)前正在運(yùn)行的命令。命令輸入完了，還沒執(zhí)行或者正在執(zhí)行，但又突然不想運(yùn)行這句命令，就可以按 Ctrl C 終止掉。 【R包安裝】請(qǐng)問這是需要下載最新版本R才行嗎？報(bào)錯(cuò)信息是 install.packages("ggplot")
Warning in install.packages :
package 'ggplot’ is not available for this version of R
> library(ggplot)
錯(cuò)誤于library(ggplot): 不存在叫'ggplot’這個(gè)名稱的程序包
“包的名字叫g(shù)gplot2，不叫g(shù)gplot。 【富集分析】這個(gè)報(bào)錯(cuò)google沒查到解決，genes是不為Null的 “ppt找富集不到的解決辦法，有一頁。 【數(shù)據(jù)整合】merge以后，test1和test2都少了一組數(shù)據(jù)，我想整合兩組數(shù)據(jù)的話怎么辦呢？ “在課程中PPT有一行小字“左連接右連接全連接直接看幫助文檔”，你可以去看一下幫助文檔。在我們第六天的課程里也會(huì)再次講到這個(gè)問題。 【Linux基礎(chǔ)】Data是Data.tar.gz解壓后產(chǎn)生的文件，為啥還不如壓縮版的文件大??？“你所看到的 4.0k ，只是一個(gè)虛標(biāo)的大小，在Linux中，絕大部分的文件夾大小都是 4.0k，虛標(biāo)的值。實(shí)際大小，你可以 du -sh Data 查看。 【終端工具】我在Termius官網(wǎng)找到的版本跟視頻教程里面的不一樣，請(qǐng)問下怎么能找到一樣的版本？“沒關(guān)系的 你只要注冊(cè)了之后 按照直播課來操作就好了 視頻教程不一樣很正常的 這個(gè)世界是個(gè)動(dòng)態(tài)發(fā)展的世界呀~ 【Linux命令】我使用 awk 命令在一個(gè)文件的每一行后面增加".ped"，但是處理完以后總是在每一行后面增加換行轉(zhuǎn)義符，.ped 也變成了亂碼，請(qǐng)問怎么回事？“你的文件，應(yīng)該之前有在windows 處理過，windows 版本的換行符和Linux版本換行符并不通用。你先用 dos2unix ref.fam 轉(zhuǎn)一下，然后再運(yùn)行上面代碼。 【差異分析】我想選取p<0.05的基因而不是adjp-value<0.05的基因進(jìn)行可視化，應(yīng)該怎末改改這個(gè)代碼呢？“將數(shù)據(jù)提取出來，直接使用ggplot自行畫圖。 【R包調(diào)用】安裝了，怎么調(diào)用不出來？“進(jìn)到R的交互界面里 library(getopt)
【環(huán)境管理】裝不了可能是啥原因？“可能是前面沒有寫conda。還有沒有切環(huán)境，要到對(duì)應(yīng)的環(huán)境，不要在base環(huán)境。 【Conda配置】我的R在/usr/local/bin/R有影響嗎？“有的 說明你的conda里沒有安裝R 那你按照上課視頻里的二維碼，去查看新葉老師的推文，按照推文一步一步安裝哈。先安裝r-base然后安裝其他的包。 【命令行問題】這個(gè)可能有什么問題呀，問了kimi也沒問出來？“你命令行前面的提示符為什么是>，你是不是在命令行打開了R，q()退出命令行的R。 【Conda環(huán)境】為啥五分鐘了還沒創(chuàng)建好？上次很快就好了?。?/span>“試試 Ctrl C 結(jié)束掉，重新登錄后再運(yùn)行 conda create。 【命令行報(bào)錯(cuò)】今天老顯示command not found？“不要從ppt里復(fù)制代碼，手動(dòng)敲。 【鏡像源選擇】這個(gè)鏡像選擇哪一個(gè)？“17。 【Conda報(bào)錯(cuò)】我的conda 為什么啟動(dòng)不了？“你應(yīng)該是不小心修改了某些文件，你的 ~/.bashrc 被你修改成這樣，你先退出登陸，我來處理吧。處理好以后，你退出，再重新登錄服務(wù)器。 【正則表達(dá)式】我輸入這個(gè)命令返回的結(jié)果不太能理解？“是匹配？前面這個(gè)T 0次或者1次。這里看起來很長是因?yàn)槎鄠€(gè)關(guān)鍵詞疊加了。 【Linux正則】grep -E在什么情況下需要加這個(gè)-E呢？“只要你想要用到正則表達(dá)式，你就預(yù)防性的開起來。 【Conda報(bào)錯(cuò)】一直提示這個(gè)錯(cuò)誤，如何解決？Error while loading conda entry point: conda-libmamba-solver (libarchive.so.20: cannot open shared object file: No such file or directory)
“你再重裝一次conda。 【數(shù)據(jù)解壓】這個(gè)解壓后不是10X的三個(gè)文件哦，該怎么弄呢？“請(qǐng)查看本期推文 https://mp.weixin.qq.com/s/M15kWdH8eDONfakNhY-enA 【R文件編輯】.R文件不用rstudio打開還能用什么打開？“R語言腳本，本質(zhì)上就是文本文件，如果你純粹先查看文本內(nèi)容，那就用 記事本打開，不過我們推薦文本編輯用 sublime。還有很多其他編程ide，如 vscode等都可以打開，取決于你想干什么。 【轉(zhuǎn)錄組測序】在運(yùn)行這句代碼的時(shí)候報(bào)錯(cuò)，是說明數(shù)據(jù)是空的嗎，沒有差異基因？“你沒有exp。 【文件傳輸】本地傳文件到服務(wù)器中途服務(wù)器斷開了，文件要重新傳嗎？“需要的，因?yàn)槲募煌暾荒苓M(jìn)行后續(xù)分析，最好傳輸完之后驗(yàn)證一下md5值哦。 【轉(zhuǎn)錄測序】我們做轉(zhuǎn)錄測序的時(shí)候測序下機(jī)是不是就是返回的就是fq數(shù)據(jù)？“是的，公司給你的就是fq文件。 【單細(xì)胞測序】如果我們前期已經(jīng)用10x平臺(tái)進(jìn)行單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組和BCR測序，上游linux委托公司做的話，我們進(jìn)行后續(xù)的下游分析，如要讓公司返給我們什么文件？“barcodes.tsv.gz, features.tsv.gz, matrix.mtx.gz 每個(gè)樣品一個(gè)文件夾，里面都是三個(gè)文件。每個(gè)樣品應(yīng)該是3個(gè)文件，一般來說是對(duì)每個(gè)樣品定量之后給這樣的文件。
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