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本文由微科盟phage根據(jù)實(shí)踐經(jīng)驗(yàn)而整理，希望對(duì)大家有幫助。 微科盟原創(chuàng)微文，歡迎轉(zhuǎn)發(fā)轉(zhuǎn)載。 寫在前面 Conda是一款可以幫助我們輕松安裝幾乎所有的生物信息學(xué)軟件的工具，說Conda目前分為Anaconda和Miniconda兩個(gè)版本。Anaconda和Miniconda的關(guān)系就好比QQ正式版和QQ輕聊版的關(guān)系一樣，使用Anaconda預(yù)裝了很多軟件包，而Miniconda為Anaconda的縮小版僅僅包括conda和 Python。Anaconda的大小大約500+MB，而Miniconda只有幾十MB，對(duì)于我們的筆記本以及小型服務(wù)器而言，推薦安裝Miniconda。 圖1 安裝步驟 第一步：Miniconda的下載 Windows版本下載： 在瀏覽器輸入網(wǎng)址：https://docs./en/latest/miniconda.html找到最新的Windows版本下載 Linux版本下載： wget-c https://repo./miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #下載Linux版本的Miniconda Mac版本下載： curl -O https://repo./miniconda/Miniconda3-latest-MacOSX- x86_64.sh 第二步：Miniconda的安裝 Windows版本：下載后雙擊運(yùn)行安裝 Linux安裝： chmod 777 Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #給miniconda軟件包可執(zhí)行權(quán)限 bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #安裝Miniconda 圖2 一路輸入Enter，然后再根據(jù)提示輸入yes，安裝成功。 第三步：?jiǎn)?dòng)Conda 如果沒有改變安裝位置的話，Conda應(yīng)該安裝在home/目錄下，我們找到miniconda3/這個(gè)文件夾。 圖3 輸入cd命令進(jìn)入到miniconda3中bin的目錄 圖4 可以看到bin/目錄下包括一個(gè)activate的文件，我們繼續(xù)輸入以下代碼 chmod 777 activate #給activate文件可執(zhí)行權(quán)限 source activate #啟動(dòng)conda 等終端出現(xiàn)（base）時(shí)候說明conda已經(jīng)成功啟動(dòng)！ 圖5 啟動(dòng)了conda 我們需要給conda添加channel才能安裝軟件，channel推薦使用官方的channels和清華的channels。 #官方channels conda config --add channels bioconda conda config --add channels conda-forge #清華的channels conda config --add channels https://mirrors.tuna./anaconda/pkgs/free/ conda config --add channels https://mirrors.tuna./anaconda/pkgs/main/ conda config --add channels https://mirrors.tuna./anaconda/cloud/conda-forge/ conda config --add channels https://mirrors.tuna./anaconda/cloud/bioconda/ Conda安裝軟件的步驟非常簡(jiǎn)單，只需一行命令即可安裝軟件。例如我們安裝軟件Muscle（一款序列比對(duì)的軟件）可以輸入以下命令 conda install muscle #安裝muscle 圖6 等安裝完成后輸入下面代碼可以查看已安裝軟件。 conda list 圖7 conda deactivate 圖8 conda env list#查看當(dāng)前存在哪些虛擬環(huán)境 conda update conda #檢查更新當(dāng)前conda conda create -n your_env_name #創(chuàng)造虛擬環(huán)境 source activate your_env_name#激活環(huán)境 source deactivate#退出環(huán)境 conda remove -n your_env_name#刪除環(huán)境 conda remove --name your_env_name package_name#刪除環(huán)境中的某個(gè)包 本文來源于微生態(tài)原創(chuàng)作者phage，僅用于學(xué)術(shù)分享，如有侵權(quán)，請(qǐng)聯(lián)系刪除！ |
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