31、前言

3.1、兩個序列間的核苷酸差異

來自同一祖先序列的兩條后裔序列，之間的核苷酸的差異隨著時間的增加而變大。簡單的計量方法，p距離

3.2、核苷酸代替數(shù)的估計

3.3、Jukes和Cantor模型

該模型假定任一位點的核苷替代都已相同頻率發(fā)生，且每一位點的核苷酸每年以α概率演變?yōu)槠渌我?種核苷酸中的一種。因此，每個位點每年的核苷酸代替率γ=3α

3.4、Kimura兩參數(shù)法

 在實際情況中，轉(zhuǎn)換替代速率大于顛換速率?？紤]到該情況，Kimura提出了新模型，來計算每個位點的氨基酸替代數(shù)。

 3.5、Tajam和Nei模型

 3.6、Tamura模型

  3.7、Tamura和NEI模型

  3.8、不同距離的比較

3.9、舉例

 3.10、Γ距離

 3.11、進化距離的數(shù)值估計

3.12、核苷酸序列的對位排列

3.13、進化距離估計中有關(guān)序列間隔的處理