公元1756年，清朝在積蓄多年的力量后，乾隆帝派出了兩路大軍，一路西征，滅亡了準(zhǔn)噶爾汗國(guó)，重新統(tǒng)一西域，同時(shí)也遏制了沙俄對(duì)我國(guó)領(lǐng)土的蠶食。

清軍在平定西域達(dá)瓦奇的時(shí)候，解救了被準(zhǔn)噶爾軟禁起來(lái)的白山和卓阿哈瑪特及他的大兒子博羅尼都、小兒子霍集占，然后讓博羅尼都統(tǒng)治天山以南，讓霍集占在伊犁地區(qū)統(tǒng)治當(dāng)?shù)氐木S吾爾族。他們倆就是歷史上的“大小和卓”。

“和卓”二字，是阿拉伯語(yǔ)的音譯，意為“圣人的子孫”，凡是和卓，都認(rèn)為自己是伊斯蘭教默罕默德的后裔。當(dāng)時(shí)，伊斯蘭教在天山以南占據(jù)絕對(duì)統(tǒng)治地位，和卓在教徒中的影響力和權(quán)力都很大。

大小和卓本來(lái)是在清朝的幫助下一躍從階下囚變?yōu)樘焐揭阅系貐^(qū)的統(tǒng)治者，可是他們卻忘恩負(fù)義，先后背叛了清朝。先是小和卓打著“反對(duì)異教徒”的口號(hào)煽動(dòng)反清叛亂。

大和卓開始還猶豫，認(rèn)為清政府“恩不可負(fù)”。但是小和卓網(wǎng)羅和脅迫了一批軍政要人和信徒，形成了以自己為核心的反動(dòng)勢(shì)力，大和卓經(jīng)不住狂熱的蠱惑，最終也成為叛亂首領(lǐng)。

1757年，小和卓在庫(kù)車打出了“巴圖爾汗國(guó)”的旗號(hào)，自稱“巴圖爾汗”，與已經(jīng)統(tǒng)一西域的清政府決裂，發(fā)動(dòng)叛亂?？κ哺翣?、葉爾羌、和田、阿克蘇等地先后卷入。庫(kù)車的阿奇木伯克（新疆一種官職）鄂對(duì)反對(duì)叛亂，逃到伊犁投奔清軍，殘酷的小和卓下令捕殺了鄂對(duì)的全家。

清朝對(duì)“大小和卓”的辦法是“先禮后兵”。先是派招撫使前去招降，小和卓竟然把招撫人員全部殺害。這樣一來(lái)，清朝就完全把叛軍置于不義之地。

1758年，清政府派出平叛大軍，先以雅爾哈善為將軍，后來(lái)此人因貽誤戰(zhàn)機(jī)被斬，改派在平定阿睦爾撒戰(zhàn)役中立功的大將兆惠領(lǐng)兵進(jìn)剿。

同年秋天，兆惠率領(lǐng)4000人進(jìn)攻葉爾羌，在城東喀喇蘇河邊扎營(yíng)，喀喇蘇河譯成漢語(yǔ)就是“黑水”的意思，因此，這支軍隊(duì)也稱為黑水營(yíng)。

由于后續(xù)部隊(duì)沒能及時(shí)跟上，黑水營(yíng)遭到大小和卓軍隊(duì)的包圍，叛軍久攻不下。黑水營(yíng)的清軍彈藥逐漸的越來(lái)越少，兆惠就定下了“草船借箭”的妙計(jì)，他讓部下故意引誘敵人開槍放炮，使槍炮都打在樹上，然后，清軍砍樹當(dāng)柴，并挖出鉛彈近萬(wàn)顆，從而解決了彈藥的問題。

解決了彈藥的問題，清軍的糧食問題又越來(lái)越困難。但是，黑水營(yíng)的清軍真是福星高照，在他們耗盡糧草后，居然在挖水渠的時(shí)候，挖到了以前維吾爾族人民為了防止準(zhǔn)噶爾貴族搶劫而窖藏的糧食，因此，又固守了3個(gè)月，毫發(fā)無(wú)損。

1759年1月，清朝援軍趕到，大破叛軍，大小和卓戰(zhàn)敗后逃竄至喀什噶爾和葉爾羌。同年夏，清軍繼續(xù)追剿，分兵直取這兩地。大小和卓又逃往巴達(dá)克山國(guó)。

巴達(dá)克山國(guó)國(guó)王蘇勒坦沙將大小和卓擒住并處死，同時(shí)，派遣使者向清朝表示歸附。至此，清朝在平定“大小和卓”叛亂后，徹底完成了重新統(tǒng)一新疆的偉大事業(yè)。當(dāng)時(shí)著名的詩(shī)人王芑孫有感于祖國(guó)的遼闊，賦詩(shī)一首：

二萬(wàn)輿圖指掌通，大荒直北是西濛。

冰天火地皆堯壤，一發(fā)祁連界畫中。