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你是不是也同我之前一樣只能用數(shù)字展示工作，結(jié)果枯燥又不直觀 所以我現(xiàn)在越來(lái)越喜歡可視化工具了呢~ 一圖勝千言，好的可視化工具絕對(duì)會(huì)給我們的工作加速又加分。 今天筆者向大家推薦兩款序列比對(duì)可視化神器IGV和Tablet。對(duì)的，兩款，大家可根據(jù)自己的喜好選擇呢。 IGV：知名又強(qiáng)大 全稱Integrative Genomics Viewer (IGV) 官方網(wǎng)址：http://software./software/igv/ Tablet：低調(diào)而美觀 官方網(wǎng)址： https://ics./tablet/ 兩款工具雖然界面不同，功能類似，都支持序列比對(duì)的可視化。 簡(jiǎn)單的說(shuō)，通過(guò)這兩個(gè)工具我們可以直觀的查看序列與參考基因組的比對(duì)情況，比如覆蓋區(qū)域、深度，特定區(qū)域的read掛載情況，以及variant情況等等。 這兩款軟件都是直接在官網(wǎng)下載安裝包后本地即可安裝，且都支持多個(gè)系統(tǒng)平臺(tái)（Linux、Windows和Mac），可謂是兼容性非常的良好。 最后簡(jiǎn)單的說(shuō)一下使用方法（兩個(gè)軟件基本一致，只是結(jié)果頁(yè)面略有差異） 準(zhǔn)備的輸入文件必須有兩類： 第一類：參考基因組。必須為fasta格式，且該基因組需要提前建好庫(kù)，并且?guī)煳募仨毰c參考基因組同名且放置于同樣的路徑下。 建庫(kù)方法如下（以bowtie2為例）： bowtie2-build reference.fasta reference.fasta第二類：比對(duì)文件。建議為bam格式，且bam文件需要提前排序。 bowtie2 -x reference.fasta -1 input_1.fq -2 input_2.fq -S query.samsamtools sort -@ 4 -O bam -o query.sorted.bam query.samsamtools index query.sorted.bam準(zhǔn)備好輸入文件后，鼠標(biāo)點(diǎn)點(diǎn)點(diǎn)load就可以啦~ 是不是又直觀又簡(jiǎn)單呢？如果你有什么好的工具，也歡迎留言與大家分享呢~ 每一天獲得一點(diǎn)微小的收獲和進(jìn)步。小確幸的科研也很好。與君共勉！ |
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