第二篇：通過得分就能判斷鑒定到種或鑒定到屬嗎？

臨床微生物行業(yè)的圣經(jīng)級(jí)參考書CLSI M58，國(guó)內(nèi)多篇MALDI-TOF質(zhì)譜專家共識(shí)以及一些MALDI-TOF質(zhì)譜廠家的技術(shù)文件，一致認(rèn)為得分的高低可以判定鑒定到種水平或鑒定到屬水平或無(wú)法鑒定，要了解是否是真的，需要先知曉微生物質(zhì)譜建庫(kù)的模式，目前市面上流行的微生物建庫(kù)模式大概兩類：

第一：按照種比對(duì)建庫(kù)，不同來(lái)源的同一種菌（比如世界各地或全國(guó)各地不同實(shí)驗(yàn)室的100株ECO），進(jìn)行質(zhì)譜圖采集（假設(shè)每一株菌采集20個(gè)峰圖，該種菌共計(jì)50株），再把所有峰圖（20*50=1000）疊加，后形成該種菌的標(biāo)準(zhǔn)譜圖或質(zhì)譜圖權(quán)重表，示例圖1，圖中形狀代表菌種，顏色代表不同來(lái)源的菌株，六角形這種菌數(shù)據(jù)庫(kù)譜圖是由10株不同來(lái)源六角形菌的譜圖擬合疊加而成。數(shù)據(jù)庫(kù)多少種菌就有多少個(gè)譜圖。

數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)：一個(gè)未知峰圖與數(shù)據(jù)庫(kù)中每種菌的峰圖進(jìn)行比較，得出與該種屬菌的匹配性（一般用百分?jǐn)?shù)表示），見圖2。

第二：按照株比對(duì)建庫(kù)，一株菌采集不同多個(gè)峰圖（假設(shè)每一株菌采集20個(gè)峰圖），將這20個(gè)峰圖疊加形成該株菌的峰圖，示例圖3，5株六角形菌譜圖都在數(shù)據(jù)庫(kù)里，只有1株四角形菌，數(shù)據(jù)有多少株菌，就有多少個(gè)譜圖。比如某廠家質(zhì)譜宣傳數(shù)據(jù)庫(kù)能鑒定4000種，10000株，即平均每種菌只有2.5個(gè)菌株，估計(jì)有3000種以上的菌只有1株菌。

數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)：一個(gè)未知峰圖與數(shù)據(jù)庫(kù)中每株菌的峰圖進(jìn)行比較，得出與該株菌的匹配性（一般用數(shù)字表示，不同質(zhì)譜廠家表現(xiàn)形式各異），見圖4。一般提示前十名或前二十名菌株信息。

綜上所述，不論哪一種比對(duì)算法，從得分上都不能確定鑒定到屬，得分僅能顯示所測(cè)菌的峰圖與建數(shù)據(jù)庫(kù)時(shí)該種菌或該株菌的峰圖匹配性。

第一種按種比對(duì)建庫(kù)還能確定到種，第二種只能到株，如果到種還需要進(jìn)一步運(yùn)算。

第二種按株比對(duì)算法可能出現(xiàn)：

（1）前十名都在規(guī)定的分?jǐn)?shù)以上，但出現(xiàn)不同種屬時(shí)，需要對(duì)結(jié)果進(jìn)行復(fù)核測(cè)試。

（2）前十名都小于規(guī)定的分?jǐn)?shù)，但出現(xiàn)同一種菌時(shí)，其結(jié)果也可能是對(duì)的，只不過該菌譜圖與建庫(kù)菌的譜圖匹配性略低。