民法典第七十四條規(guī)定，法人可以依法設立分支機構。法律、行政法規(guī)規(guī)定分支機構應當登記的，依照其規(guī)定。

分支機構以自己的名義從事民事活動，產生的民事責任由法人承擔；也可以先以該分支機構管理的財產承擔，不足以承擔的，由法人承擔。

公司法第十四條規(guī)定，公司可以設立分公司。設立分公司，應當向公司登記機關申請登記，領取營業(yè)執(zhí)照。

分公司不具有法人資格，其民事責任由公司承擔。

由此可見，總分公司雖然營業(yè)執(zhí)照不同，但在法律上屬于同一個法人主體，由此就決定了總分公司增值稅方面是兩個納稅人，企業(yè)所得稅方面是一個納稅人。

總分公司是不同的增值稅納稅人，最直觀的表現就是它們擁有各自的納稅人識別號，因此，總分公司納稅人資格不一樣是有可能的，比如說總公司是一般納稅人，分公司是小規(guī)模納稅人，或者相反，反正它倆在增值稅方面是各算的，各自計提銷項，各自抵扣進項。

同樣的道理，如果一個總公司下設了很多分公司，各個分公司也都屬于獨立的增值稅納稅人。

一個比較現實的問題是，總分公司之間發(fā)生應稅行為是否需要確認增值稅呢？答案是，除個別情況外（如兩個分公司都在同一縣（市），它們之間相互移送貨物用于銷售，無需視同銷售） ，均需作銷售或視同銷售處理，一個做銷項，一個做進項。

比如，總公司向分公司提供了人員、管理等服務，分公司向其按年或者按照產值比例繳納管理費，這顯然就屬于總公司在向分公司提供企業(yè)管理服務，應由總公司向分公司開具增值稅發(fā)票，分公司可以抵扣進項。

這一點就與沒有辦理工商登記的建筑企業(yè)項目部之間的關系截然不同，同一個增值稅納稅人下的A項目部將剩余的鋼材，轉讓給B項目部，盡管在會計和結算上需要進行處理，以明確權責利，但由于銷售并未實現，故無需做增值稅處理。

我國企業(yè)所得稅實行法人稅制，總分公司既然是一個法人，那它們的所得稅就應當匯總繳納。

總公司本部的應納稅所得額與所有分公司的應納稅所得額合并計算，得出公司整體的應納稅所得額，據以交稅。在實務操作中，根據現行會計制度的規(guī)定，總分公司的利潤表需要匯總，如有內部交易還需要抵消，這樣，以公司整體的利潤總額為基礎，通過納稅調整，就可以實現總分公司應納稅所得額的匯總。

顯然，允許總分公司匯總納稅，可以平衡總分公司之間的盈虧，對企業(yè)是一件好事。但需要注意的是，根據現行所得稅政策的規(guī)定，境外分公司如有虧損，是不能抵減境內盈利的。

總分公司應當匯總納稅，說的是應納稅所得額和應納稅額應當匯總計算，但在實際繳納稅款時，對于總分公司跨省級行政區(qū)的，根據國家稅務總局公告2012年57號公告的規(guī)定，還需要在預繳和匯繳兩個環(huán)節(jié)，按照三因素法分配稅款，由總分公司分別進行納稅申報。

但在實務操作中，有些跨省的分公司，是在分公司當地獨立繳納企業(yè)所得稅的，出現這種情況可能有兩個原因：

一是，總分公司未辦理企業(yè)所得稅匯總納稅納稅信息報告，因此總分公司在稅務系統(tǒng)內未被標注為匯總納稅身份，具體辦理方法請參見《納稅服務規(guī)范3.0》之「1.5.10—033 企業(yè)所得稅匯總納稅信息報告」。

二是，根據2012年57號公告第二十四條的規(guī)定，以總公司名義進行生產經營的分公司，無法提供匯總納稅企業(yè)分支機構所得稅分配表，也無法提供相關證據證明其二級及以下分支機構身份的，應視同獨立納稅人計算并就地繳納企業(yè)所得稅。

思考一個問題，如果分公司是獨立的企業(yè)所得稅納稅人，它能夠單獨適用小型微利企業(yè)所得稅優(yōu)惠條件嗎？