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連鎖不平衡圖，用來可視化不同SNP之間的連鎖程度，前同事間俗稱“倒三角”圖。 本文使用自己的數(shù)據(jù)，因為安裝R包后使用內(nèi)置數(shù)據(jù)集運(yùn)行出結(jié)果較容易，但是自己的數(shù)據(jù)就可能會有一些不大不小的“坑”，我替你們趟了。。。 一 載入R包 數(shù)據(jù)數(shù)據(jù)為內(nèi)置CEUData保存后，進(jìn)行了“細(xì)微”的處理（去掉SNP堿基之間的“/”），這種基因型文件很常見； library("LDheatmap")
#讀入數(shù)據(jù)
SNP <- read.csv("CEUSNP.csv",header = TRUE)
pos <- read.csv("CEUDist.csv",header= TRUE)
#查看數(shù)據(jù)
head(pos)
SNP[1:4,1:4]  二 繪制連鎖不平衡圖2.1 直接繪制SNPpos <- pos$x
LDheatmap(SNP, SNPpos,color = grey.colors(20)) Error in LDheatmap(SNP, SNPpos, color = grey.colors(20)) : column 1 is not a genotype object
額， 也許是因為沒有“/”的原因，加上試試？ 2.2 堿基型之間加“/“怎么加呢？ 首先想到 Tidyverse|數(shù)據(jù)列的分分合合，一分多，多合一的separate和unite，可是沒有分隔符。。 經(jīng)高人指點(diǎn) ，使用替換的方式，解決方法很多。此處使用R-do包的函數(shù) library(do)
df <- na.omit(SNP)
#A,C,G ,T 替換為A/,C/,G/,T/
df1 = do::Replace(df,pattern = c("A:A/","C:C/","G:G/","T:T/"))
#去掉最后的/
SNPdata <- do::Trim(df1,"/")
SNPdata[1:4,1:4]
rs4615512 rs2283089 rs1894731 rs2283092
1 T/C C/C A/A T/T
2 T/C C/T A/A T/T
3 T/C C/C A/A T/T
5 T/C C/C A/A T/T 加上了，再次繪圖 LDheatmap(SNPdata, SNPpos,color = grey.colors(20)) Error in LDheatmap(SNPdata, SNPpos, color = grey.colors(20)) : column 1 is not a genotype object
額 ，還是不行，同樣的報錯。檢索報錯，嘗試轉(zhuǎn)換數(shù)據(jù)格式。 2.3 堿基型轉(zhuǎn)為genotype使用genetics包的函數(shù)轉(zhuǎn)化 library("genetics")
for(i in 1:ncol(SNPdata)){
SNPdata[,i]<-as.genotype(SNPdata[,i])
}
LDheatmap(SNPdata, SNPpos,color = grey.colors(20))
額 ，，，終于可以了。。。 三 圖形調(diào)整，優(yōu)化3.1 調(diào)整顏色，更改標(biāo)題，標(biāo)示SNP名稱color.rgb <- colorRampPalette(rev(c("white","red")),space="rgb")
## 繪制連鎖不平衡圖
names <- c("rs1111183", "rs2237789", "rs2299531")
LDheatmap(SNPdata, SNPpos,
color=color.rgb(20),
title = "DEU Pairwise LD",
SNP.name=names,flip=TRUE)  3.2 使用grid調(diào)整SNP標(biāo)記名稱字體大小、顏色library(grid)
grid.edit(gPath("ldheatmap", "geneMap","SNPnames"),
gp = gpar(col="black",lwd = 1,cex=0.7))  所謂的”倒三角圖“完成，haploview軟件也很好看，且有block，批量也許不太友好，見仁見智了！
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