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探索SARS-CoV2核苷酸序列

 貝思德管理 2020-02-17

Web數(shù)據(jù)庫獲取序列信息。 檢索SARS-CoV2基因組的序列信息,從GenBank數(shù)據(jù)庫檢索核苷酸序列,并創(chuàng)建一個(gè)字符數(shù)組。

確定核苷酸組成:

以下過程說明了如何確定單體和二聚體,然后在圖表和條形圖中可視化數(shù)據(jù)。 具有較高百分比的A + T核苷酸的DNA序列片段通常表示序列的基因間部分,而較低的A + T和較高的G + C核苷酸百分比表示可能的基因。 CG二核苷酸含量高通常位于基因之前。將序列讀入后,可以使用序列統(tǒng)計(jì)功能確定序列是否具有蛋白質(zhì)編碼區(qū)的特征。 該圖顯示基因組富含A + T。

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將功能basecountchart選項(xiàng)一起使用以可視化核苷酸分布。餅圖顯示如下:

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按順序計(jì)算二聚體并在條形圖中顯示信息。

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確定密碼子組成:

以下過程說明了如何查看六個(gè)ORF的密碼子。 三核苷酸(密碼子)編碼氨基酸,核苷酸序列中有64個(gè)可能的密碼子。 與表中的預(yù)期密碼子使用情況進(jìn)行比較時(shí),了解序列中密碼子的百分比可能會(huì)有所幫助。

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結(jié)論:

分析該序列的密碼子組成。 計(jì)算核苷酸序列中的密碼子。進(jìn)一步找到SARS-CoV-2診斷、預(yù)防或治療方法。

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