“山窮水盡疑無(wú)路，柳暗花明又一村”

某天，想收集一類藥物的作用靶點(diǎn)，上了Drugbank獲取了全部數(shù)據(jù)，加載到R中，解析出來(lái)后蒙圈了，它居然一個(gè)基因靶點(diǎn)對(duì)應(yīng)了多個(gè)名稱。這就很為難了。
怎么從基因全稱獲取它的縮寫呢？
我知道Uniprot可以弄，但小白一個(gè)個(gè)輸入查詢，那就很痛苦了！

能不能從基因的全稱來(lái)批量獲取其縮寫呢？

到群上提了問(wèn)，又雙叒叕得到 jimmy老師的點(diǎn)撥。
當(dāng)然可以！org.Hs.eg.db包可以做！
代碼如下：

代碼里面很巧妙地用了兩次Totable函數(shù)，雖然還不太懂它的作用，但好不好用，看效果，一運(yùn)行就得到了基因和全稱對(duì)應(yīng)的數(shù)據(jù)框。
這樣的數(shù)據(jù)放到R里可是輕輕松松可以認(rèn)識(shí)的!

OK，之后導(dǎo)入數(shù)據(jù)執(zhí)行代碼。
幾秒鐘，瞬間無(wú)痛解決基因從全稱到縮寫的轉(zhuǎn)換問(wèn)題！
雖然Drugbank有點(diǎn)坑，有些基因全稱因?yàn)楹桶刑峁┑娜Q不一致所有沒(méi)辦法匹配上，但總算是最大程度解決了我的困惑。

此外，讀了下生信菜鳥團(tuán)的相關(guān)推文，發(fā)現(xiàn)這個(gè)包還有其他轉(zhuǎn)換的用法。
看一眼包中的所含的信息

keytypes(org.Hs.eg.db)#包里面有的數(shù)據(jù)注釋類別共有26個(gè)# [1] 'ACCNUM'       'ALIAS'        'ENSEMBL'    'ENSEMBLPROT'  'ENSEMBLTRANS' 'ENTREZID'    
 #[7] 'ENZYME'       'EVIDENCE'     'EVIDENCEALL'  'GENENAME'     'GO'           'GOALL'       #[13] 'IPI'          'MAP'          'OMIM'         'ONTOLOGY'     'ONTOLOGYALL'  'PATH'        #[19] 'PFAM'         'PMID'         'PROSITE'      'REFSEQ'       'SYMBOL'       'UCSCKG'      #[25] 'UNIGENE'      'UNIPROT'  

比如，可以借助select函數(shù)從ENSG0編號(hào)或是ENTREZID獲取對(duì)應(yīng)的基因名稱及全稱。當(dāng)然從基因的名稱或者全稱反過(guò)來(lái)獲取前兩者也是可以的。
select函數(shù)的結(jié)構(gòu)
select(org.Hs.eg.db, keys= , columns= , keytype=' ')

bingo!運(yùn)行完的結(jié)果

image.png

以此類推，要獲取什么類別的信息，只要改函數(shù)中數(shù)據(jù)的key、colums對(duì)象，和keytype就好了！