這是發(fā)布在bioconductor平臺(tái)上面的一個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)文件，可以通過(guò)R里面下載安裝并使用，非常方便。而且用的是數(shù)據(jù)庫(kù)存儲(chǔ)方式，所以搜索起來(lái)也是非?？焖?。

這個(gè)包里面有28個(gè)主流數(shù)據(jù)資料文件，這樣我們可以用select函數(shù)根據(jù)我們自己的ID在這28個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)里面隨意轉(zhuǎn)換自己想要的信息！?。?/p>

當(dāng)然我本人是比較喜歡直接下載原文件，然后寫(xiě)腳本自己進(jìn)行各種數(shù)據(jù)直接的轉(zhuǎn)換。

首先我們加載這個(gè)數(shù)據(jù)包，可以看到這個(gè)數(shù)據(jù)包依賴于很多其它的包，如果是第一次安裝。會(huì)耗時(shí)很長(zhǎng)！

用這個(gè)函數(shù)，可以看到這個(gè)org.Hs.eg.db數(shù)據(jù)對(duì)象里面包含著各大主流數(shù)據(jù)庫(kù)的數(shù)據(jù)，一般人都比較熟悉的entrez ID 和ensembl 數(shù)據(jù)庫(kù)的ID。

keytypes(org.Hs.eg.db)

##  [1] “ENTREZID”     “PFAM”         “IPI”          “PROSITE”

##  [5] “ACCNUM”       “ALIAS”        “ENZYME”       “MAP”

##  [9] “PATH”         “PMID”         “REFSEQ”       “SYMBOL”

##  [13] “UNIGENE”      “ENSEMBL”      “ENSEMBLPROT”  “ENSEMBLTRANS”

##  [17] “GENENAME”     “UNIPROT”      “GO”           “EVIDENCE”

##  [21] “ONTOLOGY”     “GOALL”        “EVIDENCEALL”  “ONTOLOGYALL”

##  [25] “OMIM”         “UCSCKG”

然后，我們用select函數(shù)，就可以把任意公共數(shù)據(jù)庫(kù)的數(shù)據(jù)進(jìn)行一一對(duì)應(yīng)了。

ensids <>

“ENSG00000144644″, “ENSG00000159307″, “ENSG00000144485″)

cols <>

select(org.Hs.eg.db, keys=ensids, columns=cols, keytype=”ENSEMBL”)

比如說(shuō)，我們有幾個(gè)ensembl的基因ID號(hào)。然后我們想找它所對(duì)應(yīng)的gene名和縮略詞簡(jiǎn)稱，就通過(guò)select函數(shù)來(lái)搞定即可！

select(org.Hs.eg.db, keys=”BRCA1″, columns=c(“ENSEMBL”,”UNIGENE”,”ENTREZID”,”CHR”,”GO”,”GENENAME”), keytype=”SYMBOL”)

這樣得到了這個(gè)BRCA1基因的大部分信息，只是它的GO條目太多了，看得有點(diǎn)亂。

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