與結(jié)腸癌預(yù)后相關(guān)的lncRNA，miRNA和mRNA形成

競(jìng)爭(zhēng)內(nèi)源性RNA網(wǎng)絡(luò)

今天小編跟大家分享一個(gè)19年7月17號(hào)發(fā)表（Provisional）的ceRNA的文章。

這個(gè)文章做的也是ceRNA分析，不過(guò)它不同的地方在于不是類似其他的ceRNA套路（附推），通過(guò)篩選差異的mRNA、miRNA、lncRNA，然后構(gòu)建網(wǎng)絡(luò)，然后各種降維做預(yù)后分析，最后落腳點(diǎn)在lncRNA上。

這個(gè)文獻(xiàn)篩選完差異之后，分別對(duì)mRNA、miRNA、lncRNA做預(yù)后分析，分別篩選跟結(jié)腸癌預(yù)后相關(guān)的mRNA、miRNA、lncRNA，然后再構(gòu)建ceRNA網(wǎng)絡(luò)。這個(gè)ceRNA網(wǎng)絡(luò)就真的完完全全是跟預(yù)后相關(guān)的ceRNA網(wǎng)絡(luò)了。用作者的原話說(shuō)就是構(gòu)建了一個(gè)多組學(xué)的風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估模型。

This study identified several potential prognostic biomarkers to construct  a multi-RNA-based prognostic model for colon cancer.

技術(shù)路線

1 數(shù)據(jù)評(píng)估和獲取

評(píng)估標(biāo)準(zhǔn)：

（1）樣本有完整的性別、年齡、腫瘤狀態(tài)和分期、組織學(xué)類型

（2）樣本有完整的lncRNA-seq, mRNA-seq and miRNA-seq

（3）隨訪時(shí)間>30d

結(jié)果：case: 473  control: 41

2 差異表達(dá)RNA篩選

使用R包：edgeR 篩選差異lncRNA, mRNA and miRNA

3 單因素生存分析找出與預(yù)后相關(guān)的RNA

4生存相關(guān)mRNA基因構(gòu)建PPI互作網(wǎng)絡(luò)、功能富集分析

5建立生存風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分模型

用預(yù)后相關(guān)的lncRNA, mRNA and miRNA做cox多元回歸分析 

6:構(gòu)ceRNA網(wǎng)絡(luò)