隨著腫瘤的前瞻性臨床測序在癌癥治療中的應(yīng)用，迫切需要一種臨床支持工具，能夠?qū)⑴c特定突變事件相關(guān)的臨床證據(jù)提煉成標準化且易于解釋的格式。目前已經(jīng)有很多這樣的數(shù)據(jù)庫，比如：OncoKB，My Cancer Genome和CIVIC等，在這里給大家詳細介紹另一個好用且仍在更新的癌癥基因數(shù)據(jù)庫-CKB。

杰克遜實驗室臨床知識庫(CKB)是一個半自動/手工管理的數(shù)據(jù)庫(https://ckb./)，與基因組數(shù)據(jù)庫(如COSMIC或cBioPortal)不同，其更側(cè)重于存儲來自患者臨床樣本的基因組數(shù)據(jù)，進而可用于癌癥基因組變異的大規(guī)模分析。

杰克遜實驗室80多年來在基因發(fā)現(xiàn)方面發(fā)揮著重要作用，從最早將癌癥確定為一種遺傳疾病研究，到今天精確醫(yī)學領(lǐng)域的工作，為改善人類健康做出了很大的貢獻。

CKB數(shù)據(jù)概述:

CKB知識庫包含基因/變異注釋、治療、診斷/預(yù)后信息以及與腫瘤相關(guān)的臨床試驗，不僅收錄了有關(guān)體細胞基因變異對蛋白功能影響的最新信息，還通過循證醫(yī)學證據(jù)將變異與靶向治療聯(lián)系起來。此外，CKB整理了臨床試驗患者包括基因組改變(基因型特異性)的入組標準，目前CKB的公共訪問版本包含85個常見驅(qū)動基因。

CKB中的數(shù)據(jù)關(guān)系

CKB分子譜包含一個或多個基因變異，包括任何單核苷酸變異、插入、缺失、重復(fù)、拷貝數(shù)變異和/或表達變化。單核苷酸變異、小插入或缺失以及重復(fù)的命名遵循HGVS命名法。CKB還包含了“higher order variants”以適應(yīng)未指定的變異，如EGFR mut、EGFR act mut(用于EGFR激活突變)和EGFR exon 19 deletion。另外更復(fù)雜的分子譜可以包含來自多個基因的變異，如“KRAS G12D + PTEN dec exp + TP53 R306*”。

這些分子譜通過“分子檔案反應(yīng)”鏈接到有效的證據(jù)注釋，這些注釋由已發(fā)表的文獻整理而成?？梢郧逦夭樵兊綇?fù)雜分子譜與治療反應(yīng)之間的關(guān)系（圖1a）。尤其是復(fù)雜分子譜的概念的引入，使治療效果數(shù)據(jù)與多個基因組變化同時關(guān)聯(lián)，可以快速準確地評估復(fù)雜的癌癥相關(guān)數(shù)據(jù)，可能有助于簡化臨床決策。例如EGFR E746_A750del和MET擴增，在一項臨床研究(證據(jù)來源)中被證明具有該復(fù)雜突變的肺腺癌(腫瘤類型)患者對奧希替尼(治療)具有耐藥性(反應(yīng)類型) （圖1b）。

圖1

數(shù)據(jù)分布情況

對CKB中有效性證據(jù)的分析顯示， 9271個證據(jù)中有31%與復(fù)雜的分子結(jié)構(gòu)有關(guān)，其中，87.3%的證據(jù)系基于臨床前研究(圖2b中藍色條形圖之和)，12.7%來自臨床研究或臨床試驗數(shù)據(jù)(圖2b中橙色條形圖之和)。在所有與復(fù)雜分子譜相關(guān)的證據(jù)中，55.1%與陽性反應(yīng)類型相關(guān)(表明分子譜與治療反應(yīng)之間存在陽性關(guān)聯(lián)的證據(jù))，44.9%與陰性反應(yīng)類型相關(guān)(圖2b)。

圖2

腫瘤中經(jīng)常存在復(fù)雜的基因變異，但目前大多數(shù)與癌癥相關(guān)的療效數(shù)據(jù)都顯示為在單個相關(guān)改變的背景下，因此很難判斷在腫瘤這種復(fù)雜的變異情況中的治療效果，然而該CKB數(shù)據(jù)庫，整理了各種復(fù)雜場景的證據(jù)解釋，并將可能影響治療效果的機制可視化，相信將能夠為臨床決策或科研提供很大的幫助。