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文章來源于：sci666 TCGA數(shù)據(jù)庫目前是科研中最常用的數(shù)據(jù)庫之一，其中儲存著多種疾病的各組學(xué)的數(shù)據(jù)，借助該數(shù)據(jù)庫，幫助了很多研究生們發(fā)表了自己的文章，達(dá)到了畢業(yè)條件。但是，如果你是剛?cè)腴T的新手，不用擔(dān)心，跟著我們的系列推文，完成TCGA數(shù)據(jù)庫的認(rèn)識與下載，開啟TCGA數(shù)據(jù)庫的大門。今天我們就來學(xué)習(xí)一下TCGA數(shù)據(jù)庫中癌癥的RNAseq數(shù)據(jù)下載。 1.TCGA數(shù)據(jù)庫簡介 TCGA數(shù)據(jù)庫全稱為The Cancer Genome Atlas，如名所示，它主要儲存關(guān)于各類腫瘤的一個基本信息，包括RNAseq，miRNAseq，DNA甲基化，CNV，SNP等信息，它是目前為止我們可以獲得的公開數(shù)據(jù)庫里面數(shù)據(jù)相對全面的一個，在各個領(lǐng)域得到了廣泛的應(yīng)用，為腫瘤基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)和轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)研究者提供了海量的基因組數(shù)據(jù)和與其關(guān)聯(lián)的臨床數(shù)據(jù),這為挖掘有意義的基因組變化和發(fā)現(xiàn)影響腫瘤起始、發(fā)展、分化、轉(zhuǎn)移等生物學(xué)機(jī)制提供了海量數(shù)據(jù)基礎(chǔ)。 2.TCGA網(wǎng)址 https://portal.gdc./ 首頁模樣如下：  3. 點(diǎn)擊 Repository，進(jìn)入數(shù)據(jù)存儲地，就會出現(xiàn)下面這個界面  4. 點(diǎn)擊 Case，選擇疾病類型，就會出現(xiàn)下面這個界面，用于挑選各類癌癥，比如我們選擇喉癌（Larynx），在其前面打鉤即可。   5.接著點(diǎn)擊 File，選擇文件類型，就會出現(xiàn)下面這個界面，用于選擇需要下載文件的數(shù)據(jù)類型，因?yàn)槲覀冃枰螺d的是RNAseq的數(shù)據(jù)，所以需要在Transcriptome Profiling，在其前面打鉤即可。  6.在Data Type選擇Gene Expression Quantification，在Experimental Strategy上由于只有一個選項(xiàng)，所以我們不用選擇也可以，主要看到有三種類型，分別是counts，F(xiàn)PKM和FPKM-UQ，分別表示counts數(shù)和兩種歸一化后的值，一般推薦下載counts數(shù)據(jù)。  7. 點(diǎn)擊counts之后，我們可以看到每一步操作都會記錄在里面，如下，也可以看到數(shù)據(jù)大小是31兆。  8. 點(diǎn)擊Add All Files to Cart，然后就會看到箭頭所指的地方，變?yōu)橄鄳?yīng)的樣本數(shù)，接著點(diǎn)擊cart，如下：   9. 點(diǎn)擊download，下載cart即可  這樣你就完成了第一步基于網(wǎng)頁版tcga數(shù)據(jù)的下載。 10.下載的數(shù)據(jù)模樣  下載的結(jié)果是一個壓縮包，我們解壓之后就會發(fā)現(xiàn)，每個文件存儲的為一個樣本。 OK，今天的數(shù)據(jù)下載先講到這，下期再見。 關(guān)注公眾號，后臺回復(fù)“生信資源”，獲取200G生信資源包 |
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