首選你得知道如何進(jìn)入TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)，知道如何選擇需要的癌癥分類，和數(shù)據(jù)類型，在選擇基因表達(dá)的時(shí)候，經(jīng)常遇到一個(gè)問(wèn)題，有個(gè)選項(xiàng)：HTSeq-Counts，HTSeq-FPKM，HTSeq-FPKM-UQ，不少學(xué)員對(duì)此產(chǎn)生困惑，這里究竟應(yīng)該如何選擇，每個(gè)選項(xiàng)究竟是什么意思。

簡(jiǎn)單的講，Counts是數(shù)據(jù)后臺(tái)沒(méi)有處理的原始表達(dá)量，而FPKM和FPKM-UQ是兩種數(shù)據(jù)處理方法，也就是說(shuō)，如果下載Counts數(shù)據(jù)，是表達(dá)量數(shù)據(jù)，如果下載FPKM數(shù)據(jù)，那么要注意這些數(shù)據(jù)是經(jīng)過(guò)處理的。正常情況下，我們下載Counts數(shù)據(jù)就可以了，特殊情況選擇FPKM數(shù)據(jù)也是可以的。

接下來(lái)我們來(lái)看看FPKM的具體概念，究竟是什么樣的處理結(jié)果：

下載數(shù)據(jù)后，在數(shù)據(jù)分析時(shí)，用的方法也是不同的，Counts數(shù)據(jù)一般使用edgeR包或DESeq包，對(duì)數(shù)據(jù)做分析；如果下載FPKM數(shù)據(jù)，就不能使用edgeR包，只能只用DESeq包進(jìn)行處理。

在使用edgeR包做Counts數(shù)據(jù)處理時(shí)，是需要對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行normalize的，所以我們?cè)谙螺d數(shù)據(jù)時(shí)，下載counts是比較常用的。

責(zé)任編輯：森莘