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Plus深讀 | 組蛋白H1.2降解促進(jìn)ATM激活和DNA損傷修復(fù)

 六月花LI 2018-09-11

原文鏈接:

http://pmo347760.pic31./upload/ek5h.pdf


本研究證明了H1.2能夠抑制ATM異常激活導(dǎo)致的染色體改變。H1.2能夠結(jié)合ATM的HEAT結(jié)構(gòu)域,抑制MRE11-RAD50-NBS1 (MRN)復(fù)合物介導(dǎo)的ATM。DNA損傷后,H1.2會(huì)迅速被PARP1催化ADP化、進(jìn)而蛋白酶體降解。PARP1缺失或者H1.2 ADP修飾位點(diǎn)的突變都會(huì)抑制ATM激活以及DNA修復(fù),影響細(xì)胞存活。

 

ataxia telangiectasia mutated (ATM): DNA損傷修復(fù)過(guò)程中關(guān)鍵激酶,能夠形成復(fù)合體,催化DNA斷裂后的磷酸化和乙?;?,以及MRE11-RAD50-NBS1 (MRN) 復(fù)合體的裝配。


1:linker組蛋白H1.2能夠抑制ATM依賴(lài)的DNA損傷

首先研究者利用CRISPR-Cas9分別構(gòu)建H1.2、H1.3、H1.4敲除細(xì)胞系(Fig.1a),發(fā)現(xiàn)只有H1.2敲除細(xì)胞中etoposide和IR激活的H2AX, NBS1, SMC1和ATM等marker水平上升(Fig.1b-c)。單純的過(guò)表達(dá)H1.2并不會(huì)影響DNA損傷中γ-H2AX水平(Fig.1d)。接下來(lái)研究者分別使用兩個(gè)DSB誘導(dǎo)的激酶抑制劑:

1)  ATM:Ku55933

2)  DNA-PK:Ku57788

發(fā)現(xiàn)只有Ku57788能夠抑制能夠抑制DNA損傷中γ-H2AX水平(Fig.1d),另外siATM能夠回復(fù)H1.2缺失導(dǎo)致的下游(SMC等)磷酸化激活,但DNA-PK和ATR則無(wú)此作用(Fig.1e),說(shuō)明可能H1.2的功能可能通過(guò)ATM執(zhí)行,而不是DNA-PK。并且在ATM缺失的A-T cells中H1.2缺失則對(duì)γ-H2AX水平?jīng)]有影響(Fig.1f)。Figure 1g和h說(shuō)明,H1.2缺失會(huì)導(dǎo)致ATM水平的上升,暗示了H1.2對(duì)ATM功能的負(fù)向作用。

 

Figure 1


2:H1.2能夠直接結(jié)合ATM,并抑制其酶活

ATM能夠催化p53的磷酸化,H1.2的表達(dá)則會(huì)抑制p53磷酸化水平、H2AX的磷酸化(Fig.2a),說(shuō)明H1.2能夠抑制ATM活性(Fig.2b)。體外pull-down、和質(zhì)譜都證明H1.2通過(guò)c末端結(jié)合ATM的HEAT重復(fù)結(jié)構(gòu)域(Fig.2c-f),并且結(jié)合會(huì)抑制ATM的功能(Fig.2e)。etoposide誘導(dǎo)DNA損傷后,ATM和H1.2的結(jié)合減弱(Fig.2h)。

 

Figure 2


3:H1.2能夠結(jié)合MRN復(fù)合體,影響ATM的招募和激活

DNA損傷后,ATM損傷過(guò)程需要MRN復(fù)合體(包括MRE11、RAD50、和NBS1)。研究者進(jìn)一步發(fā)現(xiàn)H1.2能夠結(jié)合MRN復(fù)合體(Fig.3b),主要是結(jié)合MRE11而不是RAD50和NBS1(Fig.3b-d)。NBS1缺失影響ATM活性,而進(jìn)一步敲低H1.2又會(huì)回復(fù)部分活性(Fig.3e-f)。同樣的,全長(zhǎng)的H1.2過(guò)表達(dá)會(huì)抑制ATM與MRN復(fù)合體的結(jié)合,而c末端缺失的則不起作用(Fig.3g-h),而且可以進(jìn)一步抑制DNA損傷后ATM和復(fù)合體的結(jié)合增強(qiáng)(Fig.3i),以上結(jié)果都證明H1.2能夠通過(guò)直接結(jié)合調(diào)控ATM和MRN復(fù)合體之間的結(jié)合。

 

Figure 3


4:DNA損傷過(guò)程中H1.2迅速解離并降解

研究者發(fā)現(xiàn),DNA損傷刺激后,H1.2水平會(huì)逐漸降低(Fig.4a-e);并且蛋白酶體抑制劑MG132、 Oprozomib能夠抑制這種降解(Fig.4f-g)。另外HDAC抑制劑TSA和NaB能夠促進(jìn)H1.2的降解(Fig.4h),NaCl同樣能夠促進(jìn)H1.2降解(Fig.4i)。

 

Figure 4


5: DNA損傷誘導(dǎo)PRAP催化H1.2的解離

研究者分別用ATM、DNA-PKs和PARP抑制劑處理細(xì)胞,發(fā)現(xiàn)PARP的抑制能夠降低H1.2的解離(Fig.5a);并且PARP的敲除也會(huì)得到類(lèi)似的作用(Fig.5b-c)。PAR能夠與H1.2結(jié)合,但c末端缺失、以及S188A(預(yù)測(cè)的PAR修飾位點(diǎn))突變的H1.2則不能結(jié)合(Fig.5d-g);并且兩種突變都會(huì)導(dǎo)致H1.2不能在DNA損傷時(shí)解離(Fig.5h)。

 

Figure 5


6:H1.2的PAR修飾對(duì)DNA損傷后ATM激活至關(guān)重要

細(xì)胞中Parp的缺失和抑制劑都能減少ATM激活(Fig.6a-c);然而如果進(jìn)一步降低H1.2水平,這種ATM的功能抑制又會(huì)被恢復(fù)(Fig.6d)。過(guò)表達(dá)突變型的H1.2 S188A抑制ATM的激活(Fig.6e-f);PAR修飾的H1.2與MRE11的結(jié)合能力減弱,導(dǎo)致其抑制ATM激活的能力相應(yīng)減弱(Fig.6g-i)。

 

Figure 6


7:H1.2的解離和降解對(duì)DNA修復(fù)以及細(xì)胞生存至關(guān)重要

首先研究者發(fā)現(xiàn),H1.2敲除后的細(xì)胞,在DNA損傷后存活能力更強(qiáng)(Fig.7a-b),HR和NHEJ兩種DNA修復(fù)水平都會(huì)升高(Fig.7c-d)。ATM敲除細(xì)胞的修復(fù)能力則會(huì)下降,且不能被H1.2敲除恢復(fù)(Fig.7e-f)。H1.2敲除細(xì)胞增強(qiáng)的修復(fù)能力,會(huì)被H1.2 S188A的過(guò)表達(dá)破壞(Fig.7g-h),證明H1.2的PAR修飾對(duì)這一過(guò)程至關(guān)重要。

 

Figure 7


結(jié)論

本研究詳細(xì)分析了前人已經(jīng)觀察到的H1尤其是H1.2對(duì)于DNA損傷修復(fù)過(guò)程的作用,解析了其分子機(jī)制:


H1.2結(jié)合于染色體上,在DNA損傷后被PAR修飾、從而降解,引起ATM的激活,與MRN復(fù)合體一起作用于DNA損傷修復(fù)。



本文來(lái)源

1. Zhiming Li, et al. Destabilization of linker histone H1.2 is essential for ATM activation and DNA damage repair. Cell Research (2018).


Reference

  1. Misteli, T., Gunjan, A., Hock, R., Bustin, M. & Brown, D. T. Dynamic binding of histone H1 to chromatin in living cells. Nature 408, 877–881 (2000).

  2. Bayona-Feliu, A., Casas-Lamesa, A., Reina, O., Bernues, J. & Azorin, F. Linker histone H1 prevents R-loop accumulation and genome instability in heterochromatin. Nat. Commun. 8, 283 (2017).

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  4. Murga, M. et al. Global chromatin compaction limits the strength of the DNA damage response. J. Cell Biol. 178, 1101–1108 (2007).

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