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Association of two polymorphisms rs2910164 in miRNA-146a and rs3746444 in miRNA-499 with rheumatoid arthritis: A meta-analysis. http://www.ncbi.nlm./pubmed/24824381 大家好，我在去年五月分時，一時興起，找了個SNP的meta分析來做，當(dāng)時都不知道什么是SNP，到今天收到文章接受的消息時，我還是很激動．我今天開此帖將我的學(xué)習(xí)經(jīng)歷，資料（所發(fā)文章所有數(shù)據(jù)）進(jìn)行分享．并且把統(tǒng)計學(xué)過程重復(fù)一邊．(用ＳＴＡＴＡ軟件進(jìn)行)，希望可以幫助到在進(jìn)行SNP meta分析的同學(xué)． （我把我在snp meta學(xué)習(xí)中的資料也上傳了。） 第一部分： SNP與meta分析 單核苷酸多態(tài)性性( single nucleotide polymorphism, SN P)是指在染色體基因組水平上單個核苷酸的變異引起的DNA 序列多態(tài)性, 而其中最少一種等位基因在群體中的頻率不小于1%。它包括單堿基的轉(zhuǎn)換, 顛換、插入及缺失等形式。例如, 一個SNP 可以將一個DNA 序列: AA GGCTAA 變?yōu)锳TGGCTAA , 其中發(fā)生了A→T的顛換。 SNP 在基因組內(nèi)可以劃分為兩種形式: 一是遍布于基因組的大量單堿基變異; 二是基因編碼區(qū)的功能性突變． SNP可能會引起編碼蛋白的結(jié)構(gòu)或功能異常，從而導(dǎo)致疾病的易感性，程度等增加或降低．而由于作用效能是其使某些臨床結(jié)局加重還是減輕需要通過病例對照分析來發(fā)現(xiàn)．但是往往由于這些病例分析研究的樣本量，人種，人群基線資料等的差異會造成結(jié)果的不統(tǒng)一．因此就需要用meta分析來(1)．增加樣本量增加檢驗效能探索其真實效應(yīng)．(2)．亞組分析來識別混雜因素對與效應(yīng)之間的關(guān)系．(3).探索異質(zhì)性來源來發(fā)現(xiàn)影響效應(yīng)的因素．從而在一定程度上使問題得到清晰的解決． 在此階段，我當(dāng)時遇到的問題： 1. 什么是SNP？ 我是學(xué)臨床的，根本不知道這個東西．我從生化書，百度，中文相關(guān)文獻(xiàn)等很快對SNP進(jìn)行了一個大體的認(rèn)識．之后就是在讀別人文章的過程中會發(fā)現(xiàn)，同一個ＳＮＰ表述方式竟然不一樣．接著下一個問題就來了． 2. 如何表示SNP？ 當(dāng)時我去問過搞基礎(chǔ)的老師，也在DXY中發(fā)帖提問，得到了正確的解答．我在2013年6月分時發(fā)帖子提問的：關(guān)于SNP的命名 - 丁香園論壇 一個microRNA-499的SNP.命名如下: 1. miR-499 3746444 (A>G) 2. miR-499 3746444 (T>C) 3. rs3746444 這三個意義都一樣嘛? 其中第一個與第二的區(qū)別是什么? 是不是可以這樣理解: A=T,C+G.所以前兩個其實一樣. 對于第一個和第二個中 (A>G), (T>C)表達(dá)什么意義? 答案：1，2的意思是一樣的，區(qū)別是正義鏈和反義鏈。3的意思是基因組上的這個位點(diǎn)是個snp。指的是基因組上的序列。 第二部分：選題 在我個人看來，ＳＮＰ的meta分析是很容易上手的。選題也不難，但是，正是因為選題也不難且容易實施，所以大家都爭著去做，這就會造成無題可做。 首先，定向：骨科。 由于基因多態(tài)性是個老問題了，但是microRNA比較新。我本人也在大三時寫過microRNA與炎癥的一個中文的綜述。因此，將題目定在microRNA多態(tài)性與RA的關(guān)系。在眾多的microRNA，與炎癥有關(guān)的有microRNA-146a。因此定向到microRNA-146a與RA的關(guān)系。 同樣，我和大多數(shù)人一樣，首先想到的是microRNA多態(tài)性與腫瘤，但是大家都能想到的，我們就不要去擠。我查后，發(fā)現(xiàn)microRNA多態(tài)性與腫瘤的文章就有近十個。其中只有一個是國外人做的。國外那個做了所有的腫瘤，而國內(nèi)的那幾個，針對性的做了某些腫瘤。國外的那個文章涵蓋了所有國內(nèi)的那幾個文章了?？梢钥吹?，ＳＮＰmeta的灌水程度有多深了。我好像聽說過疾病大致分為兩類，一類是腫瘤性的，一類是免疫性的。當(dāng)腫瘤性的被瓜分完了的時候，我轉(zhuǎn)向了免疫性的。恰恰在Embase中發(fā)現(xiàn)有人做了microRNA多態(tài)性與免疫性疾病的meta分析。其中包括了RA，但是他納入的文獻(xiàn)比較少，只有三個，而且目前又有了3個新的研究，所以我就把題目定在了： Association of Two Polymorphisms rs2910164 in miRNA-146a and rs3746444 in miRNA-499 with Rheumatoid Arthritis: A Meta-analysis. （其中miRNA-499是在文章篩選時發(fā)現(xiàn)的，其往往miRNA-146a同時被研究，而且得益于我們檢索((((arthritis OR Polyarthritis))) AND (polymorphism OR polymorphisms)) AND (microRNA OR microRNAs.)，并沒有說明是哪一個miRNA，所以加入miRNA-499是合情合理的。同時，也增加了我們文章的內(nèi)容） 到此為止，是我們題目的來源（里面有些表述不是很規(guī)范，希望大家理解） 第三部分：檢索 當(dāng)時我不是很懂檢索，所以主要是模仿。檢索不一樣要看起來高端大氣、上檔次，只要在保證檢索全的基礎(chǔ)上準(zhǔn)，是最好的了。 檢索按照“PICOS”原則進(jìn)行。 ?。袩o限制，Ｉ可以當(dāng)成是microRNA多態(tài)性，Ｃ microRNA野生型（不限制），Ｏ：ＲＡ Ｓ：Case-control（不限制） 檢索詞：microRNA(從以發(fā)表關(guān)于microRNA的高質(zhì)量的meta分析中找，看別人是如何制定的檢索式) 多態(tài)性(從以發(fā)表關(guān)于基因多態(tài)性的高質(zhì)量的meta分析中找，看別人是如何制定的檢索式) ?。遥?從以發(fā)表關(guān)于ＲＡ的高質(zhì)量的meta分析中找，看別人是如何制定的檢索式) 檢索詞語為： 一：microRNA，microRNAs. 二：polymorphism, polymorphisms 三：arthritis, Polyarthritis 檢索式為： (microRNA OR microRNAs) AND (polymorphism OR polymorphisms) AND (arthritis OR Polyarthritis) （這是我們輸入的語言） Pubmed對應(yīng)的高大上的機(jī)器語言為 (("micrornas"[MeSH Terms] OR "micrornas"[All Fields] OR "microrna"[All Fields]) OR ("micrornas"[MeSH Terms] OR "micrornas"[All Fields])) AND (("polymorphism, genetic"[MeSH Terms] OR ("polymorphism"[All Fields] AND "genetic"[All Fields]) OR "genetic polymorphism"[All Fields] OR "polymorphism"[All Fields]) OR ("polymorphism, genetic"[MeSH Terms] OR ("polymorphism"[All Fields] AND "genetic"[All Fields]) OR "genetic polymorphism"[All Fields] OR "polymorphisms"[All Fields])) AND (("arthritis"[MeSH Terms] OR "arthritis"[All Fields]) OR ("arthritis"[MeSH Terms] OR "arthritis"[All Fields] OR "polyarthritis"[All Fields])) 檢索數(shù)據(jù)庫： Pubmed Embase (因為ＳＮＰ是非ＲＣＴ，且有些偏向于基礎(chǔ)的研究，所以我沒有檢索cochrane, clinicaltrial.gov) 檢索結(jié)果 Pubmed:26   第四部分：文章篩選及全文獲取 這部分沒有什么要點(diǎn)可以說。但以理幾點(diǎn)要做到： 1. 會用endnote 2. 兩個人獨(dú)立重復(fù)進(jìn)行 3. 對于引用文獻(xiàn)的篩選要認(rèn)真，這里往往有意想不到的發(fā)現(xiàn) 下載文章： 1. 首先去pubmed中下載，如果下載不到，就到下一步 2. 去google搜索，有可能會找到ＰＤＦ版。如果下載不到，就到下一步 3. 有一個好的方法。在文獻(xiàn)所以的網(wǎng)頁一級網(wǎng)站后加 .sci-hub.org，就可以下載到全文了。這個是很好的方法，不受ＩＰ限制。如果下載不到，就到下一步 4. 找文獻(xiàn)下載群求助，如果下載不到，就到下一步 5. 如果下載不到，就到 ＤＸＹ求助 （要叮當(dāng)嘛，不推薦首選） 6. 文獻(xiàn)傳遞?。〞r間48小時，兩個工作日，而且不一定傳遞得到，不建議首選） 初篩過程  二篩選后文章，6個?。ㄒ姼郊?，由于附件只能上傳五個，所以我就上傳五個吧，）  第五部分：數(shù)據(jù)提取(在這里我們只展示數(shù)據(jù)部分，對于一些基線資料的提取也很重要，我們就不進(jìn)行展示了)
第六部分：數(shù)據(jù)分析（所有數(shù)據(jù)，見樓下） 因為是做ＳＮＰ，所以要有一點(diǎn)點(diǎn)遺傳相關(guān)的知識，下面是我們數(shù)據(jù)處理的一些設(shè)計好的遺傳模型 miRNA-146a rs2910164 G>C: 1. Allele model : C/G 2. Heterozygote model: GC/GG 3. Homozygote model: CC/GG 4. Dominant model: CC+GC/GG 5. Recessive model: CC/CG+GG miRNA-499 rs3746444 A>G: T>C 1. Allele model : G/A 2. Heterozygote model: AG/AA 3. Homozygote model: GG/AA 4. Dominant model: AG+GG/AA 5. Recessive model: GG/AG+AA 按照上面的方法進(jìn)行，我們就可以將數(shù)據(jù)分成四格表資料了，這樣就很容易看懂了，大家她好理解。 如下圖，上面的為原始數(shù)據(jù)，下面的為我們進(jìn)行運(yùn)算時所用的數(shù)據(jù)。紅色部分是我們進(jìn)行miRNA-146a rs2910164 G>C: 1. Allele model : C/G 寫成a b c d 為：casealleleC casealleleG controlalleleC casecontrolG 這個在stata或RevMan中都可以進(jìn)行meta合并了。
作出的圖為：（其他模型可以類推進(jìn)行，這里不一一寫出來）  到此為此，我們就大概說了一哈SNP的meta其中還一些亞組分析，敏感性分析，的統(tǒng)計部分，我沒有進(jìn)行演示，這部分相對比較容易，重點(diǎn)是一些大的框架，我給大家列出來了。 此外，還有一些要用：哈溫平衡的檢驗，是ＳＮＰmeta分析中不可少的一部分，如果大家有問題也可以跟帖提問。 重點(diǎn)是走出第一步，只要敢去做就行，過程中遇到困難，都可以在園子里提問。對于文章數(shù)據(jù)的解讀、文章寫作方面，如果大家有問題，也可以問我。我就是這樣一步步在園子時學(xué)出來的。希望有心人能功有所收獲，歡迎大家討論。 鑒于園子里好多人都在求助STATA12.0 軟件，需要私信發(fā)我郵箱，我看到后，會第一時間發(fā)送的，希望大家能投票支持，謝謝。當(dāng)年我也為了這個軟件惱火了很久。 |
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