在遺傳學(xué)中，微 RNA(micrornAs，miRNA)是長度在21-23個(gè)核苷酸之間的單鏈RNA片段， 調(diào)節(jié)基因的表達(dá)。miRNA由基因編碼，從DNA轉(zhuǎn)錄而來， 但不翻譯成蛋白。初級(jí)轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物(primary transcripts，pri-miRNA)縮短其頸環(huán)結(jié)構(gòu)得到功能性的miRNA。成熟的miRNA分子與一個(gè)或更多個(gè)mRNA分子部分互補(bǔ)，其主要 功能是下調(diào)基因的表達(dá)。而microRNA這個(gè)概念第一次在2001年Science (26 October 2001)的文章中出現(xiàn)。

雙鏈RNA(double-stranded RNA, dsRNA)是一種有互補(bǔ)鏈的RNA，與細(xì)胞中發(fā)現(xiàn)的DNA相似，dsRNA構(gòu)成了一些病毒(雙鏈RNA病毒)的基因組。像病毒RNA或siRNA之類的 雙鏈RNA能夠促發(fā)真核細(xì)胞中的RNA干擾，引起脊椎動(dòng)物中的干擾素反應(yīng)。

小發(fā)卡或短發(fā)卡RNA(a small hairpin RNA or short hairpin RNA, shRNA)是一段具有緊密發(fā)卡環(huán)(tight hairpin turn)的RNA序列，常被用于RNA干擾沉默靶基因的表達(dá)。利用載體把shRNA導(dǎo)入細(xì)胞，載體中的U6 啟動(dòng)子確保shRNA總是表達(dá);這種裝載了shRNA載體可被傳遞到子代細(xì)胞中去，從而使基因的沉默可被遺傳。shRNA的發(fā)卡結(jié)構(gòu)可被細(xì)胞機(jī)制切割成 siRNA，然后siRNA結(jié)合到RNA誘導(dǎo)沉默復(fù)合物上(RNA-induced silencing complex，RISC)，該復(fù)合物能夠結(jié)合到目的mRNAs并將其降解。shRNA 是由RNA 聚合酶Ⅲ轉(zhuǎn)錄的，哺乳細(xì)胞中的shRNA產(chǎn)物有時(shí)會(huì)促使細(xì)胞產(chǎn)生干擾素反應(yīng)(細(xì)胞遇到病毒侵襲時(shí)做出的自我防衛(wèi)反應(yīng))，而miRNA中卻不會(huì)遇到這種問題 (miRNA是由RNA聚合酶Ⅱ轉(zhuǎn)錄，與轉(zhuǎn)錄mRNA的聚合酶相同)。shRNA也被用于植物和其它系統(tǒng)中，在這些系統(tǒng)中不需要U6啟動(dòng)子的驅(qū)動(dòng)。在植物 中，常用的增強(qiáng)表達(dá)的啟動(dòng)子是CaMV35S(cauliflower mosaic virus 35S),在這種情況下，RNA聚合酶Ⅱ參與了轉(zhuǎn)錄，起始RNA干擾。

小或短干擾RNA(small/short interfering RNA, siRNA)是一類20-25個(gè)核苷酸長度的雙鏈RNA分子，其主要在RNAi 通路中起作用，干擾特異基因的表達(dá)。此外siRNA在RNAi相關(guān)的通路中 也起作用，如抗病毒機(jī)制，基因組染色體結(jié)構(gòu)的塑造等。其結(jié)構(gòu)是一段完全互補(bǔ)的RNA雙鏈，兩端各有兩個(gè)未互補(bǔ)的的堿基。