東吳大學(xué)注重培養(yǎng)學(xué)生“學(xué)貫中西”。1904年，東吳大學(xué)6名預(yù)科班學(xué)生參加鄉(xiāng)試，其中3人中了秀才，轟動(dòng)蘇州城。在隨后清廷舉行的選拔考試中東吳大學(xué)學(xué)生又多次脫穎而出，學(xué)校隨之名聲大噪，“舉國(guó)上下皆知，東吳大學(xué)培養(yǎng)的學(xué)生不但熟習(xí)中文，在西學(xué)科目上也不輸于任何人”。

　　1907年?yáng)|吳大學(xué)培養(yǎng)出了第一位文學(xué)士。在文科取得成功的同時(shí)，法學(xué)和理科專業(yè)也得到迅速發(fā)展。經(jīng)過(guò)17年的努力，東吳大學(xué)培養(yǎng)了中國(guó)最早的化學(xué)碩士和生物學(xué)碩士，東吳大學(xué)成為中國(guó)最早授予研究生學(xué)位的大學(xué)之一，生物系還建立了“當(dāng)時(shí)中國(guó)最先進(jìn)、最完善的生物實(shí)驗(yàn)室”。東吳早期的碩士后來(lái)大多成為國(guó)內(nèi)一流的專家、學(xué)者。1915年，東吳大學(xué)在上海開(kāi)辦“東吳法律?？啤?。自20世紀(jì)20年代開(kāi)始，越來(lái)越多的東吳法科畢業(yè)生在社會(huì)上嶄露頭角，成為國(guó)內(nèi)法律界著名人物。

　　1927年12月3日，東吳大學(xué)首位華人校長(zhǎng)楊永清到任就職，在他的領(lǐng)導(dǎo)下，東吳大學(xué)走在了教會(huì)大學(xué)改革的前列。1928年，東吳大學(xué)招收女生，推進(jìn)男女同校，楊絳等64名女生入校。1929年，楊永清定中文校訓(xùn)：“養(yǎng)天地正氣，法古今完人”。1937年“八一三”事件爆發(fā)后，校本部一度遷往浙江湖州、皖南、長(zhǎng)沙，最終在上海公共租界復(fù)校。楊永清認(rèn)為，戰(zhàn)爭(zhēng)總會(huì)過(guò)去，“為了在國(guó)家不久將來(lái)的物質(zhì)重建方面做出我們有效的貢獻(xiàn)，除了純科學(xué)外，我們應(yīng)重點(diǎn)開(kāi)展應(yīng)用科學(xué)教學(xué)工作。”東吳大學(xué)對(duì)院系進(jìn)行調(diào)整，加強(qiáng)社會(huì)學(xué)和應(yīng)用學(xué)科建設(shè)，高踐四、俞慶棠、雷潔瓊等成為社會(huì)學(xué)系的專業(yè)教師。此外，還增設(shè)了化學(xué)工程系、會(huì)計(jì)系、體育專修科。 

　　1941年12月，太平洋戰(zhàn)爭(zhēng)爆發(fā)后，日軍占領(lǐng)上海公共租界，繼續(xù)留在上海辦學(xué)即意味著與日本軍事當(dāng)局和傀儡政府妥協(xié)。校董會(huì)決定離開(kāi)上海，一路南遷尋找新址辦學(xué)。1941年?yáng)|吳大學(xué)法學(xué)院部分遷往重慶，1944年底文理學(xué)院終告停辦。但大批滯留上海的東吳師生，化整為零，秘密辦學(xué)，力謀避免敵偽干涉。在此期間，分散在上海20多個(gè)制藥和化學(xué)實(shí)驗(yàn)室里的化學(xué)、化工專業(yè)教師，研制出了治療結(jié)核病的藥物葡萄糖鈣以及安全的磺胺類抗生素配制工藝。

　　在首任校長(zhǎng)孫樂(lè)文的倡導(dǎo)下，東吳大學(xué)的學(xué)術(shù)氛圍濃厚，刊物、著作層出不窮，且均具有較高的學(xué)術(shù)水準(zhǔn)。其中在中國(guó)大學(xué)學(xué)報(bào)史上占有重要地位的有：由東吳師生共同于1903年創(chuàng)辦的《雁來(lái)紅》和于1906年創(chuàng)辦的《東吳月報(bào)》；東吳法科創(chuàng)辦的用中、英兩種文字印刷的《法學(xué)季刊》(China Law Review)，是唯一一份致力于比較法學(xué)的雙語(yǔ)定期刊物；黃摩西所著的第一部由中國(guó)人編寫的《中國(guó)文學(xué)史》，謝洪賚編譯的曾用做周作人、胡適等名人英語(yǔ)課本的《華英初階》，史襄哉著的《紀(jì)元通考》、《中華諺海》等成為東吳學(xué)術(shù)著述的代表。