第一，機構簡單，管理人員較少。書院的主持人往往又是書院的主講人，一般由著名學者擔任。書院的負責人一般稱為山長(也有稱洞主、洞正、堂長、山主等)，書院的管理人員除山長外，有的還設有副山長、助教、講書等，協助山長管理書院教育教學等事宜。另外，學生也可以參與書院的管理。

第二，課程設置比較靈活，富有彈性，而且不同的書院在課程設置上有很大差異。教學則以學生自學、師生之間的自由研討為主。對學生的考查，亦注重德才兼?zhèn)浜推綍r考核。學生有日記冊，書院里的季考或歲考的成績要參照平時成績斟酌給定。

第三，設置、頒布嚴格的學規(guī)，進行規(guī)范化、制度化的管理。書院所訂學規(guī)要求師生共同遵守互相監(jiān)督。

第四，書院經費自主。書院的主持人往往自籌辦學經費，其經費來源亦號稱多途，既有名人捐款，也有官方賜學田、賜房屋等。書院的開支主要用于教學、購書和進行學術研究。

第五，注重形成獨具的特色。宋明之際的書院，每個書院都是某一大師學術研究的基地，許多著名的學者在主持自己的書院的時候，都注意形成自己書院落拓不群的鮮明個性，形成獨具的教學、科研特色。

書院在教育教學上，形成了以下幾個特點：

第一，書院既是教育教學組織，又是學術研究機構。學術研究是書院教育教學的基礎，而書院的教育教學，又是其學術研究成果得以傳播和進一步發(fā)展的必要條件，二者密切相聯，共生互動。

第二，“百家爭鳴”與“門戶開放”。書院的教學繼承了稷下學宮的優(yōu)良傳統，采取“百家爭鳴”、門戶開放的政策。書院教學不拘泥于一家之言，允許不同學派之間進行廣泛的辯鳴 。比如南宋時期朱熹和陸九淵是兩個不同學派的學術領袖，曾進行過公開的論辯。但朱熹卻主動邀請陸九淵到自己主持的白鹿洞書院講學，并把講學內容刊刻在石頭上，以便于學生學習與參考，這為不同學派在同一書院講學樹立了榜樣，首開書院“講會”之先河。此后，許多書院的主講在講學中都歡迎別人質疑問難，進行辯論，逐漸形成書院的“講會制度”，使我國古代高等教育的教學氣氛活躍，學術研究氣氛濃厚。而且，書院講會制度的盛行，不僅打破了各家書院之間的門戶之見，而且打破了師生之間在受業(yè)上的地域限制，學生來去自由，師生之間自由交流，形成了高等學校開放的辦學傳統。

第三，教學注重講明義理，躬行實踐，多采用問難論辯式，注重啟發(fā)誘導，因材施教，注意激發(fā)學生的學習興趣，培養(yǎng)學生的學習能力。書院的大師在教學過程中，大抵是提舉綱領，由學生隨其深淺自行體會。至于教學內容，對不同的教育對象各有差異，決不強求一致，學生學習進度的快慢完全取決于自己的能力。對于學生學習中所遇到的疑難問題，更是隨其鉆研體會的程度，令其各有所思，不求一律。老師有時略加點化，啟發(fā)自悟，有時明白講解，以期徹悟。另外，書院教學注重知行結合，講求“躬行踐履”。書院的大師們認為只教學生“讀書窮理”是不夠的，還必須把讀書窮理與“躬行踐履”相結合，引導學生把掌握的知識義理付之于親身實踐。書院的教學寓教于樂，注重激發(fā)學生的興趣。比如朱熹在白鹿洞書院講學期間，十分注重培養(yǎng)學生的學習興趣。他每有閑暇即赴書院留居，與生徒游泉石山水林木之間，寓講說、啟迪、點化于游樂之中。

第四，師生之間關系融洽，以道相交，感情深厚。

在中國古代教育史上，尤其是在私學教育中，形成了尊師愛生的優(yōu)良傳統。書院制度是由私學演化發(fā)展而來的，它理所當然地繼承了私學這一光榮傳統。書院實行著自由擇師的制度，學生往往是慕名而來，師生之間以道義相守，以誠相待。學生跟隨老師的時間較長等都加深了師生之間的感情。比如，明代東林書院的師生共同關心時政，探討學術，議論得失，結下了深厚的感情，他們在諷議朝政慘遭迫害的情況下，生死相隨，矢志不移。

可以說，中國古代的書院是在官府或私家聚書、藏書的基礎上發(fā)展為以學者講學、士子求學為主的培養(yǎng)人才的機構?？茖W地講，書院實質上是一種綜合型的文化教育組織，它具有多種功能。既是圖書館、高等學校，又是研究院和學者以文會友的重要場所。同時，書院從事著書、編書、校書等事業(yè)，也開創(chuàng)了世界高等學校創(chuàng)辦圖書館和出版社的先例。總之，書院是中國古代傳統文化遺產中的瑰寶，是近千年來中國傳統文化傳承的物質依托，對中國古代人才的培養(yǎng)與學術的發(fā)展、繁榮作出了重要貢獻。