對于以中科院為代表的科研機(jī)構(gòu)而言，他們在自主創(chuàng)新中面對的問題是要對自身重新進(jìn)行角色定位。
　　
　　自主創(chuàng)新動搖了中科院在傳統(tǒng)科技體制中的地位？
　　這看起來似乎匪夷所思，不過，5月20～21日，與科技部共建的清華大學(xué)中國科技政策研究中心(簡稱CISTP)組織了一場題為“大中華區(qū)創(chuàng)新能力：進(jìn)步與挑戰(zhàn)”的國際研討會。在會上CISTP主任薛瀾說，對于以中科院為代表的科研機(jī)構(gòu)而言，他們面對的問題是要對自身重新進(jìn)行角色定位。中科院在傳統(tǒng)科技體制中的地位被動搖之語，正是出自薛瀾。
　　自主創(chuàng)新的戰(zhàn)略要求企業(yè)在建設(shè)創(chuàng)新型國家中扮演第一主角。然而中科院的競爭者并非只有一個(gè)———大學(xué)科研機(jī)構(gòu)數(shù)量在繼續(xù)保持快速增長，研究型大學(xué)科技創(chuàng)新質(zhì)量與競爭實(shí)力未來還將有大的提高；國有大型企業(yè)的自主研發(fā)力量取得了長足發(fā)展，混合所有制和民營企業(yè)的研發(fā)組織異軍突起；國外企業(yè)和跨國公司在我國建立的研發(fā)機(jī)構(gòu)也成為強(qiáng)有力的競爭者。
　　研討會上，如何促進(jìn)科研院所、企業(yè)、高校等創(chuàng)新單元之間競爭合作協(xié)同發(fā)展成為主要議題。而來自國內(nèi)外科技創(chuàng)新研究領(lǐng)域的頂尖學(xué)者們對中科院改革的研究和建言引起了普遍的關(guān)注。
　　薛瀾認(rèn)為，在重大公益性科技創(chuàng)新和重要基礎(chǔ)研究領(lǐng)域，中科院具有明顯的比較優(yōu)勢。也正是以此為原則，自1999年“知識創(chuàng)新工程”啟動以來，中科院等科研院所對組織機(jī)構(gòu)進(jìn)行了改革，已有1087個(gè)應(yīng)用型科研機(jī)構(gòu)完成企業(yè)化轉(zhuǎn)制，研究院所的總數(shù)從1995年的5828個(gè)減少為2004年的3973個(gè)。
　　據(jù)中科院規(guī)劃戰(zhàn)略局局長潘教峰介紹，中科院已成立了430多家科技型企業(yè)，涉及11個(gè)行業(yè)，其中包括聯(lián)想等8家上市公司，政府有限的資金投入也向公益性科研和基礎(chǔ)研究傾斜。
　　相應(yīng)地，從1997年到2004年，中科院在基礎(chǔ)研究、應(yīng)用研究和試驗(yàn)發(fā)展研究上研究經(jīng)費(fèi)的支出比例也發(fā)生了變化。中國科技問題研究專家、美國俄勒岡大學(xué)蘇邁德(Suttmeier　Richard)教授提供的數(shù)據(jù)顯示：其中基礎(chǔ)研究從1997年的30.8%增加到36％；應(yīng)用研究從54.7％增加到57.3%；而試驗(yàn)發(fā)展研究從14.5％下降到6.7%。
　　“基礎(chǔ)研究、高科技、公共物品、教育、智囊。”蘇邁德用這五個(gè)詞匯定位中科院未來的發(fā)展方向，因?yàn)楸姸鄤?chuàng)新主體與中科院之間還涉及科技人才的競爭。
　　專家的估計(jì)是，眼下只能提供238萬人專業(yè)的科技人才，而到2010年對專業(yè)科技人才的需求將達(dá)到285萬。
　　很顯然，中科院培養(yǎng)和造就一批“擁有能作出重大科學(xué)發(fā)現(xiàn)或開創(chuàng)新領(lǐng)域的科學(xué)家”的規(guī)劃是迫切而準(zhǔn)確的，而這還意味著形成“能夠解決國家重大戰(zhàn)略需求的創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)”。
　　今年3月20日，中科院發(fā)布了《中國科學(xué)院中長期發(fā)展規(guī)劃綱要(2006－2020)》(以下簡稱“規(guī)劃綱要”)。規(guī)劃綱要明確了未來15年中科院的戰(zhàn)略走向，通過以基礎(chǔ)研究片、戰(zhàn)略高技術(shù)片、經(jīng)濟(jì)社會可持續(xù)發(fā)展相關(guān)研究片為主要構(gòu)成的“1＋10”計(jì)劃對中科院資源進(jìn)行重組，解決國家科技戰(zhàn)略需要的問題。
　　不過，中科院機(jī)構(gòu)過于龐大、戰(zhàn)線過長也是影響其發(fā)展的一個(gè)不可忽視的問題。這也是薛瀾跟專家們在2004年底對中科院科研創(chuàng)新工作進(jìn)行全面調(diào)研評估的結(jié)論之一。
　　此外，盡管中科院所具備大批專職的科研人員是其他創(chuàng)新主體無法比擬的優(yōu)勢；但是，研究機(jī)構(gòu)的深墻大院將社會需求與學(xué)術(shù)目標(biāo)相互隔絕，尚有不少科研人員守著多年一成不變的研究對象勉力維持，創(chuàng)新能力面臨萎縮退化也是不爭的事實(shí)。
　　對此，原科技部基礎(chǔ)司司長冀復(fù)生呼吁，在“建設(shè)創(chuàng)新型國家”過程中應(yīng)該重建科技基礎(chǔ)設(shè)施，政府改變單一的供給方式，逐步通過合理的激勵(lì)方式激發(fā)科研人員最大的創(chuàng)新熱情，培養(yǎng)自主創(chuàng)新的軟環(huán)境。