STRING網(wǎng)站+Cytoscape軟件制作精美蛋白互作網(wǎng)絡(luò)圖(PPI)之前小編為大家推送了利用DAVID網(wǎng)站進(jìn)行差異基因的GO和KEGG分析，而基因功能注釋后就可以尋找蛋白表達(dá)之間的關(guān)系了，在生信分析中，常常會使用STRING網(wǎng)站+Cytoscape軟件來制作蛋白互作網(wǎng)絡(luò)圖(PPI)。保存好的TSV格式文件是Cytoscape軟件數(shù)據(jù)的輸入方式之一，當(dāng)我們在STRING網(wǎng)站完成PPI制作之后，就可以打開Cytoscape軟件了。

研究發(fā)現(xiàn)，腎癌與白血病相比較肺、結(jié)腸等疾病更對鐵死亡敏感，以往的研究普遍認(rèn)為p53通過誘導(dǎo)細(xì)胞衰老，程序性死亡從而抑制腫瘤，最近的研究提示，p53控制代謝和鐵死亡研究中，發(fā)揮很重要的作用，正常細(xì)胞中的p53可以負(fù)調(diào)控脂質(zhì)的合成和糖酵解，正調(diào)控氧化磷酸化和脂質(zhì)分解代謝，腫瘤細(xì)胞中突變型的p53正調(diào)控脂質(zhì)的合成和糖酵解，所以，在正常的組織中，p53傾向于正向調(diào)節(jié)鐵死亡；

鐵死亡（Ferroptosis）最早是2012年由Brent R. Stockwell提出的[1]，研究發(fā)現(xiàn)Erastin可以特異性誘導(dǎo)Ras突變細(xì)胞死亡，但是沒有典型的細(xì)胞凋亡特征，鐵螯合劑可以抑制這一過程，并且另一種化合物RSL3也有類似的細(xì)胞死亡表型[2, 3]。（3）p53介導(dǎo)鐵死亡：p53是一種抑癌基因，通過下調(diào)systemXC-組分SLC7A11的表達(dá)抑制細(xì)胞對胱氨酸的攝取，導(dǎo)致谷胱甘肽過氧化物酶活性降低，削減細(xì)胞抗氧化能力，增強(qiáng)細(xì)胞對鐵死亡的敏感性。

2020北醫(yī)二階段病例+影像+心電圖。先考的影像和心電圖，有點(diǎn)像一階段的模式，電腦上有心電圖和影像資料，答題紙上寫答案。2.室性心動過速（我寫的室上速，但同學(xué)們說這個寬QRS波心動過速是室速）專業(yè)題：心內(nèi)科 ：50/F 持續(xù)背痛10h不緩解，伴喘憋，外院考慮急性支氣管哮喘發(fā)作，予萬托林等藥物無緩解，喘憋逐漸加重。4小時前查心電圖提示竇性心動過速，***陰性，查體溫38℃，血象白細(xì)胞及中性粒細(xì)胞比值偏高，血糖17.7。

選擇題80道，心內(nèi)、呼吸、消化各約12題，風(fēng)濕、內(nèi)分泌、腎內(nèi)、感染、血液約各8題，急救、醫(yī)患溝通各約1道題，答題的時候一定注意檢查答題卡涂的答案是不是自己內(nèi)心想的答案，緊張容易造成想的A，涂成B.2.影像學(xué)+心電圖：在計(jì)算機(jī)室考，一起考，共2個PPT，一個為影像10題(給1句話病史)，一個為心電圖10題，答題時間共100分鐘。1）右肺不張(胸部正位片)+肺癌(胸部CT)+肝轉(zhuǎn)移(腹部CT) (81y/F 喘憋)7）腹部CT：重癥胰腺炎。

北京市二階段，北醫(yī)二階段。③臨床思維面試（case1：大內(nèi)科病歷：；首先是三個專科病歷，一共準(zhǔn)備30min，個人認(rèn)為每個病歷都很簡單，一眼就能看出來診斷的那種，進(jìn)入考官教室后，開始依次分析3個病歷的首要診斷、次要診斷、鑒別診斷、治療原則、新進(jìn)展等等，你只需要說原則就行，不會詳細(xì)考藥物劑量、藥物機(jī)制等，這3個病歷的考試時間一共就30min，所以不會像北醫(yī)二階段考試那樣(每個病歷考30min)，考官會詳細(xì)詢問你各種細(xì)節(jié)。

2020 | 老年人家庭鍛煉計(jì)劃（四）：認(rèn)知套餐。COVID-19的世界大流行，造成老年人戶外活動明顯受限，因此出現(xiàn)日常生活能力、認(rèn)知功能和軀體功能下降的老年人數(shù)量隨之增加，康復(fù)等醫(yī)療衛(wèi)生服務(wù)的提供也變得更加困難。前期我們詳細(xì)介紹了如何幫助老年人改善平衡、強(qiáng)化功能及失 能預(yù)防鍛煉，本期我們將重點(diǎn)介紹“認(rèn)知套餐”。在這款認(rèn)知套餐包中，我們介紹了雙重鍛煉方式，比如同時進(jìn)行身體運(yùn)動和認(rèn)知功能鍛煉以促進(jìn)身體與大腦健康。

使用miRNA芯片測序，實(shí)時PCR驗(yàn)證了在差異表達(dá)的miRNA中，CAF-exos和SW480CAFs-exos細(xì)胞中miR-92a-3p，miR-181d，miR-221，miR-125b，miR-185和miR-625的水平顯著增加。轉(zhuǎn)染miR-92a-3p sponge 或者miR-NC，轉(zhuǎn)染MiR-92a-3p的細(xì)胞中，MiR-92a-3p明顯下降。另外，與對照組相比，SW480CAFs-exos，SW620CAFs-exos和LOVOCAFs-exos細(xì)胞中的FBXW7和MOAP1蛋白均受到抑制，然而在CRC細(xì)胞中重新導(dǎo)入FBXW7和MOAP1則增加miR-92a-3p的水平。

因此在細(xì)胞裂解液中加入X的抗體沉淀蛋白X，隨后利用蛋白印跡（western blot，WB）檢測沉淀中是否存在蛋白Y，如果存在，則說明細(xì)胞內(nèi)存在XY蛋白復(fù)合物，即蛋白XY存在相互作用。Co-IP實(shí)驗(yàn)通常有兩種，一種為內(nèi)源性蛋白相互作用驗(yàn)證，另外一種為非內(nèi)源性蛋白相互作用驗(yàn)證，內(nèi)源性相互作用是指兩蛋白相互作用在細(xì)胞內(nèi)發(fā)生，即通過質(zhì)粒共轉(zhuǎn)染的方式將兩種蛋白轉(zhuǎn)染至同一細(xì)胞內(nèi)表達(dá)，表達(dá)完成后收集細(xì)胞進(jìn)行裂解得到蛋白樣品。

教你怎么做miRNA靶基因驗(yàn)證（實(shí)驗(yàn)篇）在上期我們介紹了熱銷科研對象miRNA的靶基因預(yù)測，現(xiàn)在我們來介紹一下怎么用實(shí)驗(yàn)方法來驗(yàn)證我們的預(yù)測結(jié)果。雙熒光素酶報(bào)告基因?qū)嶒?yàn)是通過將預(yù)測能夠與miRNA結(jié)合的靶基因3’UTR序列插入載體中螢火蟲熒光蛋白（firefly luciferase）的3’UTR。當(dāng)然，我們需要miRNA的過表達(dá)載體。最后也不能少了各種對照載體啊，包括螢火蟲熒光素酶空載體，miRNA空載體還有海腎素?zé)晒廨d體。

我們還將總結(jié)當(dāng)前對血管源性信號如何影響早期發(fā)育以及成年期神經(jīng)干細(xì)胞（NSC）行為的理解，關(guān)鍵詞：血管，發(fā)育，成人神經(jīng)發(fā)生，神經(jīng)血管，NPC，NSC，代謝調(diào)節(jié)去：中樞神經(jīng)系統(tǒng)神經(jīng)和血管腔的伴隨發(fā)展。神經(jīng)干細(xì)胞（NSC）產(chǎn)生轉(zhuǎn)運(yùn)放大細(xì)胞，繼而引起遷移的神經(jīng)母細(xì)胞。成年SVZ小生境的細(xì)胞成分包括NSC及其子代，內(nèi)襯腦脊液（CSF）的腦室的室管膜細(xì)胞，神經(jīng)元，非干細(xì)胞星形膠質(zhì)細(xì)胞，小膠質(zhì)細(xì)胞以及脈管系統(tǒng)的成分（EC和周細(xì)胞；

FISH即染色體熒光原位雜交(Flourescence in situ hybridization,FISH)是通過熒光素標(biāo)記的DNA探針與樣本細(xì)胞核內(nèi)的DNA靶序列雜交，從而獲得細(xì)胞核內(nèi)染色體或基因狀態(tài)的信息。目前臨床上用于FISH檢測的探針的熒光素大都是綠色的和橙紅色標(biāo)記，可大致分為：染色體計(jì)數(shù)(著絲粒)探針(centromere-enumeration probes，CEP)，位點(diǎn)特異性識別探針(locus-specific identifier probes，LSI)，染色體涂染(paint，WCP)探針。FISH探針。

流式軟件FlowJo VX10的超詳細(xì)圖文講解一安裝教程。二FlowJo VX10使用教程。⑥左鍵雙擊圈門部位（CD3T細(xì)胞群），以橫坐標(biāo)為FITC-CD4，縱坐標(biāo)為APC-cy7-CD8為例，看CD4+T cell（TH）和CD8+Tcell（TC）細(xì)胞的比例，同上面操作一樣，將TH和TC拖到CD3T中，進(jìn)行批量處理，同時點(diǎn)擊右上角綠色按鈕查看設(shè)門是否合適。⑦左鍵雙擊圈門部位（CD8+Tcell群（TC）），以橫坐標(biāo)PE-cy7-CD27，縱坐標(biāo)PB-CD95為例，看記憶干細(xì)胞（TSCM）的比例。

Cre-LoxP系統(tǒng)是一種重組酶系統(tǒng)，能夠控制基因組DNA中位點(diǎn)特異性重組的發(fā)生，被廣泛應(yīng)用于特異位點(diǎn)的基因敲除、基因插入、基因翻轉(zhuǎn)和基因易位，可達(dá)到在基因水平上對生物體進(jìn)行定向遺傳改造的目的，其主要由Cre與LoxP兩部分組成。插入基因方向與啟動子方向相反，在Cre重組酶不存在的情況下不表達(dá)，只有當(dāng)Cre酶存在時，發(fā)生重組使基因方向與啟動子方向一致，才能使該基因表達(dá)，因此該系統(tǒng)稱之為Cre-On；Cre-Switch系統(tǒng)（Cre-off/on）

手把手教你SCI必備實(shí)驗(yàn)熒光素酶報(bào)告基因引物設(shè)計(jì)。該實(shí)驗(yàn)是通過將預(yù)測能夠與miRNA結(jié)合的靶基因3’UTR序列插入載體中螢火蟲熒光蛋白的3’UTR通過監(jiān)測熒光素酶的活性變化，即可獲得miRNA是否對靶基因3''''''''-UTR產(chǎn)生調(diào)控作用。當(dāng)我們研究的miRNA和質(zhì)粒中的插入的3’UTR序列結(jié)合后，miRNA會通過和插入的3’UTR序列結(jié)合從而抑制螢火蟲熒光蛋白的翻譯最終造成熒光值的下降。④如圖所示，設(shè)定查詢基因 5’UTR，外顯子以及3’UTR序列。

另一方面，紅細(xì)胞中的跨膜抗壞血酸還原酶可以利用來自NADH或細(xì)胞內(nèi)抗壞血酸的電子從抗壞血酸根中再生細(xì)胞外抗壞血酸[ 107]]。從抗壞血酸根和DHA再生抗壞血酸將允許抗壞血酸鹽氧化的許多循環(huán)，因此一分子抗壞血酸鹽可以產(chǎn)生許多分子的H 2 O 2。靜脈抗壞血酸前血管手術(shù)增加抗壞血酸自由基和脂質(zhì)氫過氧化物表明催化鐵過程中與抗壞血酸的手術(shù)可能促進(jìn)的鐵誘導(dǎo)的脂質(zhì)過氧化作用[的缺血階段釋放到循環(huán)中的濃度的140，141 ]。

基因注釋工具－Metascape使用教程 | Public Library of Bioinformatics.從數(shù)據(jù)庫種類來說，Metascape整合了GO、KEGG、UniProt和DrugBank等多個權(quán)威的數(shù)據(jù)資源，使其不僅能完成通路富集和生物過程注釋，還能做基因相關(guān)的蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)分析和涉及到的藥物分析，致力于為科研工作者提供每個基因全面而詳細(xì)的信息。對于輸入的每一個gene list，Metascape對其進(jìn)行通路和生物學(xué)過程富集分析時所參考的數(shù)據(jù)資源有：

GSEA分析需要的文件及格式 在作芯片數(shù)據(jù)或者是轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的GSEA分析時候，需要四個文件：1、基因表達(dá)數(shù)據(jù)文件；這四個文件只需要分析者提供前兩個文件即可，因?yàn)镚SEA網(wǎng)站已經(jīng)給大家準(zhǔn)備了功能基因集文件及芯片注釋文件，分析時直接選取文件就可以。所以需要大家準(zhǔn)備的文件就是表達(dá)文件和表型文件。以上四種文件格式都是文本文件，用tab分割，你準(zhǔn)備成那種格式的文件，文件的后綴就需要改為那種格式，例如GCT格式的后綴是gct。

SangerBox：一款好用的生物信息分析可視化工具。很多醫(yī)生在科研工作中需要用到一些分析工具，有一些是純統(tǒng)計(jì)類的工具或方法，有一些也是計(jì)算機(jī)類的，但我們習(xí)慣把它們稱作生物信息學(xué)方法。有些朋友可能還不知道SangerBox（中文名：桑格助手）是什么，它的前身是生信人工具盒，是一款具有多種生物信息分析+可視化作圖+便捷數(shù)據(jù)下載功能的工具，據(jù)說使用量達(dá)到了50多萬人次。解壓完成后雙擊SangerBox.exe，如下圖1紅圈圈部分：

Graphpad Prism 這 3 個功能，幫你批量做出高逼格的統(tǒng)計(jì)圖。得到的圖 3 和圖 4 分別是這樣子的，可以看到?jīng)]有導(dǎo)入數(shù)據(jù)的空圖 3 里面有克隆自圖 1 的文本框即小星星，空圖 4 里面沒有小星星，但是側(cè)邊欄有對于數(shù)據(jù) 4 進(jìn)行統(tǒng)計(jì)學(xué)分析的 t-test 結(jié)果?？梢钥吹剑蓤D 1 克隆而來的圖 3，星星還是那些星星，并沒有計(jì)算出真正的 p-value，在側(cè)邊的操作欄中，也并沒有對圖 3 進(jìn)行統(tǒng)計(jì)學(xué)分析，差評！圖 17：圖 1 克隆而來的圖 3.