我是如何學(xué)習(xí)Gene Fusion分析的。基因融合（Gene fusion）是指將兩個或多個基因的編碼區(qū)首尾相連，置于同一套調(diào)控序列（包括啟動子、增強子和終止子等）的控制之下，構(gòu)成嵌合基因。②將候選融合基因序列與參考基因序列進行比對，根據(jù)overlaps預(yù)測出融合基因；cd STAR/source。嚴格來講，如果我們的數(shù)據(jù)是RNA-seq產(chǎn)生的，那我們找出來的是融合轉(zhuǎn)錄本 ，而不是融合基因 ，如果需要確認是不是融合基因，還需要DNA-Seq的數(shù)據(jù)。

隊列研究（Cohort）：把一群研究對象按是否暴露于某種因素分成暴露組與非暴露組，隨訪適當(dāng)長的時間，比較兩組之間所研究疾?。ɑ蚺R床事件）的發(fā)生率（發(fā)病率或死亡率）的差異，以研究疾病與暴露之間的因果關(guān)系。而當(dāng)我們先知道結(jié)局，翻過來去尋找不同結(jié)局患者的暴露因素時（如基于某一時間點的結(jié)局，回溯患者是否具有某些危險因素），這時的研究就是病例對照研究?；仡櫺躁犃醒芯?VS 病例對照研究：共同點：都是回顧性研究；

圖說meta二：證據(jù)等級圖。而“GRADE”關(guān)注轉(zhuǎn)化質(zhì)量，從證據(jù)分級出發(fā)，整合了分類、分級和轉(zhuǎn)化標準，它代表了當(dāng)前對研究證據(jù)進行分類分級的國際最高水平，意義和影響重大。圖 5 GRADE證據(jù)質(zhì)量分級。在GRADE分級方法中，無嚴重缺陷的RCT為高質(zhì)量證據(jù)，無突出優(yōu)勢或有嚴重缺陷的觀察性研究屬于低質(zhì)量證據(jù)。如觀察性研究中有增加證據(jù)質(zhì)量的因素，則上升為中等質(zhì)量，但觀察性研究中如有降低證據(jù)質(zhì)量的因素，則降為極低質(zhì)量。

圖說meta三：meta分析的類型。定義：該研究類型不是直接利用已經(jīng)發(fā)表的研究結(jié)果總結(jié)數(shù)據(jù)進行 Meta 分析，而是通過從原始研究作者那里獲取每個參與者的原始數(shù)據(jù)，并對這些數(shù)據(jù)進行 Meta分析。隨著方法學(xué)的研究進展及循證實踐的實際需求，出現(xiàn)了許多上述未涉及到的 Meta 分析，主要有:不良反應(yīng)的 Meta 分析，成本-效果/效用/效益的 Meta 分析，患者報告結(jié)局的 Meta 分析，全基因組關(guān)聯(lián)研究的 Meta 分析，Meta分析的匯總分析。

圖說meta四：meta分析的步驟。meta分析的步驟概述。下圖為系統(tǒng)評價/Meta分析的步驟圖， 看似步驟明確，可是想要做好每一步都不是一件非常容易的事。質(zhì)量評價工具：在這里，需注意質(zhì)量評價工具的誤用，meta分析的質(zhì)量評價一般是指原始研究的方法學(xué)質(zhì)量評價，所以應(yīng)根據(jù)不同的納入研究類型確定所需要的方法學(xué)質(zhì)量評價工具。這是meta分析最重要也是最難的部分，我們將在隨后推送中具體介紹。

文獻篩選暨Endnote使用方法簡介：圖說meta七.Endnote文獻管理需要掌握的基本功能：數(shù)據(jù)保存目錄Endnote會新建一 個名為““My Endnote Library. enl”和“My Endnote Library.Data的文件，一個用于文獻管理的操作，一個用于儲存文獻的數(shù)據(jù)。2.如圖所示，可出現(xiàn)如下參考文獻，若格式不符合要求，Endnote有自帶的200多種引文格式，點擊菜單欄的Endnote X7，點擊Style的下拉箭頭，可重新選擇其他符合要求的參考文獻格式。

圖說meta十二：森林圖暨Stata軟件使用方法簡介。它非常簡單和直觀地描述了Meta-分析的統(tǒng)計結(jié)果, 是Meta-分析中最常用的結(jié)果表達形式。Step1：Stata軟件下載與安裝。Stata軟件為收費軟件，目前該軟件已更新至14.0,我們公眾號本著“自由分享，人人平等，共求真理”的宗旨，為大家免費準備了Stata12.0版本，公眾號后臺回復(fù)stata即可獲?。ǚe極宣傳公眾號，推動20人關(guān)注公眾號者微信添加1606093959可獲取stata14.0版本）

即樣本量小的研究, 數(shù)量多、精度低, 分布在漏斗圖的底部呈左右對稱排列;樣本量大的研究, 精度高, 分布在漏斗圖的頂部, 且向中間集中。在所有識別發(fā)表性偏倚的方法中, 漏斗圖法最為簡捷實用, 可以對效應(yīng)量估計值是否與樣本量有關(guān)進行直觀判斷, 并通過觀察散點圖分布是否對稱, 來判斷有無發(fā)表性偏倚,但其缺點是較為主觀，無法定量描述發(fā)表性偏倚，而秩相關(guān)分析法、回歸分析法和剪補法等可定量描述發(fā)表性偏倚。

圖說meta十五:系統(tǒng)評價PRISMA報告標準簡介?！禤RISMA(Preferred Reporting Items for Systematic Reviews and Meta-Analyses)聲明》即《系統(tǒng)綜述和薈萃分析優(yōu)先報告的條目：PRISMA聲明》。它是由PRISMA小組通過對原有的《隨機對照試驗薈萃分析報告質(zhì)量》（Quality of Reporting of Meta-Analyses）即《QUOROM聲明》進行修訂并總結(jié)所制定的系統(tǒng)綜述和薈萃分析報告標準。1、PRISMA清單并不是測量系統(tǒng)評價質(zhì)量的工具。

即：創(chuàng)新點A分別通過兩種方式發(fā)揮功能，這里的不同方式可以是兩個靶基因和通路，也可以是兩個表型，也可以是兩種細胞，甚至是組合起來，通過不同的通路影響不同細胞的不同表型，但是最終影響的疾病特征是一個，比如某個microRNA不僅可以通過調(diào)控snail基因表達影響腫瘤細胞EMT，還可以通過調(diào)控微環(huán)境中CAF細胞分泌VEGF影響血管生成，不過最終影響的都是腫瘤的轉(zhuǎn)移過程。如果只涉及到兩類細胞或者分子，模式上就可以歸類為模式三了。

Meta分析統(tǒng)計方法全攻略。本期內(nèi)容一、 Meta分析相關(guān)概念二、 Meta分析的基本步驟三、 Meta分析的論文撰寫四、 Meta分析常用軟件。Meta分析的選題是一個很重要的問題。如打算作進食牛奶是否會增加前列腺癌發(fā)病風(fēng)險的meta分析，則可以以“前列腺癌乳制品 meta分析”或者“prostate cancer dairy product meta-analysis”為關(guān)鍵詞在相關(guān)數(shù)據(jù)庫進行檢索。敏感性分析是排除低質(zhì)量研究后的meta分析，或者納入排除研究后的meta分析。

circRNA：環(huán)狀RNA的前世今生以及臨床研究思路。接下來介紹circRNA定義、circRNA的發(fā)現(xiàn)、circRNA的主要特征、circRNA的形成模式、circRNA的作用機制、circRNA常用數(shù)據(jù)庫以及重點介紹circRNA的研究思路。circRNA根據(jù)其來源可分為三類：外顯子來源的circRNA(exonic circRNAs)，內(nèi)含子來源的circRNA(circular intronic RNAs， ciRNAs)，以及由外顯子和內(nèi)含子共同組成的circRNA(retained-intron circRNAs)。圖4--circRNA對miRNA的調(diào)控。

精彩幻燈：CCU 常見搶救用藥。

第一個向上的波為R波（不是說最高的波是R波），R波左邊為Q波，右邊為S波。P波：V3：R波與S波振幅大致相等，T波可能高，U波明顯。⑵QRS波群之前或之后出現(xiàn)逆行P''''''''波，或與QRS波群重疊。④心室奪獲：正常QRS波群提早出現(xiàn)，且伴P波（竇性激動偶可避過心室不應(yīng)期，引起正常QRS波群）⑤室性融合波：QRS波群提早出現(xiàn)，且伴P波，形態(tài)介于正常與室性異位QRS波群（心室奪獲時，室性異位激動同時激動了部分心?。萈波消失，QRS波群正常。

輕松 10 分鐘：掌握肺栓塞的臨床診療經(jīng)驗。首先，不是每個住院患者都要考慮肺栓塞，只有高危人群需要格外注意肺栓塞風(fēng)險。一般低分子肝素治療（根據(jù)體重計算）至少 5 天，直至 INR > 2.0 連續(xù) 2 天，腎功能不全、出血風(fēng)險高時使用普通肝素（PS：低分子肝素經(jīng)腎排泄，且無拮抗劑）。近 50% 確診 HIT 的患者發(fā)生血栓栓塞并發(fā)癥，以下肢深靜脈血栓和肺栓塞最為常見，其次為外周動脈血栓和卒中，心肌梗死較為少見。

肺內(nèi)空洞影像常見于肺結(jié)核、肺膿腫、肺癌，少見的有肺囊腫合并感染、肺隔離癥、 肺包蟲病、韋氏肉芽腫、金黃色葡萄球菌感染等。除了好發(fā)部位特點，空洞內(nèi)壁多光整，有時也可有「壁結(jié)節(jié)」，但增強壁結(jié)節(jié)無明顯強化，是干酪性壞死附著空洞內(nèi)壁所致。癌性空洞、肺結(jié)核與肺膿腫單發(fā)多見，結(jié)核空洞也可多發(fā)；肺膿腫空洞可單發(fā)也可多發(fā)；金黃色葡萄球菌肺炎、血行遷徙性肺膿腫、真菌病與韋氏肉芽腫所致空洞常為多發(fā)。

1. 空泡型 GGO.這個進展過程相對緩慢，GGO 早期肺癌的生長呈惰性表現(xiàn)，長大一倍所用的時間較長，故 GGO 的隨訪時間一般至少為 3 年。20% 的純 GGO 在隨訪過程中病灶會增大或變成混合型 GGO，而 40% 的混合型 GGO 在隨訪中會增大或?qū)嵶儏^(qū)增大。當(dāng)逐漸長大進展，純 GGO 的實性成分增加，成為「混合性GGO」。局灶性肺 GGO 的隨訪。有些患者是一個主病灶，伴有多個小 GGO ，其實只需要切除這個主病灶，其他小 GGO 不成氣候，可以隨訪。

補液量：可按照體重的10%估算，補液應(yīng)先快后慢，無心衰患者頭2h給予1000~2000ml液體，第3、4h各給予300~500ml液體，以后每4~6h輸入1000ml，爭取12h內(nèi)輸入4000ml，第一個24h輸入4000~5000ml，失水嚴重者可達6000~8000ml。目標：血糖＜11.1mmol/L，血HCO3-≥18mmol/L，pH＞7.3，尿酮轉(zhuǎn)陰。血鉀＜3mmol/L：26~39mmol/h（KCl 2~3g）停止補液指證：血糖＜13.9mmol/L，尿量＞50ml/h，血漿滲透壓正常，患者能飲食。

手把手教你把12分的文獻都拆成橋段。首先是橋段A，所有蚊帳的橋段A基本上都是用來說明一個問題：為啥我們要研究這個基因？這篇文獻的橋段A主要用到的是數(shù)據(jù)挖掘，有三種策略，或者說是子橋段：GEO數(shù)據(jù)挖掘，TCGA數(shù)據(jù)挖掘，還有就是TCGA的生存曲線數(shù)據(jù)。接著的橋段D2，也是比較常見的基因機制研究的橋段，也就是下游基因的驗證。最后的橋段，一般是機制研究比較終極的橋段了，就是實實在在驗證基因間的互作——橋段D3。

如何30分鐘整出一篇5分的蚊帳？然后點開KM-Plot，算一下上面那張圖里幾個關(guān)鍵基因的生存曲線（又是3分鐘過去了哈）時間不多了，打開這個工具，然后看看這幾個關(guān)鍵基因是不是在胃癌中都表達比較高（這個是用TCGA做背景的數(shù)據(jù)庫）。然后我們搜搜看和這個基因相關(guān)的別的基因的相關(guān)性吧……李莫愁博士：可能你還是不相信這樣的東西能發(fā)5分，其實如果不信的話，你就下載一下這篇蚊帳吧，就會有答案啦：