For example, given a single VCF file, one or more samples can be extracted from the file, based either on a complete sample name, or on a pattern match.There is actually one more reason why you might want to combine variants from different files into one, but we do not recommend doing it: you have produced variant calls from various samples separately, and want to combine them for analysis.

使用gatk、bcftools、vcftools等軟件進(jìn)行vcf文件的合并

使用gatk軟件的HaploTypeCaller進(jìn)行變異檢測

利用PS快速排版制作一寸標(biāo)準(zhǔn)證件照教程。打開PS圖片處理軟件，點擊“文件—打開”（ctrl+0）—找到要制作的照片點擊圖片。打開后點擊左側(cè)工具欄里的裁剪工具，寬度設(shè)為2.5cm（295px），高度設(shè)為3.5cm（413px），分辨率為300像素，在照片的適合位置裁剪后回車確定。點擊“文件”—“新建”（ctrl+n），名稱處給照片命名，預(yù)設(shè)選“自定”，寬度改為11.6cm英寸（1370px），高度改為7.8cm（921px，分辨率300像素，背景白色，然后確定。

[{ "keys": ["f5"], "caption": "SublimeREPL: Python - RUN current file", "command": "run_existing_window_command", "args": { "id": "repl_python_run", "file": "config/Python/Main.sublime-menu" } },{ "keys": ["f1"], "caption": "SublimeREPL: Python", "command": "run_existing_window_command", "args": { "id": "repl_python", "file": "config/Python/Main.sublime-menu" } }]

[轉(zhuǎn)載]安捷倫外顯子捕獲文件下載轉(zhuǎn)載于http://blog.sina.com.cn/s/blog_8de3399d0102x2tk.html原文地址：SureDesign Human All Exon V5">安捷倫外顯子捕獲文件下載--Agilent SureDesign Human All Exon V5作者：桃之夭夭做全外顯子捕獲數(shù)據(jù)分析，也就是現(xiàn)在常見的外顯子分析，都涉及到要下載目標(biāo)捕獲文件，用來計算捕獲效率，覆蓋度等。[design ID]_Regions.bed包含了安捷倫試劑盒用來選擇引物的目標(biāo)區(qū)間。

linux top命令查看內(nèi)存及多核CPU的使用講述查看多核CPU命令。默認(rèn)進(jìn)入top時，各進(jìn)程是按照CPU的占用量來排序的，在【top視圖 01】中進(jìn)程ID為14210的java進(jìn)程排在第一（cpu占用100%），進(jìn)程ID為14183的java進(jìn)程排在第二（cpu占用12%）。大家都熟悉Linux下可以通過top命令來查看所有進(jìn)程的內(nèi)存，CPU等信息。# 總核數(shù) = 物理CPU個數(shù) X 每顆物理CPU的核數(shù).# 總邏輯CPU數(shù) = 物理CPU個數(shù) X 每顆物理CPU的核數(shù) X 超線程數(shù).

vcf-merge.vcf-mergeA.vcf.gz B.vcf.gz C.vcf.gz >out.vcf.perl ./scripts/vcf-merge./test/test1.vcf.gz./test/test2.vcf.gz.##source_20140401.1=vcf-merge(r840) ./test/test1.vcf.gz ./test/test2.vcf.gz.##sourceFiles_20140401.1=0:./test/test1.vcf.gz,1:./test/test2.vcf.gz../biosoft/bcftools merge./test/test1.vcf.gz ./test/test2.vcf.gz.##bcftools_mergeCommand=merge ./test/test1.vcf.gz ./test/test2.vcf.gz.

wget -O- http://cpanmin.us | perl - -l ~/perl5 App::cpanminus local::libeval `perl -I ~/perl5/lib/perl5 -Mlocal::lib`echo ''''''''eval `perl -I ~/perl5/lib/perl5 -Mlocal::lib`'''''''' >>~/.profileecho ''''''''export MANPATH=$HOME/perl5/man:$MANPATH'''''''' >>~/.profile.PERL5LIB=$PERL5LIB:/PATH_WHERE_YOU_PUT_THE_PACKAGE/source/bin/perl_module;PERL5LIB="/home/jmzeng/perl5/lib/perl5${PERL5LIB:+:${PER

更改linux終端中用戶名顏色。32代表的是綠色前景色，\[\e[m\]是關(guān)閉顏色設(shè)置，如果沒有這一句，后面所有的字符都會是前面設(shè)置的顏色。顏色設(shè)置在bash腳本中是通用的，也就是說你可以在終端里直接輸入。結(jié)果是在終端打印黃色的test.更多的顏色。前景代碼背景代碼顏色。

R語言 quantile()和fivenum()的差別在于轉(zhuǎn)載于http://blog.sina.com.cn/s/blog_a184ae810102xqwe.htmlquantile()和fivenum()的本質(zhì)差別在于quantile()函數(shù)的算法是采用加權(quán)平均，fivenum()是算術(shù)平均。

ggplot2學(xué)習(xí)筆記之qplot轉(zhuǎn)載于https://blog.csdn.net/songzhilian22/article/details/48580355ggplot2 之從qplot 開始。qplot(carat, data = diamonds, geom = ''''''''histogram'''''''', binwidth = 1, xlim = c(0, 3))qplot(carat, data = diamonds, geom = ''''''''histogram'''''''', binwidth = 0.1, xlim = c(0, 3))qplot(carat, data = diamonds, geom = ''''''''histogram'''''''', binwidth = 0.01, xlim = c(0, 3))

kmer和內(nèi)存。假設(shè)在完全沒有測序錯誤的數(shù)據(jù)中，read長度是100，測序深度是50X，選取kmer值為21，那么一個只匹配基因組一次的kmer 出現(xiàn)的次數(shù)應(yīng)該是$(100-21+1)*50/100=40$（基因組的每個位置被測了50次，100bp的read有80個21bpkmer）,如果匹配基因組兩次的kmer應(yīng)該出現(xiàn)80次。在實際拼接過程中，會去除一些低頻率的kmer，這一操作在刪除了大量錯誤kmer的同時，我們也不可避免的刪除了很多是因為覆蓋度低所以出現(xiàn)次數(shù)低的kmer。

linux根據(jù)進(jìn)程號PID查找啟動程序的全路徑。出問題時進(jìn)程的狀態(tài)為:[root@edu-web1 /] ps x 找到某進(jìn)程啟動路徑的方法是:1.我們可以從ps命令中得到僵死進(jìn)程的PID,如上例中233472.進(jìn)入/proc目錄下以該PID命名的目錄中3.輸入ls -ail,結(jié)果中 exe鏈接對應(yīng)的就是可執(zhí)行文件的全路經(jīng)詳細(xì)信息[root@edu-web1 /] ls /proc/ 找到23347文件夾。

二代測序：堿基平衡性、復(fù)雜度以及barcode選擇轉(zhuǎn)載于：http://www.zintahealth.com/show.asp?id=169.好的barcode組合必須是“4種堿基達(dá)到平衡”的，或者說堿基復(fù)雜度高。1、如果barcode組合的堿基組成不平衡，會導(dǎo)致測序進(jìn)行到這些堿基時，軟件對測序信號的處理出現(xiàn)障礙，不能準(zhǔn)確地識別這些堿基(base-calling)，表現(xiàn)為QV值降低，%Q30曲線波動。排除QV值低的barcode堿基后，其余質(zhì)量好的barcode堿基仍然足夠用來區(qū)分全部樣本；

user time是進(jìn)程執(zhí)行用戶態(tài)代碼（內(nèi)核外）耗費的CPU時間，僅統(tǒng)計該進(jìn)程執(zhí)行時實際使用的CPU時間，而不計入其他進(jìn)程使用的時間片和本進(jìn)程阻塞的時間sys time 是該進(jìn)程在內(nèi)核態(tài)運行所耗費的CPU時間，即內(nèi)核執(zhí)行系統(tǒng)調(diào)用所使用的CPU時間CPU總時間（user + sys）是CPU執(zhí)行用戶進(jìn)程操作和內(nèi)核（代表用戶進(jìn)程執(zhí)行）系統(tǒng)調(diào)用所耗時間的總和，即該進(jìn)程（包括線程和子進(jìn)程）所使用的實際CPU時間。

SAM/BAM文件信息、格式。@RG，比對上的序列（read）說明；The read is one of a pair read是pair中的一條（read表示本條read，mate表示pair中的另一條read）The other mate in the paired-end alignment is aligned to the reverse reference strand mate反向比對。Inferred fragment size.詳見Illumina中paired end sequencing 和 mate pair sequencing，是負(fù)數(shù)，推測應(yīng)該是兩條read之間的間隔(待查證)，若無mate則為0；

為什么沒有core文件生成呢?有時候程序down了, 但是core文件卻沒有生成. core文件的生成跟你當(dāng)前系統(tǒng)的環(huán)境設(shè)置有關(guān)系, 可以用下面的語句設(shè)置一下, 然后再運行程序便成生成core文件.ulimit -c unlimitedcore文件生成的位置一般于運行程序的路徑相同, 文件名一般為core.進(jìn)程號。

%CPU：上次更新到現(xiàn)在的CPU時間占用百分比。讀到這里我也不是十分理解他們倆的關(guān)系，我一直以為%CPU是每個進(jìn)程占用的cpu百分比，按理來說所有進(jìn)程的該值加在一起應(yīng)該等于us.而%CPU顯示的是進(jìn)程占用一個核的百分比，而不是整個cpu（12核）的百分比，有時候可能大于100，那是因為該進(jìn)程啟用了多線程占用了多個核心，所以有時候我們看該值得時候會超過100%，但不會超過總核數(shù)*100。

使用python發(fā)送郵件。MIMEText 對象 msg 包括收發(fā)郵箱地址、郵件正文和主題，Python 通過它就可以創(chuàng)建一封格式正確的郵件。