選擇之后，會出現(xiàn)比如atomselect0，然后可以運行：atomselect0 num 顯示所選的內(nèi)容有多少原子atomselect0 list 顯示所選的內(nèi)容的原子的編號atomselect0 text 顯示所選內(nèi)容表示的意義atomselect0 molid 顯示所選內(nèi)容的分子編號atomselect0 frame 顯示所選內(nèi)容的所在幀。比如還可以x、radius之類measure contacts 5 atomselect3 atomselect4得到在atomselect4中的任意原子的5埃范圍內(nèi)的atomselect3中的未與之成鍵的原子。

[經(jīng)驗心得] [原創(chuàng)]《LAMMPS Step by Step》（3）編譯器：目前LAMMPS推出的是C++版本的（LAMMPS 2001和LAMMPS99 分別為Fortran90和Fortran77版的，但LAMMPS 2001僅更新至2005年1月）。對LAMMPS這樣一個龐大的體系來說，文件/src/Makefile指定了編譯LAMMPS的所有規(guī)則，而用戶可能需要對/src/MAKE/Makefile.***（下文可能簡稱為Makefile文件）進行修改。編譯單機版LAMMPS的Makefile文件可參考/src/MAKE/Makefile.serial。

(2)【轉(zhuǎn)】qsub命令用戶通過qsub命令來向系統(tǒng)提交任務(wù)，有兩種方式提交：腳本方式和命令行方式。腳本方式提交任務(wù)的一般格式為：qsub [script_name]，script_name是任務(wù)腳本的名稱。其基本格式如下：qsub //輸入qsub命令后回車[directives] //pbs指示語句（以#PBS為前綴）[tasks] //任務(wù)或命令ctrl-D //結(jié)束輸入，提交任務(wù)對于上面用腳本方式提交的任務(wù)，用命令行方式提交的格式如下：

shell腳本語法及結(jié)構(gòu)。shell腳本語法及結(jié)構(gòu)shbang行 shbang行是腳本的第一行，通知內(nèi)核使用哪種shell去執(zhí)行腳本；echo “how are you？”echo oh boy\！echo $variable_nameecho $nameecho $PRINTER.讀取用戶輸入 特殊變量$<從用戶輸入中讀取一行并將它賦值給一個變量echo “who are you？”set name = $<echo $* 所有參數(shù)使用argv數(shù)組：echo $argv[1] $argv[2] $argv[3] echo $argv[*] 所有參數(shù) echo $#argv 參數(shù)個數(shù)。

Shell腳本中的函數(shù)必須先定義后調(diào)用，一般把函數(shù)定義都寫在腳本的前面，把函數(shù)調(diào)用和其它命令寫在腳本的最后（類似C語言中的main函數(shù)，這才是整個腳本實際開始執(zhí)行命令的地方）。Shell函數(shù)沒有參數(shù)列表并不表示不能傳參數(shù)，事實上，函數(shù)就像是迷你腳本，調(diào)用函數(shù)時可以傳任意個參數(shù)，在函數(shù)內(nèi)同樣是用$0、$1、$2等變量來提取參數(shù)，函數(shù)中的位置參數(shù)相當于函數(shù)的局部變量，改變這些變量并不會影響函數(shù)外面的$0、$1、$2等變量。

VMD中實現(xiàn)原子的數(shù)值著色方法。1、將上面的軌跡文件dump.pdb和用于著色的數(shù)據(jù)文件user.data拷貝到VMD的安裝主目錄下（C:\Program Files\University of Illinois\VMD），因為這個是VMD的tk 控制臺工作的默認目錄。Color Scale Data Range中的數(shù)值表示的是著色數(shù)值范圍，如果默認的最大值和最小值不是user.data中的最大值和最小值，可以手動輸入按下”set”即可，一般設(shè)置為user.data文件中的最大值和最小值。

Linux中用戶賬戶刪除Linux中用戶的刪除，不能僅僅將用戶從用戶的主目錄下刪除就算了，要徹底刪除一個用戶需要刪除以下東西：7.刪除用戶crontab的設(shè)置，若用戶曾經(jīng)使用crontab來設(shè)置定時器，定時啟動一些任務(wù)，在/var/spool/cron目錄中就會存在一個與用戶名稱同名的文件，刪除命令：rm /var/spool/cron/用戶名 或 /usr/bin/crontab -u 用戶名 -d.

LAMMPS常用建模方法總結(jié)。建模是進行材料模擬的第一步，這里對LAMMPS常用的建模方法進行總結(jié)（我平時用到的，難免不全面）。概況來說，建模方法有兩種：內(nèi)部建模和外部建模。外部建模主要是通過數(shù)據(jù)文件 data file實現(xiàn)的，即只要你將你需要的構(gòu)型以data file所要求的格式保存成文件，就能夠被LAMMPS讀入，而建立模型。（1）使用建模軟件完成建模后，導出xyz文件格式（因為xyz文件格式與data file格式比較相近，比較容易修改）；

Tutorial on VMD scripting.

選擇之后，會出現(xiàn)比如atomselect0，然后可以運行：atomselect0 num 顯示所選的內(nèi)容有多少原子atomselect0 list 顯示所選的內(nèi)容的原子的編號atomselect0 text 顯示所選內(nèi)容表示的意義atomselect0 molid 顯示所選內(nèi)容的分子編號atomselect0 frame 顯示所選內(nèi)容的所在幀。比如還可以x、radius之類measure contacts 5 atomselect3 atomselect4得到在atomselect4中的任意原子的5埃范圍內(nèi)的atomselect3中的未與之成鍵的原子。

以下是一般分子力場勢函數(shù)包括的幾個部分： 　　描述分子內(nèi)成鍵作用的項　　鍵伸縮能：構(gòu)成分子的各個化學鍵在鍵軸方向上的伸縮運動所引起的能量變化 　　鍵角彎曲能：鍵角變化引起的分子能量變化　　二面角扭曲能：單鍵旋轉(zhuǎn)引起分子骨架扭曲所產(chǎn)生的能量變化 　　交叉能量項：上述作用之間耦合引起的能量變化 　　描述分子間作用的項　　非鍵相互作用：包括范德華力、靜電相互作用等與能量有關(guān)的非鍵相互作用常用力場函數(shù)和分類。

（這是使用GROMACS進行分子動力學模擬最最最最（10個最）重要的文件，no mdp文件，no GROMACS模擬。文件中文本行有原子名稱，原子類型，原子電量，原子質(zhì)量，該原子與其他原子成鍵距離等。該文件含原子的序號，當使用make_ndx程序生成索引文件時，可以定義不同的原子組，每組名下即是該組所含各個原子的序號。PDB文件：分子坐標文件（.pdb）。使用pdb2gmx處理PDB文件時，程序按照PDB文件信息，在RTP文件中尋找對應的殘基力場信息。

LAMMPS輸入程序能通過調(diào)用其它程序改變LAMMPS的運行，通過新的命令實現(xiàn)。（3） 將LAMMPS程序看作一個可被其它程序調(diào)用的程序庫，在這種情況下其它程序為驅(qū)動程序，隨時根據(jù)需要調(diào)用LAMMPS程序。在examples/couple中列出了C++與C程序的例子，這些例子展示出了如何將一段獨立的程序與LAMMPS聯(lián)系起來形成一個程序庫，在一組處理器上運行LAMMPS，從LAMMPS中獲取數(shù)據(jù)，改變數(shù)據(jù)以及將改過的數(shù)據(jù)再送回LAMMPS中。

力場指令：angle_coeff, angle_style, bond_coeff,bond_style, dielectric, dihedral_coeff, dihedral_style,improper_coeff, improper_style, kspace_modify, kspace_style,pair_coeff, pair_modify, pair_style, pair_write, special_bonds.設(shè)定指令：communicate, dipole, group, mass,min_modify, min_style, neigh_modify, neighbor, reset_timestep,run_style, set, shape, timestep, velocity。restart 1000 poly.restart.

LAMMPS學習資源整理 本帖最后由 fatcharm 于 2014-10-27 11:20 編輯。本帖僅作資料整理和經(jīng)驗總結(jié)，不再step by step的講解，不定期更新，歡迎大家討論和交流。二、安裝編譯類。三、建模相關(guān)3.1 Packmol+VMD.Materials Studiomsi2lmp.四、勢函數(shù)總結(jié)。五、數(shù)據(jù)分析。5.1 軌跡文件可視化VMD.AtomEyeOVITO.六、基礎(chǔ)知識匯總。

這里，我們用/data分區(qū)，先拷貝些文件過去[root@localhost ~]# ]# cp /bin/ls /data/[root@localhost ~]# ]# cp -rf /bin /data/[root@localhost ~]# ]# ls -la /data/total 136drwxr-xr-x 4 root root 4096 Apr 21 17:37 .drwxr-xr-x 25 root root 4096 Apr 21 17:11 ..drwxr-xr-x 2 root root 4096 Apr 21 17:37 bindrwx—— 2 root root 16384 Apr 21 17:15 lost+found-rwxr-xr-x 1 root root 93560 Apr 21 17:37 ls.

Linux環(huán)境變量的設(shè)置和查看方法。1. 顯示環(huán)境變量HOME.用VI在文件/etc/profile文件中增加變量，該變量將會對Linux下所有用戶有效，并且是“永久的”。在shell的命令行下直接使用[export 變量名=變量值] 定義變量，該變量只在當前的shell(BASH)或其子shell(BASH)下是有效的，shell關(guān)閉了，變量也就失效了，再打開新shell時就沒有這個變量，需要使用的話還需要重新定義。LANGUGE 語言相關(guān)的環(huán)境變量，多語言可以修改此環(huán)境變量。

VMD的TK Console中的內(nèi)置命令。menu main loc 顯示VMD main窗口當前位置。menu main move 33 44 把VMD main窗口移到33,44坐標位置。博泰典藏網(wǎng)btdcw.com包含總結(jié)匯報、教學研究、農(nóng)林牧漁、表格模板、出國留學、人文社科、高中教育、行業(yè)論文、旅游景點、高等教育、外語學習、自然科學、初中教育以及VMD的TK Console中的內(nèi)置命令等內(nèi)容。

atomselect0 frame x設(shè)置選擇的幀為x atomselect0 delete 刪除atomselect0函數(shù)。atomselect0 moveto position_list: move each atom to a point given by the appropriate list element atomselect0 writepdb a.pdb 把目前所選原子寫到當前文件夾（vmd所在文件夾）的a.pdb中 set kk [atomselect 0 {resname ALA}] 定義$kk變量，用echo $kk可以查看其代表的內(nèi)容，比如得到atomselect0.mol on/off 2 顯示/不顯示mol id=2的分子。

PDB序列片段的起始序列號。PDB序列片段的起始插入代碼。PDB序列片段的終止序列號。PDB序列片段的終止插入代碼。序列數(shù)據(jù)庫名稱如PDB，SWS，當一個相應的序列數(shù)據(jù)庫記錄還未識別時即存放PDB.序列數(shù)據(jù)庫的訪問號碼，如對于GenBank來說即是NCBIgi.數(shù)據(jù)庫片段的起始序列號。涉及到PDB的話，存放片段起始殘基的插入代碼。數(shù)據(jù)庫片段的終止序列號。涉及到PDB的話，存放片段終止殘基的插入代碼。