360doc--Oncoimmuno的文章
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綜述 | Nature子刊:引發(fā)腫瘤的代謝決定因素
http://www.ahfyzs.com/content/23/0727/06/12967039_1090175655.shtml
2023/7/27 6:36:50
a,盡管負責引發(fā)腫瘤的原代細胞在腫瘤類型之間甚至在腫瘤類型內(nèi)可能有所不同,但起源的癌細胞通常是干細胞或祖細胞,或具有重新進入細胞周期并經(jīng)歷異常增殖能力的細胞。癌細胞譜系和癌基因表達在確定腫瘤代謝譜中的作用表明,代謝表型可能在腫瘤發(fā)生的早期建立。然而,人類腫瘤在代謝酶中只表現(xiàn)出少數(shù)頻繁的、復發(fā)的體細胞突變,這可能是因為代謝酶的基因突變可能會降低細胞的適應性或阻礙腫瘤進化所需的代謝可塑性。
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免疫檢查點抑制劑相關(guān)肺炎—臨床與影像
http://www.ahfyzs.com/content/21/1220/19/66631378_1009577016.shtml
2022/10/19 11:21:28
免疫檢查點抑制劑相關(guān)肺炎—臨床與影像。發(fā)生風險:免疫相關(guān)甲狀腺炎和甲狀腺功能減退癥(8.7%)>免疫檢查點抑制劑相關(guān)肺炎(4.5%)>肝炎(4.0%)NSCLC組免疫檢查點抑制劑相關(guān)肺炎的發(fā)生率和嚴重程度:抗PD-1抑制劑>抗PD-L1抑制劑>抗CTLA-4抑制劑。腫瘤細胞免疫逃逸:抗PD-1/PD-L1抑制劑,恢復免疫正?;?。小 結(jié)免疫檢查點抑制劑(ICIs)的作用機制PD-1/PD-L1和CTLA-4/B7免疫檢查點抑制劑相關(guān)性肺炎(CIP)的臨床診斷標準。
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有關(guān)“信”的一切(連載一)
http://www.ahfyzs.com/content/22/0521/18/12967039_1032506288.shtml
2022/5/21 18:51:36
第十四章 對信的疑惑第十五章 經(jīng)典當中的信第十六章 信的流動第十七章 信的反面不是懷疑第十八章 信的傳遞是聲音第十九章 不信是信的中心第二十章 信不產(chǎn)生愚昧,利用信才產(chǎn)生愚昧第二十一章 誠是信之根第二十二章 信的開始和終點第二十三章 信的境界第二十四章 苦源于不信第二十五章 信的角色第二十六章 信的責任第二十七章 信的五個支柱第二十八章 信從祖先來。如果把信當成與生活平行維度的產(chǎn)物,那么它的陰陽又是什么呢?
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由八卦神醫(yī)李陽波之死想到的
http://www.ahfyzs.com/content/20/0418/15/8046898_906852097.shtml
2022/2/3 0:31:03
由八卦神醫(yī)李陽波之死想到的 李陽波,有“八卦神醫(yī)”之稱,可見他醫(yī)術(shù)之高明,然而他卻僅僅活了44歲,就因為肝癌而去世?!独铌柌▊搲v記》是根據(jù)李陽波注釋的《傷寒論》及他的講課筆記整理而成。包括:1、李氏道德經(jīng)2、李氏易經(jīng)3、李氏黃帝內(nèi)經(jīng)4、李氏陰符經(jīng)5、李氏傷寒論6、李氏相學術(shù)7、李氏風水學術(shù)8、李氏煉丹術(shù)9、李氏幻真術(shù)10、李氏房中術(shù)11、李氏醫(yī)案全集12、李氏奇門遁甲等。
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要用PD1,你必須知道“假性進展”這個概念
http://www.ahfyzs.com/content/20/1117/22/72468276_946400603.shtml
2021/8/17 19:17:59
要用PD1,你必須知道“假性進展”這個概念。假性進展是免疫治療特有的詞匯,意指PD1單抗治療初期,患者影像學顯示病灶增大,按傳統(tǒng)療效評價標準RECIST判定為進展,治療無效情況下,患者后期反而出現(xiàn)腫瘤縮小,這種“先增后減”的模式稱之為“假性增大”。在患者接受nivolumab18周時間時,對患者當前穿刺組織進行免疫組化染色顯示,腫瘤灶內(nèi)免疫T細胞CD3+\CD4+\CD8+細胞浸潤明顯,同時瘤灶內(nèi)活性腫瘤細胞明顯減少。
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TCGA神器-GEPIA再介紹
http://www.ahfyzs.com/content/19/0118/13/52645714_809663602.shtml
2020/8/30 16:13:16
TCGA神器-GEPIA再介紹。3. 對特定基因的特定癌種的正常組織對比腫瘤組織的表達分析。4. 對特定基因在特定癌種中的不同病理分期中的表達差異分析。這項功能特別適用于某個基因的clinicopathological 的補充分析,比如某些reviewer讓你補充基因在癌種中的隨病情的表達變化,這就是絕好的材料。8. 想了解目標基因有哪些類似基因的情況下,可以用這個類似基因篩選功能。
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圍繞免疫治療對泛癌展開建模和分析(IF:8.911)
http://www.ahfyzs.com/content/20/0607/18/52645714_917043577.shtml
2020/8/30 16:01:21
利用DBN(deep belief networks)進行深度學習模型的建立,對整合的免疫檢查點抑制劑相關(guān)的信息(MSI、SCNA、mTMB),執(zhí)行深度自動編碼進行分層,將樣本分成4個基因組類別,并且基于免疫基因表達和腫瘤浸潤淋巴細胞分析分為cold和hot免疫微環(huán)境(a);文章整合的信息包括MSI、mTMB、SCNA,均與免疫檢查點抑制劑響應相關(guān),對數(shù)據(jù)集分類后分析的內(nèi)容主要包括免疫相關(guān)通路、免疫刺激基因、免疫抑制基因等表達差異和生存差異;
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數(shù)據(jù)挖掘任務-根據(jù)前面教程復現(xiàn)ssGSEA熱圖
http://www.ahfyzs.com/content/19/0903/06/52645714_858788244.shtml
2020/8/20 19:18:12
發(fā)表在 Breast Cancer Research (2015) :Gene-expression molecular subtyping of triple-negative breast cancer tumours: importance of immune response,數(shù)據(jù)在 GSE58812, 法國研究團隊的等人使用 適應性的Fuzzy-clustering 把107個TNBC 患者分成3類。使用ssGSEA算法對CIBERSORT的免疫基因集進行分析。Estimation of the optimal clustering numbers of triple-negative breast cancer microenvironment phenotypes.
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呼吸機攻略(模式與臨床應用)PPT
http://www.ahfyzs.com/content/20/0109/16/54683902_885243208.shtml
2020/8/18 13:07:02
呼吸機攻略(模式與臨床應用)PPT.
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8 純生信思路|腫瘤免疫表型
http://www.ahfyzs.com/content/20/0514/08/52645714_912219778.shtml
2020/8/15 23:45:14
結(jié)果一、HNSCC樣本中與PD-L1、IFN-g表達相關(guān)的分子免疫亞型基于5個包含1106個樣本的獨立基因表達隊列(訓練集:TCGA-HNSC (n =500)、驗證集:GSE117973、GSE39368、GSE40774 、GSE65858)使用CIBERSORT評估單個樣本中不同免疫細胞比例。圖1A 二、通過選擇免疫細胞子集來將亞群分層基于5個免疫細胞類型對TCGA-HNSC隊列進行無監(jiān)督聚類,主要劃分成A、B兩類(見圖1B:從上到下依次為TCGA-HNSC、GSE117973 、GSE 65858隊列)。
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5分加免疫生信文章套路解析 三大經(jīng)典免疫浸潤R包分析(附代碼)
http://www.ahfyzs.com/content/20/0712/15/68410210_923740635.shtml
2020/8/15 16:31:47
與免疫評分一致,Sub1腫瘤的溶細胞評分明顯高于Sub2。① 來自復制率和突變數(shù)據(jù)的樣本異質(zhì)性② 來自內(nèi)置于ABSOLUTE算法參考面板的核型模型③ 來自突變數(shù)據(jù)的等位基因部分(可以選擇不提供此項數(shù)據(jù)) *樣本異質(zhì)性有兩個方面:一是要明確腫瘤純度表示腫瘤細胞相對于正常細胞(二倍體)和污染樣本的血細胞的比例二是由于正在進行的亞克隆進化,每個腫瘤群體按倍性分組,倍性以正常單倍體基因組的基因組片段定義。
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5 腫瘤免疫治療思路分享(純生信)~
http://www.ahfyzs.com/content/19/0826/18/52645714_857206621.shtml
2020/8/8 17:46:11
5 腫瘤免疫治療思路分享(純生信)~APOBEC3B和APOBEC突變標記作為非小細胞肺癌免疫治療反應的潛在預測標志物OncogeneAPOBEC3B and APOBEC mutational signature as potential predictivemarkers for immunotherapy response in non-small cell lung cancerAPOBEC3B和APOBEC突變標記作為非小細胞肺癌免疫治療反應的潛在預測標志物該篇文章主要通過分析TCGA中NSCLC樣本的多組學數(shù)據(jù),挖掘潛在非小細胞肺癌免疫療效預測標志物。
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動態(tài) | 張澤民教授課題組再發(fā)Cell,用到的單細胞技術(shù)了解一下?
http://www.ahfyzs.com/content/20/0724/12/68410210_926475832.shtml
2020/7/26 0:21:39
其中,C1QC+ TAM和兩組cDC主要與其他免疫細胞(尤其是T細胞亞群)相互作用(圖20),提示其在抗腫瘤T細胞應答中起調(diào)節(jié)作用??偟膩碚f,該研究的思路是:先通過單細胞轉(zhuǎn)錄組、免疫組測序等技術(shù),對CRC患者的腫瘤微環(huán)境進行細胞分群、基因差異表達、細胞發(fā)育軌跡、細胞間相互作用等多水平、多維度的詳細表征,發(fā)現(xiàn)了腫瘤浸潤髓系細胞類群中兩類特殊的細胞類群TAM和cDC可能在CRC的抗腫瘤T細胞應答、腫瘤發(fā)生等過程起調(diào)節(jié)作用。
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基金申請利器:GSEA分析TCGA免疫浸潤機制
http://www.ahfyzs.com/content/19/0201/07/52645714_812479615.shtml
2020/7/5 20:40:32
基金申請利器:GSEA分析TCGA免疫浸潤機制。(B) Volcano plots for the enrichment (blue) and depletion (yellow) of immune cell types across cancers for tumors with high, intermediate, and low mutational load calculated based on the NES score from the GSEA.(F) Volcano plot for BRAF- and RAS-mutated TCHA tumors calculated based on the NES score from the GSEA.
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生信分析17:腫瘤免疫浸潤與腎癌的生信分析
http://www.ahfyzs.com/content/20/0529/09/45852776_915280316.shtml
2020/6/24 15:23:37
生信分析17:腫瘤免疫浸潤與腎癌的生信分析。TISIDB/TIMER分析腫瘤免疫特征(機制三)。這篇仍然是興趣基因和免疫微環(huán)境結(jié)合起來的生信分析論文,跟第16篇論文類似。首先從TCGA下載數(shù)據(jù),然后用R語言包分析數(shù)據(jù),確認免疫評分和病理分期、存活率之間的關(guān)系。靶基因在腫瘤浸潤淋巴細胞的情況分析。下面對免疫細胞亞群進行整體分析,需要對免疫學,尤其是腫瘤免疫非常全面而又深刻的了解。
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腫瘤免疫治療發(fā)展簡史
http://www.ahfyzs.com/content/17/0726/11/45361169_674222010.shtml
2020/4/1 17:21:34
腫瘤免疫治療發(fā)展簡史?;赝[瘤免疫治療100余年發(fā)展簡史,雖歷盡曲折坎坷,一度徘徊不前,但近二三十年腫瘤免疫治療所取得一系列矚目成就預示著充滿希望的未來。直到20世紀60年代,Burnet等人提出“腫瘤免疫監(jiān)視學說”并隨后被實驗證實,該理論認為免疫系統(tǒng)具有完備的監(jiān)視功能,能區(qū)分“自己”和“非己”,腫瘤中存在腫瘤抗原,能夠被淋巴細胞視為“非己”而清除,這就表明了腫瘤免疫治療的合理性。
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CT征象之馬賽克灌注與暈輪征
http://www.ahfyzs.com/content/15/0820/10/20506080_493582019.shtml
2018/8/13 17:14:11
由于氣道疾病或肺血管性疾病引起相鄰的肺區(qū)血液灌注上的差別而出現(xiàn)的不均勻肺密度區(qū),稱馬賽克/鑲嵌性灌注。結(jié)節(jié)伴毛玻璃樣陰影可代表腫瘤細胞浸潤,多見于以下幾種腫瘤包括支氣管肺泡細胞癌,其他原發(fā)肺癌、淋巴瘤和轉(zhuǎn)移性肺腫瘤。支氣管肺泡細胞癌常顯示一個單發(fā)結(jié)節(jié)伴毛玻璃樣改變,支氣管肺泡細胞癌中的毛玻璃影的形成是由于腫瘤細胞呈伏壁式生長,腫瘤通過肺泡壁擴散到遠端氣腔,肺泡被黏液和細胞碎片充填。
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[胸部征象] “馬賽克征” 的影像表現(xiàn)與臨床意義
http://www.ahfyzs.com/content/17/0209/19/6838477_627860331.shtml
2018/8/13 17:14:04
[胸部征象] “馬賽克征” 的影像表現(xiàn)與臨床意義。是肺小氣道病變時高分辨力CT或薄層CT所示的一種非特異性征象,表現(xiàn)為肺密度不 均勻,通常是片狀或呈馬賽克樣分布,伴有鄰近正常肺組織可稱為馬賽克征。(2)血管性疾病在血管性疾病中馬賽克征的形成是由于栓塞造成的相應肺區(qū)的血液灌 注減少,肺密度減低,肺紋理細小、稀疏,與正常肺灌注區(qū)形成斑片樣不同密度排列。(1)肺栓塞肺栓塞中馬賽克是其間接征象,肺栓塞還有其直接征象;
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WZ4002:另一款易瑞沙耐藥靶向藥|與AZD9291齊名但來的太晚!
http://www.ahfyzs.com/content/16/1113/17/37615543_606238735.shtml
2018/7/11 11:15:43
WZ4002:另一款易瑞沙耐藥靶向藥|與AZD9291齊名但來的太晚!WZ4002是一種肺癌靶向藥,一種EGFR抑制劑,主要用于使用易瑞沙、特羅凱耐藥后的治療,用于EGFR之后的T790M的突變,但WZ4002對EGFR的突變作用比較小,因此常使用易瑞沙、特羅凱與WZ4002聯(lián)合治療。三、WZ4002使用注意事項1、WZ4002的最大缺陷是EGFR部分攻擊力不夠,需要與EGFR類藥聯(lián)用,以雙藥來對付“EGFR+T790M”雙突變。也就是說,WZ4002的EGFR部分攻擊力比易瑞沙要弱。
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突破陳規(guī),前沿實戰(zhàn):“吉西他濱減量節(jié)拍療法”
http://www.ahfyzs.com/content/17/0719/15/2826784_672584913.shtml
2018/7/10 21:35:43
突破陳規(guī),前沿實戰(zhàn):“吉西他濱減量節(jié)拍療法”其中很重要的一個原因就是吉西他濱的骨髓抑制的副作用,對病人的血象影響很大,很多病人按照標準方案,在做完第1、2周共兩次化療之后,在第3周準備用藥的時候,大部分病人的血象滿足不了第3周的化療要求,因此在國內(nèi)很多醫(yī)院基本就將標準方案按照實際情況調(diào)整為第1周,第2周每周一次,休息兩周,總共四周一個周期的化療方案,同時密切監(jiān)控病人的血象指標。