宏基因組二代測(cè)序（mNGS）顯著提高了耶氏肺孢子菌（Pneumocystis jirovecii, Pj）的檢出率。臨床上經(jīng)常遇到 mNGS「意外」檢出低序列數(shù)的 Pj，而患者的臨床表現(xiàn)、實(shí)驗(yàn)室檢查結(jié)果、影像學(xué)等均不太符合耶氏肺孢子菌肺炎（PJP），這種情況下，能不能診斷 PJP，SMZ 要不要上？

病例簡(jiǎn)介

男性，79 歲，因反復(fù)咳嗽氣喘 40 余年，再發(fā)加重 1 月入院。

1 月前起咳嗽氣喘加重，曾在當(dāng)?shù)蒯t(yī)院予頭孢他啶、莫西沙星、激素等輸液 8 天無(wú)好轉(zhuǎn)，咳嗽氣喘加重，并漸起發(fā)熱。

患者有慢性阻塞性肺疾?。–OPD）、高血壓、冠心病史，長(zhǎng)期吸煙 1 包/天。

入院查體：T 37.6 ℃，R 20 次/分，SaO2 95%（吸室內(nèi)空氣），兩肺濕羅音，心率 105 次/分，齊，下肢無(wú)浮腫。

查傳染病 4 項(xiàng)（-）。

外院治療前后對(duì)比 CT，兩肺滲出有明顯增加（圖 1）。

圖 1. 患者在當(dāng)?shù)刂委熐昂蟮?CT 對(duì)比。A-B：治療前 CT，兩肺紋理增多，支氣管管壁增厚，右下肺肺氣腫；C-D 頭孢他啶 + 莫西沙星 + 激素治療 8 天后癥狀無(wú)好轉(zhuǎn)，復(fù)查 CT 示兩肺新增片狀滲出。

入院診斷：慢性阻塞性肺疾病急性加重（AECOPD）、肺部感染、低氧血癥、高血壓病、冠心病。

考慮到經(jīng)常規(guī)治療病情進(jìn)展，遂予氣管鏡檢查，肺泡灌洗液（BALF）送宏基因組二代測(cè)序（mNGS）。

入院第 3 天報(bào)：BALF 培養(yǎng)（-），BALF Xpert（-），BALF GM 1.322

mNGS：耶氏肺孢子 序列數(shù) 84，黃曲霉序列數(shù) 12。

分析

老年男性，原有 COPD 史，咳嗽氣喘加重 1 周余入院。

外院予常規(guī)抗感染 + 激素抗炎治療臨床表現(xiàn)及影像學(xué)進(jìn)展，mNGS 檢出耶氏肺孢子菌（Pj）與黃曲霉，但序列數(shù)均不高。

目前考慮感染未控制。

患者有曲霉感染的高危因素，BALF GM 明顯升高，mNGS 找到 12 個(gè)序列數(shù)的黃曲霉，結(jié)合影像學(xué)表現(xiàn)，侵襲性肺曲霉感（IPA）可臨床診斷，可予抗真菌治療。

那么問(wèn)題來(lái)了，耶氏肺孢子菌是「元兇」-- 感染致病原，還是「無(wú)辜的旁觀者」-- 定植，可以診斷耶氏肺孢子菌肺炎（PJP）嗎？

呼吸道分泌物 mNGS 檢出耶氏肺孢子菌，臨床并不少見(jiàn)。隨著 mNGS 技術(shù)的普及，耶氏肺孢子菌的檢出報(bào)告明顯增多，但真假陽(yáng)性仍需要謹(jǐn)慎評(píng)估。

下呼吸道感染 mNCS 檢出低序列數(shù)病原體時(shí)需要謹(jǐn)慎判定其診斷價(jià)值，切忌單憑 mNGS 檢測(cè)結(jié)果指導(dǎo)抗感染治療，要避免過(guò)度診治，造成醫(yī)療資源浪費(fèi)、誘導(dǎo)耐藥并增加抗生素的附加損害。

mNGS：Pj 檢測(cè)的利器與陷阱

快速準(zhǔn)確的微生物鑒定技術(shù)始終是臨床微生物關(guān)注的焦點(diǎn)。傳統(tǒng)微生物檢驗(yàn)，諸如形態(tài)學(xué)、培養(yǎng)、抗原抗體及靶向核酸檢測(cè)等方法在解決疑難及未知病原微生物上存在局限 ^[1]。

mNGS 的優(yōu)勢(shì)與局限：病原體（包括耶氏肺孢子菌）檢測(cè)的「雙面鏡」。mNGS 無(wú)疑是病原體診斷領(lǐng)域的革命性工具，尤其擅長(zhǎng)：

• 廣譜篩查：無(wú)需預(yù)設(shè)，可同時(shí)檢測(cè)細(xì)菌、病毒、真菌、寄生蟲(chóng)等幾乎所有病原體核酸片段。

• 難培養(yǎng)/罕見(jiàn)病原體：對(duì)耶氏肺孢子菌、結(jié)核分枝桿菌、諾卡菌、某些病毒等優(yōu)勢(shì)顯著。

然而，正是其超高敏感性，埋下了過(guò)度解讀的隱患：

1. 核酸殘留干擾：mNGS 檢測(cè)的是核酸片段。成功治療后的死亡病原體、定植菌、甚至環(huán)境污染物（如試劑、操作過(guò)程引入）的核酸都可能被檢出，產(chǎn)生假陽(yáng)性或無(wú)關(guān)陽(yáng)性。

2. 無(wú)法區(qū)分「活」與「死」：「陽(yáng)性」結(jié)果僅代表檢測(cè)到微生物的殘骸 -- 核酸，無(wú)法判斷其是否具有活性、是否正在活躍復(fù)制并導(dǎo)致疾病。

3. 核心困境：難以區(qū)分定植與感染，這是解讀耶氏肺孢子菌 mNGS 結(jié)果時(shí)最大的挑戰(zhàn)。

定植現(xiàn)象不容忽視

傳統(tǒng)觀念認(rèn)為耶氏肺孢子菌（Pj）只在 HIV 等免疫嚴(yán)重低下者致病。但近年研究顛覆了傳統(tǒng)認(rèn)知：

1. 定植普遍存在：在無(wú)活動(dòng)性 PJP 肺炎的個(gè)體中，包括慢阻肺（COPD）、哮喘、間質(zhì)性肺?。↖LD）、甚至部分健康人群（尤其吸煙者）的呼吸道樣本中，使用高靈敏度 PCR 或 mNGS 技術(shù)可檢測(cè)到 Pj DNA，即存在定植狀態(tài) ^{[2][3] [5, 6]}。

2. 定植率高：2019 年的研究顯示，COPD 患者中 Pj 定植率可達(dá) 32.3%^[4]，2020 年國(guó)內(nèi)研究發(fā)現(xiàn)，非 HIV 呼吸疾病患者 Pj 定植很新普遍，在 COPD、哮喘、間質(zhì)性肺疾?。↖LD）、支氣管擴(kuò)張患者中定植率分別為 64.5%、40.0%、84.6%、79.0%^[5]。

3. 定植的臨床意義： 

• 非致病性：定植本身通常不引起急性炎癥和臨床癥狀，通常無(wú)需針對(duì) Pj 的治療；

• 潛在風(fēng)險(xiǎn)：定植狀態(tài)可能是 PJP 的潛在風(fēng)險(xiǎn)因素（尤其當(dāng)宿主免疫力進(jìn)一步下降時(shí)）。

破解迷局：感染與定植的鑒別

僅憑 mNGS「陽(yáng)性」絕不能草率診斷 PJP！必須進(jìn)行多維度綜合評(píng)估：

• 高危人群（PJP 可能性極高）：CD4+ T 淋巴細(xì)胞計(jì)數(shù) < 200 cells/μL 的 HIV 感染者、惡性血液病、實(shí)體腫瘤、炎癥性疾病、實(shí)體器官或造血干細(xì)胞移植受者、長(zhǎng)期大劑量糖皮質(zhì)激素使用者 ^[6]。

• 非經(jīng)典/低危人群（定植可能性大）：如僅有輕度免疫抑制（如低劑量/短程激素）、糖尿病、實(shí)體瘤、COPD、ILD、無(wú)明確免疫缺陷者。ICU 患者常處于免疫紊亂狀態(tài)，需個(gè)體化分析。

• 典型 PJP：亞急性起病（數(shù)天至數(shù)周），進(jìn)行性加重的干咳、發(fā)熱、活動(dòng)后呼吸困難（典型三聯(lián)癥）。嚴(yán)重者出現(xiàn)靜息呼吸困難、低氧血癥甚至呼吸衰竭 ^[7]。

• 定植（非 PJP）：通常無(wú)癥狀，或癥狀可由基礎(chǔ)疾?。ㄈ?COPD 急性加重、心衰、細(xì)菌性肺炎）解釋，與 PJP 特征不符。

• 典型 PJP：雙肺彌漫性磨玻璃影（GGO），常呈地圖樣分布，可伴小葉間隔增厚（鋪路石征）、囊性病變（尤其上葉）、肺尖相對(duì)受累較輕。病變多呈向心性（肺門(mén)周圍）分布 ^[8]（圖 2，圖 3)。

• 不典型/定植：影像表現(xiàn)與基礎(chǔ)疾病相符（如肺氣腫、實(shí)變、網(wǎng)格影等），或僅有輕微、非特異性改變，缺乏典型彌漫性 GGO 及鋪路石征。

圖 2. 37 歲男性，因發(fā)熱胸悶干咳 2 周入院。入院后查 HIV（+），CT 示兩肺彌漫性 GGO

圖 3. 56 歲男性，慢性腎病史伴 PJP，CT 示兩肺多發(fā)性結(jié)節(jié)（白色長(zhǎng)箭頭），大小各異，伴小葉間隔增厚（黑色短箭頭）^[8]

1. 血清學(xué)標(biāo)志物：

• 1,3-β-D-葡聚糖（G 試驗(yàn)）：在活動(dòng)性 PJP 感染中敏感性高（> 90%），陰性預(yù)測(cè)價(jià)值好 ^[9][10][11]。陽(yáng)性需結(jié)合臨床（其他真菌感染也可陽(yáng)性）。

• 乳酸脫氫酶（LDH）： 活動(dòng)性 PJP 時(shí)常顯著升高（> 350 U/L），但特異性較低（惡性腫瘤、其他肺炎、溶血等也可升高）^[9]。

2. 傳統(tǒng)微生物學(xué)檢查（仍具價(jià)值）：

• 六胺銀染色、免疫熒光染色（DFA）： 鏡檢下找到典型包囊或滋養(yǎng)體是確診 PJP 的金標(biāo)準(zhǔn)之一，陽(yáng)性結(jié)果意義重大。但敏感性依賴操作者經(jīng)驗(yàn)和樣本質(zhì)量，特殊染色在基層醫(yī)院尚未普遍推廣。

• PCR 檢測(cè)：靈敏度高于鏡檢，但同樣面臨無(wú)法區(qū)分定植與感染的問(wèn)題。定量 PCR 可提供更多信息，有研究認(rèn)為 Ct 值 ＜ 30 診斷價(jià)值更大 ^[12]。

• 序列數(shù)（Reads 數(shù)）：  極高序列數(shù)（顯著高于背景）可能更支持活動(dòng)性感染（但無(wú)絕對(duì)閾值）。低序列數(shù)需高度警惕定植或污染。

• 覆蓋度/基因組覆蓋比例：比例高可能提示微生物載量大。

• 背景信息：樣本中是否同時(shí)檢出其他明確致病菌？能否解釋當(dāng)前病情？（混合感染或繼發(fā)感染常見(jiàn)）。

• 對(duì)照設(shè)置：實(shí)驗(yàn)過(guò)程是否設(shè)置合理陰性對(duì)照？結(jié)果是否排除了常見(jiàn)污染源？

臨床實(shí)踐建議：面對(duì) Pj 陽(yáng)性報(bào)告

面對(duì)一份 mNGS 耶氏肺孢子菌陽(yáng)性報(bào)告，建議遵循以下步驟：

1.  保持冷靜，切勿「見(jiàn)陽(yáng)就治」，不加思考立即上抗生素，檢出 ≠ 致病，陽(yáng)性 ≠ 立即治療！

2.  回歸臨床，全面審視： 

• 重點(diǎn)評(píng)估宿主免疫狀態(tài)（高危還是低危），患者是否屬于經(jīng)典高危人群？若風(fēng)險(xiǎn)低，定植可能性陡增。

• 癥狀是否符合 PJP 的典型表現(xiàn)？能否用基礎(chǔ)疾病或其他已明確的感染解釋？

3.  細(xì)讀影像（親自閱片）：胸部 CT 是否顯示典型的彌漫性 GGO、鋪路石征？還是更符合基礎(chǔ)疾病或其他肺炎？

4. 善用輔助實(shí)驗(yàn)室檢查：立即送檢 G 試驗(yàn)、LDH，完善痰液、誘導(dǎo)痰、BALF 的涂片特殊染色、培養(yǎng)等；

5. 濃度解讀 mNGS 報(bào)告： 

• 關(guān)注序列數(shù)、覆蓋度、背景微生物譜及質(zhì)控信息。

• 低序列數(shù) + 非高危宿主 + 無(wú)癥狀/癥狀不典型 + 影像不典型 + G 試驗(yàn)（-）+ LDH 正常，強(qiáng)力指向定植！

6. 綜合判斷，個(gè)體化決策：

7. 癥狀是否符合 PJP 的典型表現(xiàn)？能否用基礎(chǔ)疾病或其他已明確的感染解釋？

• 證據(jù)高度支持感染（高危宿主 + 典型癥狀/影像 + G 試驗(yàn)（+）+ LDH 升高 + mNGS 序列數(shù)較高），支持 PCP 診斷，及時(shí)啟動(dòng)抗 Pj 治療（復(fù)方磺胺甲噁唑）。治療反應(yīng)是重要佐證。

• 證據(jù)模棱兩可（中危宿主 + 癥狀不典型 + 影像不典型 + mNGS 序列數(shù)較低）：積極尋找其他病因，密切觀察病情變化（癥狀、氧合、影像等）。切忌僅憑 mNGS 陽(yáng)性就用藥！可考慮重復(fù)采樣（如 BALF）進(jìn)行鏡檢或 PCR，或短期密切隨訪復(fù)查影像和氧合。

• 證據(jù)強(qiáng)力支持定植（低危宿主 + 無(wú)癥狀/癥狀不符 + 影像不符 + G 試驗(yàn)陰性 + LDH 正常 + mNGS 序列數(shù)低）：無(wú)需針對(duì) Pj 進(jìn)行治療！ 專注于管理基礎(chǔ)疾病和查找其他感染源。

8. 溝通與記錄：向患方解釋檢測(cè)結(jié)果的復(fù)雜性和決策依據(jù)。在病歷中詳細(xì)記錄鑒別診斷的思維過(guò)程和依據(jù)。

患者轉(zhuǎn)歸

考慮患者雖有高危因素（激素短期內(nèi)大量使用史），有發(fā)熱、干咳、氣喘等類似于 PJP 的臨床表現(xiàn)，但 G 試驗(yàn)（-），LDH 正常，mNGS Pj 序列數(shù)較低僅 84 個(gè)，影像學(xué)也不符合典型的 PJP，所以考慮定植，未予 SMZ 治療。

而患者同樣有曲霉感染的高危因素（激素短期內(nèi)大量使用史），常規(guī)抗菌治療后臨床癥狀惡化，影像學(xué)有侵襲性肺曲霉感染的征象，BALF GM 試驗(yàn)（+），曲霉雖然只檢出 12 個(gè)序列數(shù)，但曲霉、隱球菌等真菌含有堅(jiān)硬的細(xì)胞壁或有非常厚的莢膜，導(dǎo)致破壁困難而使核酸提取效率低下，檢出的序列數(shù)較少 ^[14]，綜上仍可臨床診斷侵襲性肺曲霉?。↖PA），而予艾沙康唑治療后，患者體溫很快恢復(fù)正常，咳嗽氣喘明顯好轉(zhuǎn)，出院帶口服艾沙康唑膠囊治療，3 個(gè)月后復(fù)查 CT，兩肺滲出明顯吸收好轉(zhuǎn)，證實(shí) IPA 診斷。

結(jié)語(yǔ)

mNGS 極大的拓展了病原微生物的檢測(cè)能力。然而，耶氏肺孢子菌的檢出，尤其在高敏感性技術(shù)下，更需用臨床智慧解讀 mNGS 報(bào)告，判斷「真假李逵」。面對(duì)每一份 mNGS 陽(yáng)性報(bào)告，不能見(jiàn)風(fēng)就是雨，鑒別診斷的核心要素：宿主免疫狀態(tài)、臨床表現(xiàn)、影像學(xué)、實(shí)驗(yàn)室檢查、mNGS 結(jié)果解讀，請(qǐng)務(wù)必：

? 深挖宿主免疫背景

? 嚴(yán)判癥狀影像真?zhèn)?/span>

? 巧用 G/LDH 等利器

? 審慎解讀測(cè)序數(shù)據(jù)

切記：mNGS 是輔助診斷工具，臨床綜合判斷才是「王道」。避免見(jiàn)風(fēng)就是雨、見(jiàn)陽(yáng)就打，堅(jiān)持循證決策，方能合理利用檢測(cè)技術(shù)，改善患者預(yù)后。