好久沒有更新了，最近的感受：沉淀的結(jié)果是，驀然回首，一無所有。負(fù)重前行，走的更遠(yuǎn)，輕裝上陣，原地打轉(zhuǎn)。用通俗的話講就是：不寫公眾號，就可以有更多的時(shí)間積累和學(xué)習(xí)，其實(shí)是空余時(shí)間刷抖音。所以，有的沒的，都要寫一寫，有內(nèi)容了就寫干活，沒內(nèi)容了就灌灌水。反正我喜歡看別人灌水的文章，尤其是搞技術(shù)的灌水，很有代入感。后之視今亦猶今之視昔，我見觀音觀自在，我見真武見真我。雜合度，就是雜合基因型所占的比例，這個(gè)數(shù)值可以反應(yīng)兩個(gè)問題：比如一個(gè)群體的數(shù)據(jù)，做GWAS分析，應(yīng)該是純合的群體，出現(xiàn)了雜合樣本，是需要?jiǎng)h掉的。比如一個(gè)群體的數(shù)據(jù)，做GWAS分析，不是純合群體，也不是雜合群體，可以把雜合度按照正態(tài)分布的格式，計(jì)算平均值和標(biāo)準(zhǔn)差，然后刪除三倍標(biāo)準(zhǔn)差之外的樣本。寫到這里，不給代碼有點(diǎn)不講究：A <- rnorm(1000,0,1)outlier_above <- which(A > mean(A) + 3*sd(A))outlier_below <- which(A < mean(A) - 3*sd(A))del_id = c(outlier_above,outlier_below)
第一列：家系ID 第二列：個(gè)體ID 第三列：觀測的純合位點(diǎn)數(shù) 第四列：期望的純合位點(diǎn)數(shù) 第五列：總個(gè)體數(shù) 第六列：F值（越小，說明雜合度越高） 飛哥吐槽：het的值是F值，這個(gè)明明是存合度，為何會叫雜合度，明明值越大越純合。這里，也可以手動(dòng)計(jì)算：F =（O-E)/(N-E)純系群體，做GWAS分析，可以對雜合度進(jìn)行質(zhì)控，比如小于0.3的認(rèn)為是雜合群體，可以刪除。 自然群體，做GWAS分析，可以對雜合度進(jìn)行質(zhì)控，認(rèn)為群體的雜合度應(yīng)該是合理區(qū)間，可以用三倍標(biāo)準(zhǔn)差的形式進(jìn)行離群樣本的質(zhì)控，比如計(jì)算的F值，通過上面提供的函數(shù)，剔除樣本。
|
