今天介紹一下如何使用plink計(jì)算PIC，PIC的意思是多態(tài)信息含量 （polymorphism information content，PIC）。多態(tài)信息含量（polymorphism information content，PIC）是衡量遺傳標(biāo)記（如 DNA 分子標(biāo)記、等位基因等）在群體中多態(tài)性水平的重要指標(biāo)，用于評(píng)估標(biāo)記提供的遺傳信息豐富度，反映其區(qū)分不同基因型個(gè)體的能力。它廣泛應(yīng)用于遺傳學(xué)研究、分子育種、群體遺傳結(jié)構(gòu)分析等領(lǐng)域。PIC 的本質(zhì)是：對(duì)于一個(gè)遺傳標(biāo)記，在隨機(jī)選擇的兩個(gè)雜合子親本后代中，該標(biāo)記能明確區(qū)分親本基因型的概率。簡(jiǎn)單來(lái)說(shuō)，PIC 值越高，標(biāo)記的多態(tài)性越強(qiáng)，能提供的遺傳信息越豐富，在區(qū)分個(gè)體或群體遺傳差異時(shí)的效果越好。參考文獻(xiàn)：Botstein D, White R L, Skolnick M, et al. Construction of a genetic linkage map in man using restriction fragment length polymorphisms[J]. American journal of human genetics, 1980, 32(3): 314.如何使用plink的maf結(jié)果計(jì)算PIC？1，對(duì)基因型數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)控plink --file new_id_dd --chr-set 40 --snps-only just-acgt --chr 1-18 --mind 0.1 --geno 0.1 --hwe 1e-5 --recode --out templibrary(data.table)library(tidyverse)freq=fread(file="plink.frq",header=T)head(freq)summary(freq)freq$Pic=1-freq[,5]^2-(1-freq[,5])^2-2*(1-freq[,5])^2*freq[,5]^2head(freq)summary(freq)cor(freq$MAF,freq$Pic)plot(freq$MAF,freq$Pic)fwrite(freq,"pic_result_maf.txt",sep = " ",quote = F)
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