1888年，在華教會(huì)組織“美以美”會(huì)將它在北京地區(qū)所創(chuàng)辦的中、小學(xué)校合并起來成為匯文書院（后改名匯文大學(xué)）。1893年，另外一個(gè)教會(huì)組織“公理會(huì)”也將它在華北辦的中、小學(xué)合并成潞河書院，1904年又改名為北通州協(xié)和大學(xué)。1919年這兩所學(xué)校以及教會(huì)組織“數(shù)公會(huì)”在北京辦的協(xié)和大學(xué)和協(xié)和神學(xué)院，共同商議合作辦學(xué)，經(jīng)過多次會(huì)商、波折，終于同年秋天組成新的學(xué)校，取名燕京大學(xué)，校址設(shè)在內(nèi)城盔甲廠，美國(guó)人司徒雷登任校長(zhǎng)。

1920年，教會(huì)學(xué)校華北女子協(xié)和大學(xué)也并入燕京大學(xué)，成為燕京大學(xué)文理科女校，校址在燈市口佟府夾道。這時(shí)學(xué)校分文理科和神科兩大部分，層次分本科和預(yù)科。

由于城內(nèi)校舍有限，發(fā)展受阻，1920年，學(xué)校購(gòu)得城西郊海淀前清睿王府作為校園，動(dòng)工興建新校舍。1926年基本落成，成為北京最大最美麗的大學(xué)校園，學(xué)校遂由城內(nèi)遷往新址。同年，學(xué)校取消預(yù)科。

1929年，根據(jù)當(dāng)時(shí)南京政府教育部頒布的私立大學(xué)規(guī)程，外國(guó)人不得在中國(guó)境內(nèi)辦的大學(xué)中任校長(zhǎng)，燕京大學(xué)董事會(huì)遂改推中國(guó)人副校長(zhǎng)吳雷川任校長(zhǎng)，司徒雷登改任校務(wù)長(zhǎng)。并改組了原來的科系結(jié)構(gòu)。全校設(shè)三個(gè)學(xué)院，即：

（1）文學(xué)院，內(nèi)設(shè)國(guó)文、英文、歐洲文、歷史、哲學(xué)、教育、心理、音樂、宗教九個(gè)系；

（2）自然科學(xué)院，內(nèi)設(shè)化學(xué)、生物、物理、地理及地質(zhì)、數(shù)學(xué)、家事六個(gè)系；

（3）應(yīng)用社會(huì)科學(xué)院，內(nèi)設(shè)政治、經(jīng)濟(jì)、社會(huì)三個(gè)系。后來文學(xué)院又添設(shè)新聞、體育二個(gè)系。自然科學(xué)院改為理學(xué)院，將心理學(xué)系劃歸理學(xué)院。又將社會(huì)科學(xué)院改為法學(xué)院，增設(shè)法律學(xué)系。1932年后，又作了一些調(diào)整，陸續(xù)撤銷了宗教學(xué)系、體育學(xué)系和地理及地質(zhì)學(xué)系。將英文和歐洲文學(xué)合并為外國(guó)文學(xué)系。另外在教育系設(shè)置了幼稚師范專修科，在化學(xué)系設(shè)了制革專修科。理學(xué)院內(nèi)還開設(shè)了醫(yī)學(xué)預(yù)備課程和護(hù)士預(yù)備課程。

燕京大學(xué)中本科以上的研究課程，自1921年即開始設(shè)置，最初設(shè)立的是哲學(xué)，其后逐年增至12門。1934年，根據(jù)教育部頒布的大學(xué)研究院暫行組織規(guī)程，學(xué)校正式成立了研究院，設(shè)文、理、法三個(gè)研究所，內(nèi)分歷史學(xué)部、化學(xué)部、生物學(xué)部及政治學(xué)部。研究院的修業(yè)年限最低為二年。

1937年，抗日戰(zhàn)爭(zhēng)爆發(fā)，北平各大學(xué)紛紛南遷，燕京大學(xué)因?yàn)槭峭赓Y所辦，留在北平繼續(xù)辦學(xué)。1941年冬，日美爆發(fā)太平洋戰(zhàn)爭(zhēng)，北平的日本占領(lǐng)軍封閉了燕大，逮捕了燕大的創(chuàng)始人司徒雷登和師生多人。一部分教師和學(xué)生陸續(xù)內(nèi)遷，于1942年秋在四川成都辦起了燕京大學(xué)臨時(shí)學(xué)校，繼續(xù)上課。

1945年，日本投降后，司徒雷登獲釋，召集留在北平的師生，在原址復(fù)校。1946年夏，成都的師生全部遷回北平。到1947年底，在校學(xué)生有901人，教職工267人。

燕京大學(xué)的辦學(xué)經(jīng)費(fèi)，最初是由各教會(huì)團(tuán)體提供，后來發(fā)展到接受美國(guó)各界的捐助以及在中國(guó)國(guó)內(nèi)募捐，也得到過中國(guó)政府和社會(huì)團(tuán)體的資助。

1949年后燕京大學(xué)仍留在北京辦學(xué)，其性質(zhì)也無大的改變。1950年，中國(guó)政府將燕大收歸國(guó)有，改為公辦。1952年全國(guó)高等學(xué)校院系調(diào)整時(shí)，民族學(xué)系、社會(huì)學(xué)系、語文系（民族語文系）、歷史系并入中央民族學(xué)院（今中央民族大學(xué)），法學(xué)院并入北京政法學(xué)院（今中國(guó)政法大學(xué)）、中國(guó)人民大學(xué)，經(jīng)濟(jì)學(xué)系并入中央財(cái)經(jīng)學(xué)院（今中央財(cái)經(jīng)大學(xué)），其他文科、理科多并入北京大學(xué)，工學(xué)院并入清華大學(xué)，醫(yī)學(xué)系并入中國(guó)協(xié)和醫(yī)學(xué)院。其校舍由北京大學(xué)接收，成為北京大學(xué)的主校區(qū)，現(xiàn)已列為古跡保護(hù)區(qū)。此外，其大學(xué)董事會(huì)和部分教員南遷香港，參與崇基學(xué)院的創(chuàng)建，為香港中文大學(xué)創(chuàng)始的成員書院之一。學(xué)校名稱不復(fù)存在。