【原】SGS單細(xì)胞與空間組學(xué)數(shù)據(jù)可視化教程(一): 快速部署 SGS 工具

健明 2024-08-17 發(fā)布于廣東

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SGS單細(xì)胞與空間組學(xué)數(shù)據(jù)可視化教程合集: 一. 快速部署 SGS 工具

SGS隨著單細(xì)胞與空間組學(xué)技術(shù)的不斷發(fā)展，如何高效地管理和可視化這些復(fù)雜數(shù)據(jù)成為研究人員面臨的一大挑戰(zhàn)。SGS（Single-Cell and Spatial Genomics System）正是為此而生。本文將為您介紹如何通過快速部署 SGS 系統(tǒng)，實現(xiàn)數(shù)據(jù)的可視化與協(xié)同探索。

運行環(huán)境

在開始安裝之前，請確保計算機中Docker軟件安裝成功 (很簡單, 具體安裝方法可以bing搜一下, 如果遇到問題也可以加入交流群和小伙伴們討論一下)：

Docker：Docker 是 SGS 部署的核心工具，可視化服務(wù)被封裝在容器中，簡化了部署過程。

注意！不同于傳統(tǒng)的本地可視化軟件，SGS 采用數(shù)據(jù)工作站的方式，便于在服務(wù)器上進行大數(shù)據(jù)的可視化。SGS 瀏覽器由兩個主要部分組成：SGS 服務(wù)端和 SGS 客戶端。下載并安裝 SGS 客戶端后，需要通過客戶端的圖形界面在本地或遠程部署 SGS 服務(wù)端,實現(xiàn)數(shù)據(jù)可視化。

一. 下載 SGS 客戶端

SGS 客戶端支持多種平臺，可在這里下載: https://sgs./download

二. 部署 SGS 服務(wù)端

請注意，SGS 服務(wù)器的部署依賴于 Docker，因此請確保 Docker 已正確配置！

通過圖形化界面安裝服務(wù)端, 用來計算解析數(shù)據(jù).

步驟一: 一鍵部署服務(wù)端打開 SGS 客戶端，點擊部署按鈕，進入快速部署界面。您可以選擇兩種安裝模式：本地安裝（客戶端和服務(wù)端都在同一個電腦上）或遠程安裝（客戶端和服務(wù)端在不同的電腦上部署）。

步驟二：填寫相關(guān)信息選擇安裝模式，包括兩種安裝模式: 輸入必要的信息, 遠程安裝需要填寫遠程服務(wù)器的 IP 地址、用戶名、密碼和端口, 本地安裝只需提供 root 密碼即可。安裝過程中，實時進度界面將顯示安裝進度狀態(tài)。

2.1 遠程計算機安裝:

IP：服務(wù)器 IP 地址，可通過 ifconfig -a 命令獲?。J(rèn)端口為 22）。
用戶名：服務(wù)器用戶的名稱。
密碼：服務(wù)器用戶的密碼。

2.2 本地計算機安裝

僅僅提供 root 密碼即可.

成功認(rèn)證后，系統(tǒng)會提供以下信息：數(shù)據(jù)存儲路徑、數(shù)據(jù)庫端口、API 端口、Web 端口。建議使用默認(rèn)端口設(shè)置，以獲得最佳性能和兼容性。

步驟三：完成安裝部署

部署成功后，您將返回瀏覽器界面。SGS 提供兩個訪問鏈接：API URL 和 Web URL。API URL 主要用于通過客戶端訪問，而 Web URL 可通過瀏覽器訪問（如 Chrome、Firefox 和 Edge）。

三. 進入安裝成功的服務(wù)端添加數(shù)據(jù)

SGS界面左上方的服務(wù)器列表菜單欄主要顯示當(dāng)前已添加的SGS服務(wù)URL，用戶可以通過點擊編輯按鈕選項修改URL地址和名稱，點擊URL可以連接到相關(guān)數(shù)據(jù)管理中心，此外用戶還可以繼續(xù)添加多個新的SGS服務(wù)URL。

注意: 在進入管理系統(tǒng)添加數(shù)據(jù)之前,請確保你的數(shù)據(jù)已經(jīng)移至指定的文件目錄中, 為了計算機數(shù)據(jù)的安全和隱私性, 我們設(shè)置SGS只能訪問指定目錄下的文件.

為確保數(shù)據(jù)的隱私與安全，SGS不提供訪問計算機全文件的權(quán)限, 因此用戶需要將數(shù)據(jù)復(fù)制到特定文件夾中：
Linux系統(tǒng)數(shù)據(jù)存放指定路徑: /data/docker/vol/sgs
MacOS系統(tǒng)數(shù)據(jù)存放指定路徑: ${HOME}/docker/vol/sgs

1. 步驟一: 進入數(shù)據(jù)管理系統(tǒng) 點擊數(shù)據(jù)管理按鈕，跳轉(zhuǎn)到數(shù)據(jù)庫登錄界面，選擇登錄到新服務(wù)器，用戶需要提供服務(wù)IP和token key，才能進入數(shù)據(jù)管理界面，該界面可以創(chuàng)建項目，管理數(shù)據(jù)。

請注意，我們已實現(xiàn) token 認(rèn)證以增強數(shù)據(jù)訪問安全性。用戶需要登錄服務(wù)器并使用以下命令來檢索 token：
獲得token的命令從圖形界面獲得: 例如: curl http://localhost:6102/api/token/admin (這里僅舉例, 需要自己手動點擊sgs圖形界面查看, 如下圖)

2. 步驟二: 創(chuàng)建項目并添加物種 （查看動態(tài)演示：https://sgs./document/assets/project_info-DayugqDB.gif）

a.單擊添加項目按鈕。
b.從數(shù)據(jù)目錄中選擇一個 fasta 文件來創(chuàng)建項目。
c.填寫所需的物種名稱和描述信息。
用戶需要遵循以下步驟：

3. (可選)添加項目簡介信息 （查看動態(tài)演示：https://sgs./document/assets/project_info-DayugqDB.gif）
創(chuàng)建項目后，用戶可以點擊關(guān)于項目按鈕填寫項目信息，填寫完成后可以在瀏覽首頁點擊關(guān)于項目按鈕查看詳細(xì)信息。

4. 添加數(shù)據(jù)集 （查看動態(tài)演示：https://sgs./document/assets/add_data-BpQ9wWPk.gif）
SGS提供兩種添加數(shù)據(jù)的方式, 用戶可以選擇一個文件夾批量添加多個文件，也可以逐個添加文件。提交文件后，界面將顯示當(dāng)前選定的數(shù)據(jù)及其對應(yīng)的文件類型列表。用戶可以查看文件類型，根據(jù)需要修改文件名，并確保沒有錯誤。添加過程完成后，用戶可以訪問數(shù)據(jù)列表界面以檢查添加數(shù)據(jù)的狀態(tài)，執(zhí)行查詢，并根據(jù)需要選擇性地刪除特定文件。