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孟德爾隨機化---R語言VCF文件讀取

 昵稱69125444 2023-09-21

有何AI與醫(yī)學：開始補充一些文章解析，以及之前沒有寫過，但是有朋友咨詢的內(nèi)容

01 下載數(shù)據(jù)


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VCF文件是GWAS中常見的一種格式，我這里使用IEU下載得到的VCF文件進行演示，鏈接放到這個里，大家可以下載練習：https://gwas./datasets/ieu-a-1055/

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02 安裝軟件


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VCF文件這里我們使用vcfR包來讀取。

# 清空環(huán)境變量，如果環(huán)境有后面需要的變量，只要不報錯不清楚也可以
rm(list=ls())
#設置工作目錄
setwd("~/vcfdata/")
#讀取文件
#下載vcfR包
install.packages("vcfR")

03 讀取數(shù)據(jù)


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#讀取VCF文件，我這里下載了IEU數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù)
data <- vcfR::read.vcfR("ieu-a-1055.vcf.gz")
#如注釋文件所示，ES代表beta值、SE代表se、LP代表-log10（P值）、AF代表eaf、“ID”代表SNP的ID
gt <- data.frame(data@gt)
dat <- as.character(unlist(strsplit(gt$ieu.a.1055, split = ":")))#strsplit切分；unlist解開
fix<-data.frame(data@fix)#為SNP位點的基本信息
#轉(zhuǎn)化為data.frame
matrix<-matrix(data=dat,ncol=5,byrow=T)
frame<-data.frame(matrix) 
# 獲取到的列命名
colnames(frame)<-c("ES","SE","LP","AF","ID")
exp<-cbind(fix,frame)

讀取數(shù)據(jù)后我們先看一下，vcf如下圖所以，vcf文件由三個部分組組成，meta,fix,gt。

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meta部分主要是注釋信息，如數(shù)據(jù)的列名注釋等。

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gt fix 兩個儲存看具體信息，gt為ES代表beta值、SE代表se、LP代表-log10（P值）、AF代表eaf、“ID”代表SNP的ID。fix儲存的為染色體編號和位置，SNPID，REF參考等位基因頻率，ALT等位基因頻率。

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之后按代碼整理，將兩部分合并，生成exp如下圖。

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007

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