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線粒體疾病是最常見的遺傳性疾病之一，但由于其臨床表型與其他散發(fā)或遺傳性疾病的臨床表型有類似之處等原因，使得線粒體的診斷長期以來都是重大挑戰(zhàn)。盡管基因檢測的廣泛應用提高了診斷率，但表型和遺傳異質性的結合仍然難以有把握地及時進行分子診斷。 mtDNA突變占線粒體疾病診斷的三分之二，其中絕大多數(shù)是由于mtDNA(mtSNVs)的單核苷酸變異(SNVs)引起的。MitoPhen數(shù)據(jù)庫提供了已發(fā)表的mtDNA疾病患者mtSNVs或小插入/刪除變異(indels)，并提供相關疾病表型數(shù)據(jù)，為線粒體疾病的診斷提供了重要參考。該數(shù)據(jù)庫可訪問地址：https://www..
通過收集6688名已發(fā)表個體的臨床表型，其中有89 個致病性線粒體 DNA(mtDNA) 突變，整理出了26348個人類表型本體論 (HPO：人類疾病中遇到的表型異常的標準化詞匯表) 以建立 MitoPhen 數(shù)據(jù)庫，對 mtDNA 臨床綜合征的無假設定義、異質性-表型關系的概述、未被充分識別的表型的識別，這些HPO涵蓋了所有主要器官系統(tǒng)，能夠全面描述與每個變體相關的臨床表型譜。
圖：89個致病mtDNA變異及其相應的mtDNA基因位置 注：每個變量中已發(fā)表的受影響個體的數(shù)量用向外的灰色條表示，數(shù)字顯示在括號中，報告這些個體的文獻數(shù)量用向內的灰色條表示。mtDNA基因按編碼類別著色:粉色代表編碼基因，紫色代表tRNA基因，綠色代表rRNA基因，D-loop為藍色。 通過記錄肌肉、血液和其他生物材料中的異質性水平，能夠確定特定變體的異質性水平和特定HPO術語出現(xiàn)的幾率之間的聯(lián)系。該數(shù)據(jù)庫還能夠識別攜帶特定mtDNA變異的患者中未被識別但復發(fā)的臨床特征。
利用該數(shù)據(jù)庫，研究者對77名獨立確診的線粒體疾病患者和1083例非線粒體疾病的罕見病例進行研究，基于HPO表型相似度評分，可以區(qū)分這兩類罕見病患者。假陽性率在10%以內，靈敏度可達80%。同時，研究者也指出，納入更多的線粒體疾病患者的表型數(shù)據(jù)，將有助于進一步提升對此類罕見病的預測。 總之，MitoPhen數(shù)據(jù)庫收集和納入的HPO詞條，為mtDNA疾病的診斷提供了一個公開可用的參考數(shù)據(jù)庫。凌恩-盈飛團隊，致力于開拓前沿分子生物學技術和高性能計算在生命科學研究、分子育種及人類健康領域的應用，旨在為生命科學領域客戶提供國際領先的數(shù)據(jù)管理和分析解決方案。公司擁有多項自主專利技術和軟件著作權，成功開發(fā)VG多樣性分析軟件、VG轉錄組分析軟件、VG生信分析云平臺、R J腫瘤信息管理系統(tǒng)（臨床應用）、Y-STR/Y-SNP法醫(yī)學分析平臺（法醫(yī)應用）、FD個人基因組分析和報告系統(tǒng)、FD祖源分析和報告系統(tǒng)、FD家系分析和報告系統(tǒng)、動植物物種數(shù)據(jù)庫（水稻、蕨類、瓠瓜、旱獺、桉樹等）、TMBQ靶向代謝組批量定量分析平臺、蛋白代謝數(shù)據(jù)分析平臺等。客戶群體包括高等院校、科研院所、三甲醫(yī)院及疾控中心，藥企及基因檢測公司等。參考文獻 MitoPhen database: a human phenotype ontology-basedapproach to identify mitochondrial DNA diseases. Nucleic Acids Research, 2021.
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