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進(jìn)化樹(shù) | 給定列表,從一棵大樹(shù)上抽出你要的小樹(shù)

 生信藥丸 2022-12-29 發(fā)布于貴州

前幾天,有一個(gè)合作課題的朋友臨時(shí)提到,現(xiàn)在咱們幾百個(gè)樣品有一個(gè)樹(shù),但是我只想看其中30個(gè)樣品的樹(shù),怎么辦?尤其是,他正好有只有這 30 個(gè)樣品的一些數(shù)值矩陣云云。
當(dāng)然,最簡(jiǎn)單的做法就是直接從一棵幾百個(gè)Taxon的進(jìn)化樹(shù)里面,抽取出這30個(gè)樣品的演化關(guān)系。說(shuō)起來(lái)簡(jiǎn)單,做起來(lái)就比較復(fù)雜。我簡(jiǎn)單檢索了,似乎并無(wú)合適實(shí)現(xiàn)。其中基本也全是,你用python某軟件云云,或者用R的什么包,而且也寫(xiě)得不太清楚,用起來(lái)很不方便。當(dāng)然,我嘗試了用chatGPT或者openAI,并無(wú)解決問(wèn)題。Emmm....盡管我做過(guò)一些分析,python R 也不至于完全不會(huì),但是這么一個(gè)小事,你就要騙我去學(xué)一個(gè)包,學(xué)一個(gè)模塊的API?不接受。
不接受,那就只自己寫(xiě)。于是 TBtools 終于有了一個(gè)新功能。

使用簡(jiǎn)單,直接輸入一個(gè)大樹(shù),給一下你需要的子集ID列表,點(diǎn)擊 Start 就可以看到一個(gè)小樹(shù)。

是不是覺(jué)得很實(shí)用?

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