「要實(shí)現(xiàn)的下面的圖：」

• 最下方的熱圖是兩兩SNP之間的LD值，越高越紅，比較紅的區(qū)域構(gòu)成一個(gè)Block（用黑線(xiàn)連起來(lái)）
• 如果提供gff文件，可以顯示基因的上游、下游、外顯子、內(nèi)含子區(qū)域
• 上面是位點(diǎn)的曼哈頓圖，是區(qū)域性的曼哈頓圖
• 位點(diǎn)之間，也可以根據(jù)LD值進(jìn)行可視化，以最顯著的位點(diǎn)為四方形，其它位點(diǎn)與其LD值的大小呈現(xiàn)不同的顏色

軟件介紹：（這兩款神奇是一人開(kāi)發(fā)，大神呀?。?github鏈接：https://github.com/BGI-shenzhen/

• A:整體上宏觀上用：PopLDdecay 軟件 ，軟件己經(jīng)生物信息Bioinformatics雜志發(fā)表online（見(jiàn)我的學(xué)習(xí)筆記：LD衰減圖繪制--PopLDdecay）
• B: 從局部上查看用：LDBlockShow軟件， 軟件已經(jīng)正式被 briefings in bioinformatics （影響分子8.99）的雜志接收

1. 數(shù)據(jù)準(zhǔn)備

• vcf格式的數(shù)據(jù)，InVCF
• plink二進(jìn)制文件，InPlink
• plink文本文件，InPlink

2. 軟件安裝

網(wǎng)址：https://github.com/BGI-shenzhen/LDBlockShow

中文說(shuō)明書(shū)：https://github.com/hewm2008/LDBlockShow/blob/main/LDBlockShow_Manual_Chinese.pdf

安裝代碼：

        git clone https://github.com/hewm2008/LDBlockShow.git
        cd LDBlockShow ; chmod 755 configure  ;  ./configure;
        make;
        mv LDBlockShow  bin/;    #     [rm *.o]

3. 軟件測(cè)試

數(shù)據(jù)：file.vcf

代碼：這里，繪制染色體1，位置區(qū)間是：49670000:49780000

LDBlockShow -InVCF file.vcf -OutPut re5 -Region 1:49670000:50680000 -OutPng -SeleVar 1

結(jié)果：

4. 進(jìn)階：Heatmap + block

vcf文件：Test.vcf.gz

命令：

LDBlockShow -InVCF Test.vcf.gz -OutPut re1 -Region chr11:24100000:24200000 -OutPng -SeleVar 1

結(jié)果文件：

re1.blocks.gz  re1.png  re1.site.gz  re1.svg  re1.TriangleV.gz

5. 進(jìn)階：Heatmap + block + GWAS

考慮GWAS的結(jié)果，加入?yún)?shù)：-InGWAS gwas.pvalue

vcf文件：Test.vcf.gz

GWAS結(jié)果文件：三列，Chr, Position, Pvalue，沒(méi)有行頭

$ head gwas.pvalue
chr11 24142640 0.00009
chr11 24142660 1.02e-9
chr11 24142669 1e-9
chr11 24142692 0.5
chr11 24142724 0.6
chr11 24142756 0.001
chr11 24142760 0.006

命令：

LDBlockShow -InVCF Test.vcf.gz -OutPut re2 -Region chr11:24100000:24200000 -InGWAS gwas.pvalue -OutPng -SeleVar 1

結(jié)果：

re2.blocks.gz  re2.png  re2.site.gz  re2.svg  re2.TriangleV.gz

結(jié)果中包括熱圖，block圖和GWAS圖合并起來(lái)了。

上面的圖，可以通過(guò)ShowLDSVG軟件，進(jìn)一步優(yōu)化：

• -Cutline，閾值定義為7
• -ShowNum，顯示LD值
• -PointSize，顯示點(diǎn)大小

 ShowLDSVG -InPreFix re2 -OutPut temp -InGWAS gwas.pvalue -Cutline 7 -ShowNum -PointSize 3

結(jié)果：

6. Heatmap + block + GWAS + Annotation

相比較上圖，增加了注釋的信息。

文件需要：

• vcf，vcf格式的文件
• gwas_pvalue，三列的gwas結(jié)果（Chr，Position，Pvalue），無(wú)行頭
• gff文件，注釋文件

$ cat In.gff
chr11 maker mRNA 24142646 24142738 . + . ID=GeneName
chr11 maker five_prime_UTR 24142646 24142652 . - . Parent=GeneName
chr11 maker CDS 24142653 24142673 . + 2 Parent=GeneName
chr11 maker CDS 24142718 24142729 . + 2 Parent=GeneName
chr11 maker five_prime_UTR 24142730 24142738 . + . Parent=GeneName

命令：

LDBlockShow -InVCF Test.vcf.gz -OutPut re3 -Region chr11:24100000:24200000 -InGWAS gwas.pvalue -OutPng -SeleVar 1 -InGFF In.gff

也可以增加SNP的名稱(chēng)：

$ cat Spe.snp
chr11 24142660
chr11 24142669 SpeA
chr11 24142760 SpeB

命令：

LDBlockShow -InVCF Test.vcf.gz -OutPut re3 -Region chr11:24100000:24200000 -InGWAS gwas.pvalue -OutPng -SeleVar 1 -InGFF In.gff -SpeSNPName Spe.snp

7. 進(jìn)階：LDblock+GWAS+Annotation+Locuszoom

可以通過(guò)-TopSite在GWAS圖中顯示最顯著位點(diǎn)與其它位點(diǎn)的LD關(guān)系。

LDBlockShow -InVcf Test.vcf.gz -OutPut re4 -InGWAS gwas.pvalue -InGFF In.gff -Region chr11:24100000:24200000 -OutPng -SeleVar 3 -TopSite

下圖中，最顯著的位點(diǎn)為四邊形，其它顏色，紅色表示LD高，其它顏色表示LD低。在上圖的基礎(chǔ)上，增加了最顯著位點(diǎn)與其它位點(diǎn)的LD情況。

參考：https://github.com/hewm2008/LDBlockShow/blob/main/LDBlockShow_Manual_Chinese.pdf