1、江南制造局翻譯館史略，《中國(guó)科技史料》卷8第3期65-74頁(yè)，1988

2、清末益智書(shū)會(huì)統(tǒng)一科技術(shù)語(yǔ)工作述評(píng)，《中國(guó)科技史料》第12卷第2期9-19頁(yè)，1991

3、《格致匯編》之中國(guó)編輯者考，《大陸雜志》(臺(tái)北)第88卷6期45-48頁(yè)，1994

4、晚清科學(xué)譯著雜考，《中國(guó)科技史料》第15卷第4期32-40頁(yè)，1994

5、The Establishment of Modern Cotton Industry in Late Nineteenth-century China: A Comparison with Japan, in Keiji Yamada(ed.) The Transfer of Science and Technology between Europe and Asia, 1780-1880 (Kyoto: The International Research Center for Japanese Studies, pp.61-79, 1994.

6、"西學(xué)中源"說(shuō)在明清之際的由來(lái)及其演變，《大陸雜志》(臺(tái)北)第90卷第6期39-45頁(yè)，1995

7、康熙、梅文鼎與"西學(xué)中源"說(shuō)，《傳統(tǒng)文化與現(xiàn)代化》1995第3期77-84頁(yè)，1995

8、江南制造局翻譯書(shū)目新考，《中國(guó)科技史料》第16卷第2期3-18頁(yè)，1995

9、《格致匯編》與西方近代科技知識(shí)在清末的傳播，《中國(guó)科技史料》第17卷第1期36-47頁(yè)，1996

10、徐壽的律呂研究，載入汪廣仁主編《中國(guó)近代科學(xué)先驅(qū)徐壽父子研究》(清華大學(xué)出版社)57-62，481-483頁(yè)，1998

11、關(guān)于《化學(xué)鑒原》和《化學(xué)初階》的翻譯與元素譯名問(wèn)題，載同上《中國(guó)近代科學(xué)先驅(qū)徐壽父子研究》，422-427頁(yè)，1998

12、《六合叢談》中的近代科學(xué)知識(shí)及其在清末的影響，《中國(guó)科技史料》20卷第3期，211-226頁(yè)，1999(日譯文:『六合叢談』の科學(xué)知識(shí)と近代中國(guó)への影響，載《『六合叢談』(1857- 58)の學(xué)際的研究》(沈國(guó)威編著)，第345-365頁(yè)，東京:白帝社，1999)(中文本獲"大象優(yōu)秀科技史論文獎(jiǎng)"一等獎(jiǎng))

13、1850年代至1910年中國(guó)與日本之間科學(xué)書(shū)籍的交流述略，[日本]關(guān)西大學(xué)《東西學(xué)術(shù)研究所紀(jì)要》33，139-152頁(yè)，2000

14、赫胥黎《科學(xué)導(dǎo)論》的兩個(gè)中譯本--兼談清末科學(xué)譯著的準(zhǔn)確性，《中國(guó)科技史料》21卷第3期，207-221頁(yè)，2000(獲臺(tái)灣"立青中國(guó)科學(xué)史青年學(xué)者杰出論文獎(jiǎng)")

15、略論明清之際西學(xué)東漸的特點(diǎn)與中西科學(xué)互動(dòng)，《國(guó)際漢學(xué)》第6輯318-336頁(yè)，大象出版社，2000

16、民國(guó)初年一次破天荒的公開(kāi)尸體解剖，《中國(guó)科技史料》2001年第2期109-112頁(yè)。

17、A New Inquiry into the Tanslation of Chemical Terms by John Fryer and Xu Shou, in New Terms for New Idea: Western Knowledge and Lexical Change in Late Imperial China, Edited by Michael Lackner, Iwo Amelung and Joachim Kurtz, pp.271-283, Leiden: Brill, 2001.

18、"西學(xué)中源"說(shuō)和"中體西用"論在晚清的盛衰，《故宮博物院院刊》2001年第5期56-62頁(yè)，2001。(日譯文載藤善真澄編《東と西の文化交流》261-279頁(yè)，關(guān)西大學(xué)出版部，2004)

19、傅蘭雅與徐建寅翻譯《化學(xué)分原》的一個(gè)譯稿本，《或問(wèn)》第6號(hào)(2003)

20、科學(xué)傳統(tǒng)與中國(guó)科學(xué)事業(yè)的現(xiàn)代化(第二作者)，《科學(xué)文化評(píng)論》第1卷第1期，2004年2月

21、二十世紀(jì)五六十年代中國(guó)科學(xué)家的科研時(shí)間問(wèn)題(第二作者)，《科學(xué)文化評(píng)論》第1卷第2期5-24頁(yè)，2004年4月

22、關(guān)于清末口譯筆述翻譯方法的初步探討，《日本學(xué)研究》13，外語(yǔ)教學(xué)與研究出版社，2004年。

23、李約瑟識(shí)小二題，《科學(xué)文化評(píng)論》第2卷第3期90-95頁(yè)，2005年6月

24、中國(guó)院士制度的建立與問(wèn)題，《科學(xué)文化評(píng)論》第2卷第6期5-22頁(yè)，2005年12月。

25、上海格致書(shū)院的一份譯書(shū)清單，《中國(guó)科技史雜志》卷27(2006年)第1期54-60頁(yè)。

26、楊銓與"中國(guó)無(wú)科學(xué)"問(wèn)題，《廣西民族學(xué)院學(xué)報(bào)》(自然科學(xué)版)2006年第3期34-36頁(yè)。

27、康熙、梅文鼎與"西學(xué)中源"說(shuō)再商榷，《中華科技史學(xué)會(huì)會(huì)刊》(臺(tái)北)第十期59-63頁(yè)，2006年12月。

28、康熙《三角形推算法論》簡(jiǎn)論，《或問(wèn)》第12號(hào)(2006)117-123頁(yè)。

29、中國(guó)當(dāng)代科學(xué)的歷史研究芻議，《中國(guó)科技史雜志》2007年第4期376-385頁(yè)。

30、1949-1950年的科代會(huì):新中國(guó)科學(xué)事業(yè)的開(kāi)端，《科學(xué)文化評(píng)論》2008年第2期8-36頁(yè)。

31、不當(dāng)專(zhuān)家當(dāng)農(nóng)民--"文革"前科研人員參加體力勞動(dòng)的政策與實(shí)踐，《科學(xué)文化評(píng)論》2009年第1期33-67頁(yè)。

32、中國(guó)當(dāng)代科學(xué)史研究的新進(jìn)展(2007-2009)，《2009-2010學(xué)科發(fā)展報(bào)告:科學(xué)技術(shù)史》，2010。

33、"中國(guó)特色"與中國(guó)現(xiàn)當(dāng)代科學(xué)口述史淺議，中國(guó)科技史雜志，2011年第1期，61-64頁(yè)。

34、從院士到學(xué)部委員--中國(guó)科學(xué)院學(xué)術(shù)體制建立的困境，載余敏玲主編《兩岸分治:學(xué)術(shù)建制、圖像宣傳與族群政治》，65-135頁(yè)，臺(tái)北:中研院近史所，2012年7月。

35、中國(guó)科學(xué)院的歷史與特色簡(jiǎn)述，載閻康年等主編《國(guó)外著名科研院所的歷史經(jīng)驗(yàn)和借鑒研究》，192-202頁(yè)，北京:科學(xué)出版社，2012年7月。

36、中國(guó)科學(xué)院院所學(xué)術(shù)委員會(huì)組織沿革及其職能變化概略，《院史資料與研究》2012年第6期，63-83頁(yè)，2012年12月。

37、中國(guó)科學(xué)院發(fā)展史上的一次大調(diào)整和大轉(zhuǎn)折--1983年中央和國(guó)務(wù)院對(duì)中國(guó)科學(xué)院的調(diào)查與辦院方針和院領(lǐng)導(dǎo)體制的轉(zhuǎn)變，《院史資料與研究》2012年第5期103-134頁(yè)，2012年10月。(本文被摘刊于《民主與科學(xué)》2013年第1期12-20頁(yè))

38、中國(guó)科學(xué)院的思想改造運(yùn)動(dòng)，《院史資料與研究》2014年第1期1-82頁(yè)。

39、思想改造運(yùn)動(dòng)對(duì)中國(guó)科技事業(yè)的影響，《民主與科學(xué)》2014年第5期18-24頁(yè)。

40、學(xué)部60年回溯--中國(guó)科學(xué)院學(xué)部歷史的幾個(gè)片段與初步思考，《中國(guó)科學(xué)院院刊》卷30(2015)第3期，414-420頁(yè)。

41、從學(xué)部委員到院士制度，《科學(xué)文化評(píng)論》2015年第3期，69-84頁(yè)。

近年其他文章選目:

1、知識(shí)分子:從"臭老九"到"工人階級(jí)的一部分"，《科學(xué)時(shí)報(bào)》2008年3月14日。

2、科學(xué)會(huì)議的中國(guó)特色，《科學(xué)文化評(píng)論》2008年第2期5-7頁(yè)。

3、1949，科學(xué)界的改朝換代，《科學(xué)新聞》2009年9月30日第20期。

4、風(fēng)雨兼程六十年，《科學(xué)文化評(píng)論》2009年第6期43-44頁(yè)。

5、記憶與實(shí)錄:恢復(fù)高考的拍板過(guò)程，《南方周末》2009.12.9。

6、逝者:錢(qián)偉長(zhǎng)，《財(cái)經(jīng)》2010年第17期(8月16日)。

7、中國(guó)科學(xué)院成立日小考，《科苑人》創(chuàng)刊號(hào)，2010年10月，46-48頁(yè)。

8、中國(guó)科學(xué)院學(xué)部的由來(lái)，《科苑人》2011年第4期49-52。

9、中國(guó)科學(xué)院學(xué)部的性質(zhì)定位與職能的兩次重大變化，《科苑人》2012年第2期44-47頁(yè)。

10、文化、制度與中國(guó)科學(xué)發(fā)展，《中國(guó)科學(xué)報(bào)》2012年2月6日。

11、李約瑟的中國(guó)"院士"頭銜問(wèn)題，《中國(guó)科學(xué)報(bào)》2014年8月1日第19版。

12、康熙大帝與清代科學(xué)，《光明日?qǐng)?bào)》2014年8月14日第16版。

13、傳承科學(xué)積累知識(shí)--著名科學(xué)家文集的出版，科學(xué)出版社編《科學(xué)出版60年》71-74頁(yè)，科學(xué)出版社，2014年。

14、院士制度改革:讓院士頭銜回歸本位，報(bào)日人民，2015年3月17日第7版。

15、數(shù)學(xué)家華羅庚緣何預(yù)計(jì)中國(guó)科學(xué)"推遲五十年"?賽先生(微信平臺(tái))，2015年3月18日。

16、李約瑟的婚外戀與"李約瑟難題"，賽先生(微信平臺(tái))，2015年5月3日。

17、院務(wù)會(huì)議秘書(shū)處與中科院學(xué)部的籌備，《科苑人》2015年第2期58-61頁(yè)。

18、中科院聘用王鈴協(xié)助李約瑟著書(shū)，《中國(guó)科學(xué)報(bào)》2015年7月24日第6版。

論著中的章節(jié)

1、近代工業(yè)的建立與環(huán)境問(wèn)題，載羅桂環(huán)等主編《中國(guó)環(huán)境保護(hù)史稿》第300-329頁(yè)，中國(guó)環(huán)境科學(xué)出版社，1996

2、新教傳教士的科學(xué)傳播，科學(xué)書(shū)籍的譯刊，載《中國(guó)近現(xiàn)代科學(xué)技術(shù)史》(董光璧主編)，第175-190，240-259頁(yè)，湖南教育出版社，1997

3、徐壽，《中國(guó)科學(xué)技術(shù)史 人物卷》(金秋鵬主編)，北京:科學(xué)出版社，1998

4、《夢(mèng)溪筆談》評(píng)介，載林德宏主編《科技巨著》(二)第97-148頁(yè)，中國(guó)青年出版社，2000

5、近代化學(xué)的傳入，載《中國(guó)化學(xué)史 現(xiàn)代卷》(趙匡華等著)，1-94頁(yè)，南寧:廣西教育出版社，2003

6、中國(guó)科學(xué)院院屬單位發(fā)展與演變概略，載《中國(guó)科學(xué)院院屬單位簡(jiǎn)史》(王揚(yáng)宗、曹效業(yè)主編)第一卷上冊(cè)，1-74頁(yè)，北京:科學(xué)出版社，2010

1、《傅蘭雅與近代中國(guó)的科學(xué)啟蒙》，137頁(yè)，科學(xué)出版社，2000年。

2、《西學(xué)東漸--科學(xué)在中國(guó)的傳播》，樊洪業(yè)、王揚(yáng)宗，192頁(yè)，湖南科學(xué)技術(shù)出版社，2000，2002第2版。

3、《中國(guó)科學(xué)與科學(xué)革命--李約瑟難題及其相關(guān)問(wèn)題研究論著選》，劉鈍、王揚(yáng)宗編，886頁(yè)，遼寧教育出版社，2002年。

4、《近代科學(xué)在中國(guó)的傳播--文獻(xiàn)與史料選編》(上下冊(cè))，894頁(yè)，山東教育出版社，2009年。