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農(nóng)業(yè)數(shù)據(jù)分析師的職業(yè)規(guī)劃

 育種數(shù)據(jù)分析 2022-08-23 發(fā)布于河南

今天寫(xiě)一篇回答,總結(jié)一下目前的想法。

這個(gè)是星球內(nèi)問(wèn)題:

先說(shuō)兩個(gè)趨勢(shì):

趨勢(shì)1:

農(nóng)業(yè)的數(shù)據(jù)分析以后會(huì)越來(lái)越重要,因?yàn)榉肿訑?shù)據(jù)的落地,包括分子標(biāo)記輔助、GWAS和GS的應(yīng)用,特別是基因組選擇(GS)的落地,使得育種的效率大大提升,以后使用數(shù)據(jù)去育種將不再是紙面上冠冕堂皇的話,而是事實(shí)。

趨勢(shì)2:

新興的機(jī)器學(xué)習(xí)、神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)等算法將會(huì)進(jìn)入到育種數(shù)據(jù)分析中來(lái),這一塊的應(yīng)用,還是要育種從業(yè)人員自己學(xué)習(xí)掌握,至少會(huì)調(diào)包,靠別人不如靠自己,要擁抱新技術(shù),使用新技術(shù)。

痛點(diǎn)在哪里?

現(xiàn)有的教育環(huán)節(jié)中,對(duì)這一塊涉及極少,我們學(xué)習(xí)的生物統(tǒng)計(jì)都是基于線性模型的,T檢驗(yàn)+方差分析+回歸分析,甚至連聚類(lèi)分析和主成分分析都沒(méi)有包含,而育種中的數(shù)據(jù)分析框架主要是混合線性模型+貝葉斯+機(jī)器學(xué)習(xí),這些內(nèi)容很偏,但是也很深。學(xué)起來(lái)相當(dāng)吃力。

統(tǒng)計(jì)是個(gè)攔路虎,編程則是道中狼,很多統(tǒng)計(jì)不需要細(xì)究會(huì)用就行,而會(huì)用就需要會(huì)編程,Excel和SPSS那種鼠標(biāo)點(diǎn)點(diǎn)點(diǎn)的已經(jīng)out了,R和Python以及Julia才是王道,編程+Linux系統(tǒng)是標(biāo)配,對(duì)于非計(jì)算機(jī)背景的我們,確實(shí)很頭大。

另外一個(gè)就是數(shù)量遺傳學(xué),如果打開(kāi)植物的數(shù)量遺傳學(xué)、玉米的數(shù)量遺傳學(xué),什么F1群體、F2群體、BC1群體,各種方差分解,公式推導(dǎo),都是老掉牙很繁瑣的東西,一學(xué)就放棄,一看就頭暈。動(dòng)物的數(shù)量遺傳學(xué)則是矩陣運(yùn)算、貝葉斯抽樣一看就是勸退的內(nèi)容。明明是貼地氣的農(nóng)學(xué),卻要和高大上的金融肩并肩。

應(yīng)該怎么做?

我讀研究生時(shí),本科時(shí)學(xué)習(xí)的生物統(tǒng)計(jì)早已經(jīng)還給了老師,兩眼一抹黑,我的學(xué)習(xí)路徑是這樣的,將一些彎路去掉,給出最快的路徑。

1,通過(guò)Python語(yǔ)言學(xué)習(xí)編程,入門(mén)編程。后面的機(jī)器學(xué)習(xí)和神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)是個(gè)非常好的平臺(tái)。

2,通過(guò)R語(yǔ)言學(xué)習(xí)生物統(tǒng)計(jì),包括傳統(tǒng)方差分析、回歸分析,也包括聚類(lèi)、主成分和混合線性模型。

3,通過(guò)遺傳評(píng)估軟件學(xué)習(xí)數(shù)量遺傳學(xué),我是學(xué)習(xí)ASReml軟件,也可以是BLUPF90,DMU等軟件,軟件的說(shuō)明文檔是上好的學(xué)習(xí)教程。

注意:

學(xué)習(xí)的過(guò)程,先要跑起來(lái),然后再理解。切記看書(shū)百遍不動(dòng)手,敲代碼重演結(jié)果,看報(bào)錯(cuò)調(diào)整代碼很重要,在實(shí)踐中成長(zhǎng)。

資源推薦:

編程+統(tǒng)計(jì)+數(shù)量遺傳學(xué),可以通過(guò)一個(gè)包含數(shù)據(jù)+R代碼+原理解釋的GWAS教程達(dá)到目的,上手一個(gè)項(xiàng)目,比著敲代碼,一舉多得。下面是我精心整理的學(xué)習(xí)資料,有我編寫(xiě)的GWAS學(xué)習(xí)教程,有我收集的入門(mén)數(shù)據(jù)分析資源,有我推薦的最新版R語(yǔ)言電子書(shū),以及我翻譯整理的統(tǒng)計(jì)遺傳學(xué)分析導(dǎo)論。

這些資料的特點(diǎn)是:代碼,數(shù)據(jù),理論介紹都有包括,值得擁有:

1,快來(lái)領(lǐng)取 | 飛哥的GWAS分析教程

2,飛哥匯總 | 入門(mén)數(shù)據(jù)分析資源推薦

3,數(shù)量遺傳學(xué),分享幾本書(shū)的電子版

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全基因組關(guān)聯(lián)分析(GWAS),全基因組選擇(GS),生物統(tǒng)計(jì),數(shù)量遺傳學(xué),遺傳參數(shù)評(píng)估,涉及R語(yǔ)言、Python等工具。2022年和2023年會(huì)加入機(jī)器學(xué)習(xí)和神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)方面的內(nèi)容,一起學(xué)習(xí)不孤單。

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