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中國腸癌防控新突破:血液多基因甲基化檢測可實現(xiàn)結(jié)直腸癌早篩和復(fù)發(fā)預(yù)測 | Gastroenterol...

 劉得光3p6n6zqq 2021-10-28
近日,國際胃腸疾病領(lǐng)域頂級期刊《Gastroenterology》(IF 22.7)發(fā)表了由上海鹍遠生物技術(shù)有限公司(以下簡稱“鹍遠生物”)聯(lián)合復(fù)旦大學(xué)附屬中山醫(yī)院復(fù)旦大學(xué)附屬腫瘤醫(yī)院、廣州市第一人民醫(yī)院、南方醫(yī)科大學(xué)南方醫(yī)院、四川大學(xué)華西醫(yī)院大連大學(xué)附屬新華醫(yī)院的重磅科研成果:“A multi-locus blood-based assay targeting circulating tumor DNA methylation enables early detection and early relapse prediction of colorectal cancer(血液多基因甲基化檢測可實現(xiàn)結(jié)直腸癌早篩和復(fù)發(fā)預(yù)測)”。 

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文章發(fā)表在Gastroenterology

該研究系國內(nèi)團隊第一次系統(tǒng)展示多基因甲基化檢測方法(ColonAiQ,常艾克)從標志物篩選、優(yōu)化到驗證的完整過程。常艾克檢測結(jié)直腸癌平均AUC:0.93,結(jié)直腸癌和進展期腺瘤平均AUC:0.84,結(jié)直腸癌(Ⅰ-Ⅳ期)的綜合靈敏度為86%(149/173),對照組健康人群的檢測特異性為92%(125/136)。這是中國團隊首次在全球范圍內(nèi)實現(xiàn)結(jié)直腸癌篩查及復(fù)發(fā)預(yù)測技術(shù)手段合二為一。常艾克亦是全球第一款具備結(jié)直腸癌早期篩查和術(shù)后監(jiān)測復(fù)合功能的產(chǎn)品。

據(jù)世界衛(wèi)生組織國際癌癥研究機構(gòu)(IARC)發(fā)布的2020年全球最新癌癥負擔數(shù)據(jù)顯示,世界范圍內(nèi),結(jié)直腸癌已成為第三大常見癌癥;2020年全世界有超過193萬人被新確診為結(jié)直腸癌,發(fā)病率位居所有癌種第三位;超過93萬人死于結(jié)直腸癌,死亡率位居所有癌種第二位。2020年,中國有超過55萬人新患結(jié)直腸癌,結(jié)直腸癌發(fā)病率躍居國內(nèi)所有癌種第二位,超過28萬人死于結(jié)直腸癌;多數(shù)結(jié)直腸癌患者在確診時已屬于中晚期。因而,早篩、早診對于結(jié)直腸癌整體防控尤為重要。

就結(jié)直腸癌早篩而言,盡管腸鏡檢查被認為是結(jié)直腸癌診斷的金標準,但受制于腸鏡的依從性和可及性,更多的患者傾向于基于血液的無創(chuàng)檢查方式[2]。另外,準確地預(yù)測腫瘤復(fù)發(fā),將有助于優(yōu)化輔助治療方案;合理安排術(shù)后監(jiān)測隨訪,及早發(fā)現(xiàn)腫瘤復(fù)發(fā)轉(zhuǎn)移,及時地干預(yù)治療仍有可能使復(fù)發(fā)轉(zhuǎn)移癌患者重新獲得治愈機會,延長生存期。因此,精準的復(fù)發(fā)預(yù)測和動態(tài)監(jiān)測仍是結(jié)直腸癌診治中亟需解決的需求[3]。

在該研究中,研究團隊基于基因甲基化異常與癌癥發(fā)生的相關(guān)性,探討了血液樣本ctDNA甲基化對結(jié)直腸癌及腺瘤的篩查診斷以及預(yù)測腫瘤術(shù)后復(fù)發(fā)的性能。結(jié)果顯示,多基因甲基化有望成為解決臨床上結(jié)直腸癌的早篩和復(fù)發(fā)監(jiān)測問題的新型“腫瘤標志物”。 

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圖1.研究設(shè)計。

首先,研究人員對于常艾克標志物進行了嚴謹?shù)暮Y選。研究人員在過往PanSeer研究中篩選出的595個癌癥相關(guān)基因組區(qū)域的基礎(chǔ)上[1](圖1),進一步對組織樣本進行甲基化分析,篩選出前150個差異甲基化區(qū)域 (DMRs)(圖2A)??紤]到簡化多重qPCR 檢測方法在臨床上的適用性,研究人員進一步縮小甲基化標志物的范圍,最終選擇出6種在組織和血漿中具有更高檢測能力的標志物,用于多位點血液檢測,并命名為常艾克(圖2C和2D)。 

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圖2.模型中甲基化標志物的篩選。

接下來,在常艾克標志物驗證階段,研究團隊在507個血漿樣本中對鎖定的常艾克模型進行盲法驗證,發(fā)現(xiàn)該模型能夠檢測出86%的受檢結(jié)直腸癌患者(173例),在結(jié)腸鏡陰性對照(136例)中的特異性為92%;并且常艾克的敏感性隨著結(jié)直腸癌的疾病分期進展和腫瘤大小的增加而升高(圖2E和2F)。

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表1.ColonAiQ 在驗證結(jié)腸癌早期檢測中的表現(xiàn)。 

隨后,研究團隊對常艾克與其他非侵入性篩查方法進行了比較,相比其他非侵入性篩查方法如糞便隱血試驗(FIT)、癌胚抗原(CEA)以及Septin9單位點基因甲基化,常艾克具有顯著優(yōu)越性。在142名接受常艾克和糞便隱血試驗(FIT)的受試者中,常艾克在所有腸癌疾病階段的表現(xiàn)均優(yōu)于FIT(88.3% vs 59.7%),尤其是在 Ⅰ期(85.7% vs 28.6%,圖 3D);與CEA相比,常艾克同樣顯著優(yōu)于CEA,兩者對早期(Ⅰ/Ⅱ) 腸癌病例的檢出率分別為80%-92% 和17%-47%(圖3E);與 Septin9相比,6種標志物的組合可以比單獨的標志物捕獲更全面的腫瘤表觀遺傳異質(zhì)性(圖 2G)。

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圖3. 模型的建立和驗證。
對于常艾克在結(jié)直腸癌預(yù)后監(jiān)測中應(yīng)用潛力,研究團隊也進行了探索。在所有結(jié)直腸癌患者中,有39名患者在手術(shù)切除腫瘤前1-2天和術(shù)后17-34天提供了血樣。術(shù)前常艾克檢測陽性的33例患者中,有7例(2例II期,5例III期)在術(shù)后42至238天出現(xiàn)腫瘤復(fù)發(fā)(中位數(shù)117天)。研究人員觀察到復(fù)發(fā)組和非復(fù)發(fā)組術(shù)后樣本的常艾克評分存在顯著差異 (p=0.00017)(圖 3F)。相應(yīng)的數(shù)據(jù)表明常艾克在預(yù)測結(jié)直腸癌的早期復(fù)發(fā)方面具有明確的識別能力,后續(xù)多中心擴大驗證正在進行中。

該研究通訊作者

復(fù)旦大學(xué)附屬中山醫(yī)院周平紅教授表示:

結(jié)直腸癌的早篩、早診是結(jié)直腸癌防控的重點工作;雖然腸鏡是腸癌診斷的“金標準”,但受限于我國腸鏡的整體普及率及依從性,目前我國腸癌篩查策略仍然比較“基礎(chǔ)”。在這個多中心研究中,我們納入了相對較多的早癌以及癌前病變樣本,因為早癌和癌前病變才是篩查的重點、難點。從目前結(jié)果看,常艾克結(jié)直腸癌的篩查性能優(yōu)異,令人滿意;而且血液樣本相對方便,更有利于提高腸癌臨床篩查的依從性。 

該研究第一作者及共同通訊作者

復(fù)旦大學(xué)附屬腫瘤醫(yī)院蔡國響教授表示:

目前結(jié)直腸癌無創(chuàng)篩查,多采用糞便隱血檢測或流行病學(xué)量表調(diào)查,上海地區(qū)也是全國較早開展大規(guī)模結(jié)直腸癌無創(chuàng)篩查的城市。從本研究結(jié)果看,血液樣本多基因甲基化檢測有望作為結(jié)直腸癌篩查策略中的重要補充部分。另外我們通過這個研究還看到了血液樣本ctDNA甲基化在腸癌術(shù)后復(fù)發(fā)預(yù)測中的潛力,這在其他研究中鮮有報道。目前的結(jié)果令人振奮,這會給臨床醫(yī)生在評估結(jié)直腸癌術(shù)后復(fù)發(fā)多一個重要的工具手段;同時也再次提示“DNA甲基化生物標志物”在結(jié)直腸癌早篩、早診、復(fù)發(fā)監(jiān)測等全流程管理中的應(yīng)用價值。 

該研究共同通訊作者

鹍遠生物聯(lián)合創(chuàng)始人兼首席技術(shù)官劉蕊博士表示:
該研究首先系統(tǒng)地展示了甲基化基因分子靶標從篩選、評價驗證到臨床轉(zhuǎn)化的邏輯過程。我們建立了一套系統(tǒng)完整的癌癥標志物的篩選,可以延展到不同癌種不同臨床問題的相關(guān)標志物開發(fā)。在我們最終篩選出的六個位點中,有些交叉在已知的,有明確腸癌相關(guān)性的標志物。這也從側(cè)面證明了我們的篩選體系的正確性,高效性,同時可以發(fā)現(xiàn)創(chuàng)新性靶點的能力。其次,這個研究的重點是臨床轉(zhuǎn)化,相比NGS等復(fù)雜繁瑣的分子檢測技術(shù),最后通過多重定量PCR方法學(xué)來實現(xiàn)相應(yīng)檢測,充分考慮了臨床適宜性及國內(nèi)醫(yī)療實情,更具有商業(yè)轉(zhuǎn)化價值和便于落地基層醫(yī)療機構(gòu)。最后,該研究也充分展示了血液檢測的臨床應(yīng)用延展性,不僅可以涵蓋癌癥的早期檢測,而且可以有效地評估MRD,對早期復(fù)發(fā)有預(yù)判作用,并且可以有效地預(yù)后監(jiān)控,從而覆蓋癌癥病人的全流程管理。 

鹍遠生物聯(lián)合創(chuàng)始人、首席執(zhí)行官

張江立先生表示:
在鹍遠的整個產(chǎn)品體系中,結(jié)直腸癌是非常重要的一個板塊,鹍遠從成立之初就開始了結(jié)直腸癌篩查和術(shù)后監(jiān)測技術(shù)的研發(fā)。經(jīng)過不斷的探索,我們聚焦在血液樣本多基因甲基化檢測技術(shù)上。首先,血液樣本依從性很好,更符合我國目前腫瘤篩查的主要場景,如體檢中心、醫(yī)院、政府民生工程等。其次,血液樣本的擴展性和普適性更好。我們的技術(shù)平臺可以支持我們從不同癌種中去篩查更多潛在有價值的甲基化標志物;從而開發(fā)出更多的癌癥篩查產(chǎn)品。
原文鏈接:
Gastroenterology Paper DOI:https:///10.1053/j.gastro.2021.08.054
參考文獻:
[1] Adler A, et al.  BMC Gastroenterol 2014;14:183.
[2] Rutter MD, et al.  Gut 2020;69:201-223.
[3] Chen X, Gole J, Gore A, et al.  Nat Commun 2020;11:3475.

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