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披荊斬棘 | 諾唯贊推出全新擴(kuò)增子建庫試劑盒,全方位提高擴(kuò)增子文庫覆蓋度和均一度

 劉得光3p6n6zqq 2021-10-11

近年來,靶向測(cè)序憑借成本低、數(shù)據(jù)利用率高、組合靈活等優(yōu)勢(shì),在臨床的疾病輔助診斷、治療以及腫瘤基因檢測(cè)中發(fā)揮出積極的作用。

靶向測(cè)序應(yīng)用場(chǎng)景在哪里?

突變基因測(cè)序

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癌癥基因測(cè)序;
遺傳疾病篩查;
免疫療法預(yù)測(cè)等。

病原體/環(huán)境

微生物鑒定

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16s擴(kuò)增子測(cè)序;
耐藥性分析;
病毒嵌合人基因組分析等 。

科學(xué)研究

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基因功能研究。

靶向測(cè)序通用的兩條技術(shù)路線:雜交捕獲和多重PCR

雜交捕獲是指將基因組打斷為片段后,加入事先設(shè)計(jì)好的探針,把這些片段“抓”出來,從而達(dá)到富集的目的;多重PCR是指在一個(gè)體系中進(jìn)行多個(gè)PCR反應(yīng),PCR的引物鋪設(shè)在感興趣的DNA區(qū)域,多輪反應(yīng)后,目標(biāo)區(qū)域就顯著富集了。多重PCR技術(shù)小、快、靈,實(shí)驗(yàn)周期短,但覆蓋范圍較?。浑s交捕獲技術(shù)流程稍顯繁瑣,同時(shí)具有更高的背景噪音,但非常適合超多重靶標(biāo)檢測(cè)。既然兩種方式各有優(yōu)劣,那我們要如何選擇靶向富集的方法? 
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從上面的比較可以看出,使用擴(kuò)增子建庫富集目的DNA的方法在多個(gè)方面顯著優(yōu)于雜交捕獲方式,特別是在起始量低,用時(shí)較短和成本較低方面。

擴(kuò)增子建庫主要是通過多重PCR的方式來實(shí)現(xiàn),多重PCR由Chambehian于1988年提出,隨著測(cè)序技術(shù)的發(fā)展,使對(duì)得到的擴(kuò)增子進(jìn)行高靈敏度&高分辨率的檢測(cè)成為了可能,且從傳統(tǒng)的4-5重,幾十重發(fā)展到了現(xiàn)在的上千重甚至上萬重的超多重PCR,再輔以二代測(cè)序技術(shù),可在遺傳病診斷,腫瘤基因檢測(cè)等領(lǐng)域發(fā)揮重要作用。
擴(kuò)增子建庫技術(shù)路線

1、標(biāo)準(zhǔn)擴(kuò)增子建庫流程

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圖1. 標(biāo)準(zhǔn)擴(kuò)增子建庫流程。

標(biāo)準(zhǔn)擴(kuò)增子建庫流程為在完整模板的基礎(chǔ)上投入多重?cái)U(kuò)增的Panel進(jìn)行多重?cái)U(kuò)增,隨后將得到的擴(kuò)增子進(jìn)行引物消化,消化掉多余的引物二聚體以及兩端引物本身的部分序列,獲得平末端的結(jié)構(gòu),與接頭連接后形成完整文庫。 

2、兩步法擴(kuò)增子建庫流程

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圖2. 兩步法擴(kuò)增子建庫流程。

兩輪擴(kuò)增的方法原理是在基因組基礎(chǔ)上,投入的多重?cái)U(kuò)增的引物帶有一定的修飾,經(jīng)過第一輪多重?cái)U(kuò)增之后,序列兩端帶有一段接頭序列,第二輪擴(kuò)增將Index添加上去,經(jīng)過兩輪擴(kuò)增形成完整文庫。

3、多重PCR產(chǎn)物擴(kuò)增子建庫流程

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圖3. 多重PCR產(chǎn)物擴(kuò)增子建庫流程。

多重PCR產(chǎn)物擴(kuò)增子建庫原理是在待測(cè)基因組上投入無修飾的多重?cái)U(kuò)增引物進(jìn)行多重PCR,產(chǎn)物經(jīng)過純化后,進(jìn)行常規(guī)DNA建庫。

Vazyme推出多重?cái)U(kuò)增子建庫試劑盒升級(jí)產(chǎn)品——VAHTS?AmpSeq Library Prep Kit V3(Vazyme #NA210),產(chǎn)出與均一性雙向起飛!  

比于上一代產(chǎn)品(Vazyme #NA201),該試劑盒的建庫測(cè)序質(zhì)量有了極大提高,優(yōu)化的多重?cái)U(kuò)增模塊對(duì)不同起始量模板和定制化Panel均有著良好的擴(kuò)增表現(xiàn),升級(jí)的消化模塊可有效解決PCR產(chǎn)物污染風(fēng)險(xiǎn)并提高數(shù)據(jù)的利用率,最新的連接模塊提高了有效文庫占比。全方面的產(chǎn)品升級(jí)提高了擴(kuò)增子文庫覆蓋度和均一度,有效建庫使結(jié)果更加穩(wěn)定、可靠,幫助研究者和檢測(cè)人員簡(jiǎn)便、快速、高質(zhì)量地完成擴(kuò)增子建庫。

新品性能展示

1. 文庫產(chǎn)出高

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圖4. 不同起始投入量和Panel條件下文庫產(chǎn)出。

在不同起始投入量下(1ng、10ng、100ng),Vazyme #NA210均能高效建庫,且同類產(chǎn)品相比,文庫產(chǎn)量更高。

2. 測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量高

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(1)更高的測(cè)序覆蓋度

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圖5. 不同起始投入量和Panel條件下文庫的測(cè)序覆蓋度。

測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量方面,Vazyme #NA210在不同起始量和Panel條件下覆蓋度均高于同類產(chǎn)品。

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(2)更優(yōu)的測(cè)序均一性

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圖6. Uniform depth over 0.2(%)。
Vazyme #NA210在不同起始量和Panel條件下,測(cè)序均一性和同類產(chǎn)品無顯著差異。
 
訂購信息

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