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免疫治療綜合分析數(shù)據(jù)庫(kù)

 阿非ycfg 2021-09-22

關(guān)于基于測(cè)序數(shù)據(jù)來(lái)分析免疫治療情況的話(huà),之前我們介紹過(guò)一些和免疫浸潤(rùn)有關(guān)的數(shù)據(jù)庫(kù)。

免疫浸潤(rùn)算法那么多,要怎么選呢?
[[TIMER2 TCGA-免疫浸潤(rùn)評(píng)估數(shù)據(jù)庫(kù)]],
[[DREIMT-免疫細(xì)胞和藥物治療的關(guān)系分析數(shù)據(jù)庫(kù)]],
[[GEPIA2021-TCGA免疫細(xì)胞分析數(shù)據(jù)庫(kù)]]
[[TIDB-基于文獻(xiàn)匯總的免疫相關(guān)基因數(shù)據(jù)庫(kù)]],
[[CancerImmunityQTL-SNP對(duì)免疫影響的數(shù)據(jù)庫(kù)]]

以上的這些都是基于某一個(gè)特定的目的來(lái)進(jìn)行分析的。所以今天就給大家介紹一個(gè)新開(kāi)發(fā)的,多組學(xué)和免疫治療綜合分析數(shù)據(jù)庫(kù): CAMOIP

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關(guān)于這個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù),主要包括以下五個(gè)功能。

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  1. KM plotter【病人生存分析】,用戶(hù)可以選擇感興趣的基因,對(duì)病人進(jìn)行按照突變與否或表達(dá)量高低進(jìn)行分組,進(jìn)行生存分析,并實(shí)現(xiàn)可視化。

  2. Expression【表達(dá)分析】,用戶(hù)可以選擇感興趣的基因,對(duì)病人或腫瘤細(xì)胞系按照突變分組,進(jìn)行表達(dá)量的差異分析,并使用箱線(xiàn)圖或火山圖來(lái)展示。

  3. Drug Senstivity【藥物敏感性分析】,用戶(hù)可以選擇感興趣的基因,對(duì)腫瘤細(xì)胞系按照突變與否進(jìn)行分組,對(duì)選擇的藥物敏感性(IC50)進(jìn)行差異分析,并使用箱線(xiàn)圖進(jìn)行展示。

  4. Mutational Landscape【突變?nèi)胺治觥?/strong>,用戶(hù)可以選擇感興趣的基因,對(duì)病人進(jìn)行按照突變與否進(jìn)行分組,對(duì)突變頻率在整體隊(duì)列的對(duì)應(yīng)數(shù)量的基因進(jìn)行展示其突變類(lèi)型和突變頻率,并使用突變熱圖的形式來(lái)展示。

  5. Immune Infiltration【免疫浸潤(rùn)分析】,用戶(hù)可以選擇感興趣的基因,對(duì)病人進(jìn)行按照突變與否進(jìn)行分組,對(duì)免疫細(xì)胞,免疫相關(guān)分?jǐn)?shù),免疫相關(guān)基因,免疫檢查點(diǎn)相關(guān)分子進(jìn)行差異分析,并使用箱線(xiàn)圖或熱圖進(jìn)行可視化。

  6. Immunogenicity【免疫原性分析】,用戶(hù)可以選擇感興趣的基因,對(duì)病人按照突變與否進(jìn)行分組,對(duì)病人的腫瘤突變負(fù)荷(TMB),新抗原負(fù)荷(NALs),MANTIS score進(jìn)行差異分析,并使用箱線(xiàn)圖進(jìn)行可視化。

  7. GSEA【基因集富集分析】,用戶(hù)可以選擇感興趣的基因,對(duì)病人按照突變與否進(jìn)行分組,對(duì)病人的表達(dá)譜數(shù)據(jù)進(jìn)行GSEA,將得到的結(jié)果以表格的形式呈現(xiàn)在網(wǎng)頁(yè)中,用戶(hù)可以選擇感興趣的信號(hào)通路,來(lái)進(jìn)行下一步驟的可視化。

以上就是這個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)的基本功能介紹了。關(guān)于這個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)的主要功能介紹的話(huà)??梢圆榭聪旅孢@個(gè)公眾號(hào)。數(shù)據(jù)庫(kù)主要是他們開(kāi)發(fā)的。


另外目前數(shù)據(jù)庫(kù)還在調(diào)試階段。如果有一些建議啥的??梢院妥髡咛峤ㄗh的哦。

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