就應(yīng)該會(huì)納悶，為什么拿到了差異基因并且注釋后就結(jié)束了，明明大量的數(shù)據(jù)挖掘文章都有一個(gè)網(wǎng)絡(luò)圖并且找hub基因啊！

主要是因?yàn)椋@個(gè)步驟呢，主要并不是R代碼完成，是需要把差異基因列表輸入到string這個(gè)網(wǎng)頁(yè)工具（https:///），獲取PPI然后導(dǎo)入cytoscape軟件，這些過程需要大量的截圖才能說清楚事情。而我這樣超級(jí)懶貨肯定是不愿意耗費(fèi)時(shí)間在這些方面，不過架不住有需求的粉絲多，大量的私信和群聊提問都表明了需要cytoscape制作網(wǎng)絡(luò)圖的教程。

那我們就一步到位，與其使用大量截圖并且還耗費(fèi)時(shí)間排版在公眾號(hào)才能教會(huì)大家一個(gè)軟件的用法，何不直接進(jìn)行釘釘群在線直播互動(dòng)授課呢？于是就有了我們的這個(gè)cytoscape制作網(wǎng)絡(luò)圖的課程啦！

一、背景

• cytoscape 目前是最出名的網(wǎng)絡(luò)可視化神器，免費(fèi)，零代碼，過2萬的引用率是最強(qiáng)大的口碑.

• 

• 它支持的網(wǎng)絡(luò)種類很多,比如蛋白互作（PPI）、轉(zhuǎn)錄調(diào)控網(wǎng)絡(luò)圖（TF-target）、網(wǎng)絡(luò)聚類模塊分析（Module）、miRNA調(diào)控靶標(biāo)基因網(wǎng)絡(luò)圖、競(jìng)爭(zhēng)性內(nèi)源RNA網(wǎng)絡(luò)（ceRNA）、通路交互網(wǎng)絡(luò)（pathway-crosstalk）。

二、課程目錄

1. Cytoscape 簡(jiǎn)介
2. 繪制：蛋白互作網(wǎng)絡(luò)(string PPI)
3. 繪制：miRNA 調(diào)控網(wǎng)絡(luò)
4. 插件：cytoHubba （關(guān)鍵基因）
5. 插件：MCODE （關(guān)鍵子網(wǎng)絡(luò)）
6. 插件：stringAPP （蛋白互作網(wǎng)絡(luò)）
7. 插件：BiNGO （GO富集）

三、結(jié)果展示

1. 蛋白互作網(wǎng)絡(luò)

2. miRNA 調(diào)控網(wǎng)絡(luò)

3. cytoHubba

4. MCODE

5. stringAPP

6. BiNGO

因?yàn)檫@個(gè)cytoscape軟件并不是很方便下載，而且上面大量的插件都比較麻煩，所以我們打包了它們?cè)诎俣仍票P和騰訊微云給大家，還包括一些圖文并茂的教程，而且提供微信交流群方便大家互相幫助，分享高分文章的絢麗的網(wǎng)絡(luò)圖。