最近在《生信技能樹》公眾號后臺接到了求助，說他的腫瘤單細(xì)胞劃分亞群的時候?qū)細(xì)胞的細(xì)分亞群把握不好，有超級簡單的，也有非常復(fù)雜的，對于這樣的求助，我也愛莫能助??！

我就把他的求助分享給大家吧，看看咱們《生信技能樹》公眾號眾多粉絲能否給出一些比較有實踐意義的建議！

首先，他看到了T細(xì)胞可以簡單分成4類，發(fā)表該研究文章的雜志名字很長，Cellular and Molecular Gastroenterology and Hepatology ( IF 7.076 ) ，2021-02-02 , DOI: 10.1016/j.jcmgh.2021.01.020 ，文章名字是：《Identification of Novel Population-Specific Cell Subsets in Chinese Ulcerative Colitis Patients Using Single-Cell RNA Sequencing》

如下所示：

• naive T cells,
• memory T cells,
• CD8+ T cell/natural killer cell,
• CD8+ T cell

如下所示：

具體看一下標(biāo)記基因：

可以看到naive 和 memory 的T 細(xì)胞，都是CD4陽性而且是CD8陰性的，它們的區(qū)分主要是在CCR7和TCF7這兩個基因。

而CD8+ T cell可以根據(jù)GZMK基因的表達(dá)來劃分為NK細(xì)胞和普通的CD8+ T cell。

如果使用singleR的HPCA (Human Primary Cell Atlas)數(shù)據(jù)庫

如下所示：

可以看到仍然是主要咦以CD8+ T cell 和 CD4+ T cell 兩個大類，然后可以參考綜述《Unravelling the heterogeneity and dynamic relationships of tumor‐infiltrating T cells by single‐cell RNA sequencing analysis》，對腫瘤免疫浸潤T細(xì)胞的整理很全面，值得推薦：

• First published: 09 April 2020， https:///10.1002/JLB.6MR0320-234R

比較詳盡的闡述了 CD4+以及CD8+   T cells 的各個亞群的分化關(guān)系，如下所示：

確實是太復(fù)雜了！

如果使用singleR的Encode Blueprint reference database.

如下所示：

稍微簡單了一點(diǎn)，主要是tcm和tem，而且是在CD8+ T cell 和 CD4+ T cell 里面都可以分成這兩類！

那么問題來了，tcm和tem是細(xì)胞的不同狀態(tài)呢，還是細(xì)胞類型？CD8+ T cell 和 CD4+ T cell 憑什么就是不同的細(xì)胞類型，而不是細(xì)胞狀態(tài)的差異而已？