【原】R語(yǔ)言的繁榮背后何嘗沒有隱患

健明 2021-07-14

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R語(yǔ)言的繁榮是毋庸置疑的，至少在科研界的地位蒸蒸日上，極大的占領(lǐng)了原來(lái)屬于各種商業(yè)繪圖軟件的市場(chǎng)。不僅僅是在于其免費(fèi)的屬性，更重要的是隨心所欲地自由定制。

但是參與的玩家多了之后，也會(huì)出現(xiàn)一些沖突。最近在運(yùn)行一些三五年前的代碼報(bào)錯(cuò)了，引發(fā)了我的思考。

正常的ID轉(zhuǎn)換并不會(huì)報(bào)錯(cuò)

有時(shí)候我會(huì)使用 clusterProfiler 包的函數(shù) bitr進(jìn)行ID轉(zhuǎn)換，代碼如下：

> library(org.Mm.eg.db)
> library(clusterProfiler)
> gene <- bitr(rownames(need_DEG), fromType = "SYMBOL",
+              toType =  "ENTREZID",
+              OrgDb = org.Mm.eg.db)
'select()' returned 1:1 mapping between keys and columns
Warning message:
In bitr(rownames(need_DEG), fromType = "SYMBOL", toType = "ENTREZID",  :
  19.2% of input gene IDs are fail to map...

但是五年前我是不用clusterProfiler 包的，之前的代碼是select函數(shù)

現(xiàn)在select函數(shù)就報(bào)錯(cuò)

如下所示：

非常的詭異，首先它居然在沒有賦值的情況下就把我的輸入變量給修改了，不可思議！

實(shí)在是太不安全了?。?！

略微思考了一下，猜測(cè)應(yīng)該是這個(gè)select函數(shù)名字太大眾了，所以在很多包里面都有，出現(xiàn)了沖突！

搜索看看select函數(shù)來(lái)自于哪里

可以看到優(yōu)先級(jí)最高多的是dplyr包：

Help on topic 'select' was found in the following packages:

Subset columns using their names and types
(in package dplyr in library )
Ridge Regression
(in package MASS in library )
Objects exported from other packages
(in package tidygraph in library )
Objects exported from other packages
(in package clusterProfiler in library )
AnnotationDb objects and their progeny, methods etc.
(in package AnnotationDbi in library )

dplyr包設(shè)計(jì)的有問題啊，都不復(fù)制就修改了變量。鄙視它

我加上了select函數(shù)真正的來(lái)源

代碼雖然復(fù)雜了一點(diǎn)：

library(org.Mm.eg.db)
gene_up=as.character(na.omit(AnnotationDbi::select(org.Mm.eg.db,keys = gene_up,columns = 'ENTREZID',keytype = 'SYMBOL')[,2]))
gene_down=as.character(na.omit(AnnotationDbi::select(org.Mm.eg.db,keys = gene_down,columns = 'ENTREZID',keytype = 'SYMBOL')[,2]))
head(gene_up)

但是這次就不報(bào)錯(cuò)了。