最近各個公眾號都在鼓吹單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)套路，感覺這樣的科研風(fēng)氣不好，數(shù)據(jù)挖掘這個技能最大的作用應(yīng)該是避免大家重復(fù)浪費科研經(jīng)費去做一些明明可以通過分析公共數(shù)據(jù)庫拿到的結(jié)論！

• 比如你研究的癌癥里面哪些基因高表達，哪些低表達，你通過數(shù)據(jù)挖掘拿到了感興趣基因，后續(xù)自己設(shè)計基礎(chǔ)實驗來探索它們，完善你的生物學(xué)故事。假如你并不知道可以分析公共數(shù)據(jù)庫，那么你就不得不自己去做一次癌癥病人隊列的轉(zhuǎn)錄組，耗費幾萬塊錢來拿到一個本來就可以通過公共數(shù)據(jù)庫分析拿到的上下調(diào)基因。
• 或者說，你已經(jīng)有了比較完整的生物學(xué)故事，已經(jīng)定位到了具體的通路或者基因，如果想設(shè)計病人隊列來說明你感興趣的基因或者通路的臨床意義，就是一個大工程，從病人招募信息整理，到ngs組學(xué)數(shù)據(jù)采集，分析，統(tǒng)計可視化等等。

也就是說，大概率上你感興趣的疾病都會有現(xiàn)成的公共數(shù)據(jù)，你完全可以選擇從你感興趣的角度來對它進行分析。而不是跑一下各個標(biāo)準(zhǔn)代碼，得到一個唾手可得的結(jié)論糊弄大家?？蒲械目蒲?，教程是教程！

而且我壓根就不相信，一兩天的填鴨式灌輸能讓一個完全沒有然后變成概念的人掌握R語言并且理解seurat的全部流程，拿到系列分析圖表。大家學(xué)到的僅僅是類似于網(wǎng)頁工具般的鼠標(biāo)點點點，一鍵式出圖。如下所示：

上面的圖表基本上就是：跟著seurat學(xué)單細(xì)胞下游分析 https:///seurat/ 代碼原樣輸出。（單細(xì)胞初識講義大綱：https://share./doc/3347KRIo18v ）

DC，摘要如下：

• Distinguishing ductal carcinoma in situ (DCIS) from invasive ductal carcinoma (IDC) regions in clinical biopsies constitutes a diagnostic challenge.
• We used four publicly available ST breast cancer datasets from breast tissue sections annotated by pathologists as non-malignant, DCIS, or IDC.
• We identified expression signatures for expert annotated regions (non-malignant, DCIS, and IDC) and build machine learning models.

有意思的是，該研究挖掘的那個數(shù)據(jù)集很出名。是2016年Science文章，利用基因芯片技術(shù)將位置信息保留在芯片上，再利用二代測序技術(shù)對組織中RNA進行測序，從而生成組織切片上完整的基因表達圖像。文章標(biāo)題是：《Visualization and analysis of gene expression in tissue sections by spatial transcriptomics》，文章鏈接是：https://science./content/353/6294/78

當(dāng)然了，每年Science文章那么多，如果僅僅是發(fā)個Science，不過泯然眾人矣。那為什么說這個2016的science文章出名呢。因為2018年底，10X Genomics宣布收購Spatial Transcriptomics，并于2019年11月發(fā)布Visium空間基因表達解決方案（Visium Spatial Gene Expression Solution）。而2016年Science文章的通訊作者之一就是瑞典皇家理工學(xué)院Joakim Lundeberg（瑞典Spatial Transcriptomics公司聯(lián)合創(chuàng)始人）。

值得一提的是，另外一個空間單細(xì)胞技術(shù)就沒有那么好的運氣了，只能是發(fā)個CELL文，可能是因為navin的這個研究專注于基因組測序吧：topographic single cell sequencing（TSCS），以比較原位導(dǎo)管癌（DCIS）區(qū)域和浸潤性導(dǎo)管癌（IDC）區(qū)域細(xì)胞之間基因組變異。

• 將組織切片放在載玻片上，用蘇木精和伊紅（H&E）染色，以便在顯微鏡下識別單個細(xì)胞核。
• 然后使用LCM系統(tǒng)從組織切片中捕捉單個細(xì)胞，同時記錄每組坐標(biāo)。
• 接下來，將細(xì)胞分離到一個預(yù)先編碼的緩沖液中，在緩沖液中進行裂解和全基因組擴增（WGA）。
• 最后，對所有cDNA的NGS建庫測序。通過LCM總共分離到1293個單細(xì)胞，隨后進行單核測序（SNS）。

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