隨主征戰(zhàn)
義熙五年(409年)四月，劉裕北伐南燕，王仲德?lián)伪狈デ颁h，逢有戰(zhàn)斗就戰(zhàn)敗敵人，前后打了二十多場(chǎng)大小戰(zhàn)事，盡皆獲勝。次年，北伐軍成功滅亡南燕，收復(fù)山東。王仲德進(jìn)號(hào)為“建武將軍”。
義熙六年（410年），盧循乘劉裕北伐南燕之際，出兵北上攻打東晉，接連擊敗何無忌、劉毅，進(jìn)而逼近京師建康。劉裕當(dāng)時(shí)雖然及時(shí)回防建康，但手下士兵都是剛剛從南燕出征回來，可作戰(zhàn)兵力才數(shù)千人，兵力遠(yuǎn)遠(yuǎn)不及聚眾達(dá)十萬的盧循軍，故當(dāng)時(shí)京師建康中的很多文武官員建議遷都回避，只有王仲德臉色嚴(yán)正地說：“當(dāng)今天子對(duì)著太陽、面向南方，各位明公著名當(dāng)世，共同輔佐，新建大功，威震四海。妖寇猖狂，是趁我們遠(yuǎn)征，一旦凱旋入京，他們將自行逃散。如果今日投向草莽，則和匹夫相同，匹夫來發(fā)號(hào)令，怎么能有權(quán)威？這種計(jì)謀如果能夠確立，在下請(qǐng)求從此告辭。”劉裕聽后很高興，最終決定堅(jiān)守建康，并讓王仲德率軍堅(jiān)守越城抵抗盧循進(jìn)攻。盧循后率軍進(jìn)攻越城，結(jié)果久攻不下，于是從蔡洲方向南撤，留下部將范崇民率精兵五千、戰(zhàn)艦百余，占據(jù)南陵，設(shè)防，以堵截劉裕軍反擊。劉裕于是派王仲德率眾追擊盧循，加王仲德為“輔國將軍”。王仲德率軍于南陵，大破范崇民，擊潰盧循軍布下的防線，燒毀其船艦，收編其散兵。
義熙七年（411年），劉裕統(tǒng)領(lǐng)大軍正式反攻盧循。劉裕先派王仲德率領(lǐng)二百艘艦船往吉陽設(shè)防，斷絕盧循軍的去路。盧循、徐道覆見去路被斷，便率軍，乘船順?biāo)?，試圖猛攻晉軍大本營(yíng)的雷池，劉裕統(tǒng)軍抵御，并火攻盧循軍，盧循軍大敗，退回潯陽。隨后，劉裕召回王仲德讓他還擔(dān)任前鋒，率軍追擊盧循。晉軍追至左里，盧循在左里設(shè)置柵欄隔斷江面。劉裕親統(tǒng)大軍與盧循在左里展開決戰(zhàn)，王仲德率前鋒部隊(duì)在前沖鋒陷陣，突破盧循布置的柵欄防線，隨后又擊潰徐道覆，其余各路晉軍乘勝追擊，盧循乘小船逃走。經(jīng)此一役，盧循軍主力消亡殆盡，大勢(shì)已去。王仲德功勞冠于諸將，劉裕上表為王仲德彰功，封為新淦縣侯。
義熙十二年(416年)，劉裕北伐后秦，晉升王仲德為征虜將軍，擔(dān)任冀州刺史，督前鋒諸軍事。冠軍將軍檀道濟(jì)、龍?bào)J將軍王鎮(zhèn)惡開向洛陽，寧朔將軍劉遵考、建武將軍沈林子出往石門，寧朔將軍朱超石、胡藩開向半城，都受王仲德的統(tǒng)率。王仲德率龍?bào)J將軍朱牧、寧遠(yuǎn)將軍竺靈秀、嚴(yán)綱等開通鉅野澤被淤塞的舊河道以連通黃河，隨后王仲德率軍進(jìn)入黃河，在東郡涼城大破北魏軍，收復(fù)涼城，并逼近北魏占領(lǐng)的滑臺(tái)，北魏滑臺(tái)守將尉建恐懼逃走，王仲德于是乘勢(shì)入城，并聲稱：“晉國本來想以七萬匹布帛換取魏國借道，豈料魏國守將突然棄城逃走。”東晉于是收復(fù)滑臺(tái)。隨后，王仲德總合各路軍隊(duì)會(huì)和劉裕大軍攻進(jìn)潼關(guān)。
義熙十三年（417年），長(zhǎng)安平定，劉裕任命王仲德為太尉咨議參軍。劉裕打算遷都到洛陽，眾人討論都認(rèn)為是適當(dāng)?shù)?。王仲德說：“不同尋常的事是人們所驚駭?shù)模F(xiàn)在軍隊(duì)在外已經(jīng)很久，將士們都想回去，所以應(yīng)當(dāng)以建鄴為王業(yè)的基礎(chǔ)。遷都應(yīng)該等到國家全部統(tǒng)一以后?！眲⒃Ｊ仲澩?，并派王仲德負(fù)責(zé)押送姚泓先回彭城。
