在蘇聯(lián)時(shí)代，這兩個(gè)中亞國(guó)家都是加盟國(guó)，蘇聯(lián)憲法規(guī)定，各個(gè)加盟國(guó)享有主權(quán)國(guó)家地位，可以獨(dú)立行使國(guó)家權(quán)力。

但是，隨著后來(lái)蘇聯(lián)國(guó)內(nèi)和國(guó)際形勢(shì)變化，各加盟國(guó)共和國(guó)主權(quán)地位從未得到真正實(shí)現(xiàn)。

所以，蘇聯(lián)時(shí)期，不管是在理論上還是實(shí)際上，吉爾吉斯斯坦和烏茲別克斯坦都不是主權(quán)民族國(guó)家，而是蘇聯(lián)的兩個(gè)行政區(qū)。

這樣一來(lái)，兩國(guó)的邊界，實(shí)際上也是一般意義上國(guó)內(nèi)行政區(qū)之間的劃界限，并不具備國(guó)界的功能。

兩國(guó)之間的邊界誕生于1924年10月，在此之前，兩國(guó)都屬于沙俄時(shí)期在中亞建立的突厥斯坦總督區(qū)，后來(lái)蘇聯(lián)在經(jīng)濟(jì)發(fā)展計(jì)劃中將中亞視為一個(gè)整體來(lái)設(shè)計(jì)電力、天然氣、灌溉、交通等網(wǎng)絡(luò)。這樣一來(lái)邊界的劃定同樣也沒(méi)有對(duì)人員的往來(lái)和已經(jīng)形成的社會(huì)關(guān)系往來(lái)造成影響。

雖然沒(méi)有造成太大的沖擊，但還是帶來(lái)了一系列的問(wèn)題。

首先，民族觀念開(kāi)始產(chǎn)生和發(fā)展。

1920年，列寧指示突厥斯坦政府繪制當(dāng)?shù)孛褡宓貓D，標(biāo)明烏茲別克人、吉爾吉斯人（后來(lái)的哈薩克人）和土庫(kù)曼人的分布情況時(shí)，由于沒(méi)有提及卡拉-吉爾吉斯人（后來(lái)的吉爾吉斯人）、塔吉克人和突厥人，從而引起了這些沒(méi)有提及民族的不滿。

在劃界之前，吉烏兩族之間差異更多體現(xiàn)在生活方式上，吉爾吉斯人主要在山區(qū)以游牧為生，而烏茲別克人主要在費(fèi)爾干納盆地和其他綠洲過(guò)著定居生活。

由于當(dāng)時(shí)交通條件和通訊方式落后，人們主要與生活在周?chē)娜水a(chǎn)生社會(huì)關(guān)系，所以人們更多的是對(duì)自己所屬部族的認(rèn)同，而民族觀念淡漠。

但是1924年劃界后，當(dāng)?shù)氐牟孔孱I(lǐng)導(dǎo)開(kāi)始用“民族”這個(gè)詞來(lái)描述人們之間語(yǔ)言、經(jīng)濟(jì)和族群上的差異，再加上官員、學(xué)者、作家和當(dāng)?shù)鼐⒌男麄?，“民族”一詞知名度越來(lái)越高，民族意識(shí)也隨之增強(qiáng)。

其次，邊界的人為劃分造成了邊界的爭(zhēng)議和“飛地”的產(chǎn)生、邊界的劃分本來(lái)是一項(xiàng)非常細(xì)致的工作，但劃界前沒(méi)沒(méi)有認(rèn)真細(xì)致的準(zhǔn)備，且在短時(shí)間內(nèi)就匆匆完成了。

這使得兩國(guó)之間的邊界與傳統(tǒng)居住區(qū)并不一致，烏茲別克人的費(fèi)爾干納盆地邊緣地區(qū)劃歸給了吉爾吉斯人管轄，形成了跨界民族。

劃界的另一個(gè)結(jié)果就是產(chǎn)生了“飛地”。烏茲別克在吉爾吉斯境內(nèi)有4塊飛地，索赫、沙溪馬爾丹、塔什捷帕以及喬卡拉加恰。而吉爾吉斯在烏茲別克也有一塊飛地：巴拉特。

在蘇聯(lián)時(shí)期，由于邊界屬于內(nèi)部行政區(qū)之間的分界線，所以“飛地”的存在并未對(duì)吉烏關(guān)系造成多大影響，但是吉烏獨(dú)立后，邊界和“飛地”成了兩國(guó)爭(zhēng)議的焦點(diǎn)之一。

當(dāng)然不止這個(gè)問(wèn)題，更嚴(yán)重的是水資源的爭(zhēng)端。

吉爾吉斯斯坦93%的領(lǐng)土是山地，海拔也比較高，所以導(dǎo)致約有8100平方公里的山區(qū)別冰川和終年不化的積雪覆蓋，占總面積的30%，這些冰川蘊(yùn)水量大約為5800億立方米。

大量高山積雪和冰川孕育了很多河流，所以吉爾吉斯斯坦的水資源相當(dāng)豐富！

烏茲別克斯坦嚴(yán)重缺乏水資源，領(lǐng)土內(nèi)有大約60%的區(qū)域?yàn)樯衬蛘邍?yán)重沙化，典型的大陸性氣候和主要山脈和丘陵的地貌決定了它是一個(gè)嚴(yán)重缺乏水資源的國(guó)家。

吉爾吉斯斯坦有豐富的水，但又缺乏石油、煤炭和天然氣，沒(méi)水的烏茲別克斯坦，卻又擁有豐富的油氣資源。蘇聯(lián)時(shí)期，兩國(guó)之間共享水資源，經(jīng)濟(jì)發(fā)展統(tǒng)一規(guī)劃沒(méi)有問(wèn)題，但分家之后，各自之間的短板就凸顯了出來(lái)，嚴(yán)重制約了雙方之間的經(jīng)濟(jì)發(fā)展。

2007年1月，烏茲貝克斯坦將供應(yīng)吉爾吉斯斯坦的天然氣價(jià)格從每千立方米55美元漲到100美元。天然氣價(jià)格的大幅上漲迫使吉爾吉斯斯坦政府不得不加大托克托古爾等電站的發(fā)電量來(lái)盡量滿足冬天居民的用電需求。

而2007年夏天干旱，造成烏茲別克斯坦兩國(guó)間就水資源分配上的爭(zhēng)端，兩國(guó)關(guān)系瞬間惡化。到了2009年，烏茲別克斯坦把天然氣價(jià)格從100美元漲到了220美元，為此吉方?jīng)Q心在納倫河上修建更多的水電站。

這意味著烏茲別克斯坦的水更少了，于是烏方以停止天然氣供應(yīng)威脅吉方，烏方停止天然氣供應(yīng)后，吉國(guó)內(nèi)天然氣上漲到了240美元，自此之后雙邊關(guān)系不斷惡化，陷入惡性循環(huán)。

因?yàn)橘Y源、邊界的問(wèn)題，雙方之間經(jīng)常發(fā)生武裝人員滲入的情況，邊界沖突不斷。

總而言之，本來(lái)大家百年前屬于同一區(qū)域——突厥斯坦，但蘇聯(lián)劃分行政區(qū)域，以及強(qiáng)化民族概念的原因，使得最終獨(dú)立成兩個(gè)在資源上相互依存，卻又無(wú)法因利益走到一起而沖突的國(guó)家。